Genome-wide identification and expression analysis of Dimocarpus longan UBP family and its expression analysis under drought stress(龙眼UBP家族全基因组鉴定及其在外源胁迫下的表达分析)
泛素特异蛋白酶（ubiquitin-specific protease，UBP）是去泛素化酶六大家族中最大的，广泛存在于真核生物中，保守性很高。UBP可通过去泛素化作用调节各种生物的生长发育。为了解龙眼（Dimocarpus longan Lour.）DlUBP基因家族的生物学功能及其在龙眼体胚早期发生过程中的作用，基于第3代龙眼基因组数据库与转录组数据库，对DlUBP全基因组进行鉴定，分析其基因结构、蛋白质结构域、启动子顺式元件及构建系统进化树，并对DlUBP基因在脱落酸处理和干旱胁迫处理下的表达情况进行分析。结果显示，DlUBP家族共有18个成员，分为10个亚家族，其中最大的亚家族有4个成...
| Main Author: | |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | zho |
| Published: |
Zhejiang University Press
2023-05-01
|
| Series: | Zhejiang Daxue xuebao. Lixue ban |
| Online Access: | https://doi.org/10.3785/j.issn.1008-9497.2023.03.015 |
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|---|---|
| author | 童宁(TONG Ning) 童宁(TONG Ning) 童宁(TONG Ning) 童宁(TONG Ning) 童宁(TONG Ning) 童宁(TONG Ning) |
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| collection | DOAJ |
| description | 泛素特异蛋白酶（ubiquitin-specific protease，UBP）是去泛素化酶六大家族中最大的，广泛存在于真核生物中，保守性很高。UBP可通过去泛素化作用调节各种生物的生长发育。为了解龙眼（Dimocarpus longan Lour.）DlUBP基因家族的生物学功能及其在龙眼体胚早期发生过程中的作用，基于第3代龙眼基因组数据库与转录组数据库，对DlUBP全基因组进行鉴定，分析其基因结构、蛋白质结构域、启动子顺式元件及构建系统进化树，并对DlUBP基因在脱落酸处理和干旱胁迫处理下的表达情况进行分析。结果显示，DlUBP家族共有18个成员，分为10个亚家族，其中最大的亚家族有4个成员；各成员的氨基酸数为369~1 117个，内含子数为2~31个；在DlUBP启动子序列中存在大量光响应元件、厌氧诱导响应元件、激素响应元件，随着处理时间的增加，在脱落酸处理下，多数DlUBP基因的表达量呈降低趋势，在干旱胁迫处理下，有不少DlUBP基因的表达量升高，推测DlUBP基因在龙眼体胚早期参与脱落酸的调控并对干旱胁迫有应激反应。 |
| first_indexed | 2024-04-24T16:07:17Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-10fff22782f94b3494c74315792dd871 |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 1008-9497 |
| language | zho |
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| publishDate | 2023-05-01 |
| publisher | Zhejiang University Press |
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| series | Zhejiang Daxue xuebao. Lixue ban |
| spelling | doaj.art-10fff22782f94b3494c74315792dd8712024-04-01T01:52:11ZzhoZhejiang University PressZhejiang Daxue xuebao. Lixue ban1008-94972023-05-0150336737710.3785/j.issn.1008-9497.2023.03.015Genome-wide identification and expression analysis of Dimocarpus longan UBP family and its expression analysis under drought stress(龙眼UBP家族全基因组鉴定及其在外源胁迫下的表达分析)童宁(TONG Ning)0https://orcid.org/0000-0009-2826-5666童宁(TONG Ning)1童宁(TONG Ning)2童宁(TONG Ning)3童宁(TONG Ning)4童宁(TONG Ning)5https://orcid.org/0000-0002-8523-621XInstitute of Horticultural Biotechnology， Fujian Agriculture and Forestry University， Fuzhou 350002， China(福建农林大学 园艺植物生物工程研究所，福建 福州 350002)Institute of Horticultural Biotechnology， Fujian Agriculture and Forestry University， Fuzhou 350002， China(福建农林大学 园艺植物生物工程研究所，福建 福州 350002)Institute of Horticultural Biotechnology， Fujian Agriculture and Forestry University， Fuzhou 350002， China(福建农林大学 园艺植物生物工程研究所，福建 福州 350002)Institute of Horticultural Biotechnology， Fujian Agriculture and Forestry University， Fuzhou 350002， China(福建农林大学 园艺植物生物工程研究所，福建 福州 350002)Institute of Horticultural Biotechnology， Fujian Agriculture and Forestry University， Fuzhou 350002， China(福建农林大学 园艺植物生物工程研究所，福建 福州 350002)Institute of Horticultural Biotechnology， Fujian Agriculture and Forestry University， Fuzhou 350002， China(福建农林大学 园艺植物生物工程研究所，福建 福州 350002)泛素特异蛋白酶（ubiquitin-specific protease，UBP）是去泛素化酶六大家族中最大的，广泛存在于真核生物中，保守性很高。UBP可通过去泛素化作用调节各种生物的生长发育。为了解龙眼（Dimocarpus longan Lour.）DlUBP基因家族的生物学功能及其在龙眼体胚早期发生过程中的作用，基于第3代龙眼基因组数据库与转录组数据库，对DlUBP全基因组进行鉴定，分析其基因结构、蛋白质结构域、启动子顺式元件及构建系统进化树，并对DlUBP基因在脱落酸处理和干旱胁迫处理下的表达情况进行分析。结果显示，DlUBP家族共有18个成员，分为10个亚家族，其中最大的亚家族有4个成员；各成员的氨基酸数为369~1 117个，内含子数为2~31个；在DlUBP启动子序列中存在大量光响应元件、厌氧诱导响应元件、激素响应元件，随着处理时间的增加，在脱落酸处理下，多数DlUBP基因的表达量呈降低趋势，在干旱胁迫处理下，有不少DlUBP基因的表达量升高，推测DlUBP基因在龙眼体胚早期参与脱落酸的调控并对干旱胁迫有应激反应。https://doi.org/10.3785/j.issn.1008-9497.2023.03.015 |
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