Parallel One-Step Control of Parametrised Boolean Networks par Luboš Brim, Samuel Pastva, David Šafránek, Eva Šmijáková

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Robustness analysis of stochastic biochemical systems. par Milan Ceska, David Safránek, Sven Dražan, Luboš Brim

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Executable biochemical space for specification and analysis of biochemical systems. par Matej Troják, David Šafránek, Lukrécia Mertová, Luboš Brim

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BDD-Based Algorithm for SCC Decomposition of Edge-Coloured Graphs par Nikola Beneš, Luboš Brim, Samuel Pastva, David Šafránek

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Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in <i>Escherichia coli</i> Carrying a Synthetic Metabolic Pathway par Martin Demko, Lukáš Chrást, Pavel Dvořák, Jiří Damborský, David Šafránek

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Extracting individual characteristics from population data reveals a negative social effect during honeybee defence par Tatjana Petrov, Matej Hajnal, Julia Klein, David Šafránek, Morgane Nouvian

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Extracting individual characteristics from population data reveals a negative social effect during honeybee defence. par Tatjana Petrov, Matej Hajnal, Julia Klein, David Šafránek, Morgane Nouvian

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Executable biochemical space for specification and analysis of biochemical systems par Matej Troják, David Šafránek, Lukrécia Mertová, Luboš Brim, Bashar Ibrahim

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Exploring attractor bifurcations in Boolean networks par Nikola Beneš, Luboš Brim, Jakub Kadlecaj, Samuel Pastva, David Šafránek

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Combining formal methods and Bayesian approach for inferring discrete-state stochastic models from steady-state data. par Julia Klein, Huy Phung, Matej Hajnal, David Šafránek, Tatjana Petrov

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Abstraction-based segmental simulation of reaction networks using adaptive memoization par Martin Helfrich, Roman Andriushchenko, Milan Češka, Jan Křetínský, Štefan Martiček, David Šafránek

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BioDiVinE: A Framework for Parallel Analysis of Biological Models par David Šafránek, Jan Láník, Jana Fabriková, Sven Dražan, Ivana Černá, Luboš Brim, Jiří Barnat, Hongwu Ma

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The need for standardisation in life science research - an approach to excellence and trust. [version 2; peer review: 3 approved] par Susanne Hollmann, Andreas Kremer, Špela Baebler, Christophe Trefois, Kristina Gruden, Witold R. Rudnicki, Weida Tong, Aleksandra Gruca, Erik Bongcam-Rudloff, Chris T. Evelo, Alina Nechyporenko, Marcus Frohme, David Šafránek, Babette Regierer, Domenica D'Elia

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The need for standardisation in life science research - an approach to excellence and trust. [version 1; peer review: 2 approved] par Susanne Hollmann, Andreas Kremer, Špela Baebler, Christophe Trefois, Kristina Gruden, Witold R. Rudnicki, Weida Tong, Aleksandra Gruca, Erik Bongcam-Rudloff, Chris T. Evelo, Alina Nechyporenko, Marcus Frohme, David Šafránek, Babette Regierer, Domenica D'Elia

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Systems Biology in ELIXIR: modelling in the spotlight [version 1; peer review: 1 approved, 2 approved with reservations] par Katharina F. Heil, Anze Zupanic, Chris T. Evelo, Carole Goble, Kristel Van Steen, Tadeja Rezen, Hans V Westerhoff, Rahuman S. Malik Sheriff, Maria Suarez Diez, Henning Hermjakob, Marco Pagni, Damjana Rozman, Barbara Szomolay, Miguel Rocha, Jasper Koehorst, Alexey Kolodkin, Victoria Dominguez Del Angel, David Šafránek, Dirk Fey, Ilja Arts, Rui Benfeitas, Vitor Martins dos Santos, Mihail Anton, Marek Ostaszewski, Ulrike Wittig, John M. Hancock, Brane Leskošek, Katherine Wolstencroft, Martin Golebiewski, Wolfgang Müller, Polonca Ferk, Kristina Gruden, Martina Kutmon, Maria I. Klapa, Sébastien Moretti, Pascal Kahlem

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Systems Biology in ELIXIR: modelling in the spotlight [version 2; peer review: 1 approved, 2 approved with reservations] par Katharina F. Heil, Anze Zupanic, Chris T. Evelo, Carole Goble, Kristel Van Steen, Tadeja Rezen, Hans V Westerhoff, Rahuman S. Malik Sheriff, Maria Suarez Diez, Henning Hermjakob, Marco Pagni, Damjana Rozman, Barbara Szomolay, Miguel Rocha, Jasper Koehorst, Alexey Kolodkin, Victoria Dominguez Del Angel, David Šafránek, Dirk Fey, Ilja Arts, Rui Benfeitas, Vitor Martins dos Santos, Mihail Anton, Marek Ostaszewski, Ulrike Wittig, John M. Hancock, Brane Leskošek, Katherine Wolstencroft, Martin Golebiewski, Wolfgang Müller, Polonca Ferk, Kristina Gruden, William T. Scott, Elena Domínguez-Romero, Martina Kutmon, Maria I. Klapa, Sébastien Moretti, Pascal Kahlem

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