TMExplorer: A tumour microenvironment single-cell RNAseq database and search tool.

TMExplorer: A tumour microenvironment single-cell RNAseq database and search tool.

Zobrazit další vydání (1)

<h4>Motivation</h4>The tumour microenvironment (TME) contains various cells including stromal fibroblasts, immune and malignant cells, and its composition can be elucidated using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq). scRNA-seq datasets from several cancer types are available, yet we la...

Podrobná bibliografie
Hlavní autoři:	Erik Christensen, Alaine Naidas, David Chen, Mia Husic, Parisa Shooshtari
Médium:	Článek
Jazyk:	English
Vydáno:	Public Library of Science (PLoS) 2022-01-01
Edice:	PLoS ONE
On-line přístup:	https://doi.org/10.1371/journal.pone.0272302

Podobné jednotky

TMExplorer: A tumour microenvironment single-cell RNAseq database and search tool
Autor: Erik Christensen, a další
Vydáno: (2022-01-01)

Evaluation of single-cell RNA-seq clustering algorithms on cancer tumor datasets
Autor: Alaina Mahalanabis, a další
Vydáno: (2022-01-01)

Development of computational tools for variant calling in single-cell RNAseq
Autor: Zielińska, KA
Vydáno: (2022)

RNAseqPS: A Web Tool for Estimating Sample Size and Power for RNAseq Experiment
Autor: Yan Guo, a další
Vydáno: (2014-01-01)

RNAseqPS: A Web Tool for Estimating Sample Size and Power for RNAseq Experiment
Autor: Yan Guo, a další
Vydáno: (2014-10-01)

Single-Cell and Single-Nucleus RNAseq Analysis of Adult Neurogenesis
Autor: Alena Kalinina, a další
Vydáno: (2022-05-01)

Single-cell RNAseq for the study of isoforms—how is that possible?
Autor: Ángeles Arzalluz-Luque, a další
Vydáno: (2018-08-01)

BISR-RNAseq: an efficient and scalable RNAseq analysis workflow with interactive report generation
Autor: Venkat Sundar Gadepalli, a další
Vydáno: (2019-12-01)

Photoacoustic imaging as a tool to probe the tumour microenvironment
Autor: Emma Brown, a další
Vydáno: (2019-07-01)

Single-cell RNAseq profiling of early heart developmental physiology
Autor: Miranda, AMA, a další
Vydáno: (2017)

Pan-cancer classification of single cells in the tumour microenvironment
Autor: Ido Nofech-Mozes, a další
Vydáno: (2023-03-01)

Single-cell RNAseq analysis of spinal locomotor circuitry in larval zebrafish
Autor: Jimmy J Kelly, a další
Vydáno: (2023-11-01)

Mosaic autosomal aneuploidies are detectable from single-cell RNAseq data
Autor: Jonathan A. Griffiths, a další
Vydáno: (2017-11-01)

Sialome diversity of ticks revealed by RNAseq of single tick salivary glands.
Autor: Jan Perner, a další
Vydáno: (2018-04-01)

Sparsely-connected autoencoder (SCA) for single cell RNAseq data mining
Autor: Luca Alessandri, a další
Vydáno: (2021-01-01)

A single cell RNAseq benchmark experiment embedding “controlled” cancer heterogeneity
Autor: Maddalena Arigoni, a další
Vydáno: (2024-02-01)

Generation of a Single-Cell RNAseq Atlas of Murine Salivary Gland Development
Autor: Belinda R. Hauser, a další
Vydáno: (2020-12-01)

T-RHEX-RNAseq – a tagmentation-based, rRNA blocked, random hexamer primed RNAseq method for generating stranded RNAseq libraries directly from very low numbers of lysed cells
Autor: Charlotte Gustafsson, a další
Vydáno: (2023-04-01)

Tumour-associated macrophages: versatile players in the tumour microenvironment
Autor: Zoey Zeyuan Ji, a další
Vydáno: (2023-10-01)

Chemokines modulate the tumour microenvironment in pituitary neuroendocrine tumours
Autor: Pedro Marques, a další
Vydáno: (2019-11-01)

Analysis of single‐cell RNAseq identifies transitional states of T cells associated with hepatocellular carcinoma
Autor: Yanying Yang, a další
Vydáno: (2020-07-01)

Metabolism in the tumour-bone microenvironment
Autor: Whitburn, J, a další
Vydáno: (2021)

Macrophages and the hypoxic tumour microenvironment.
Autor: Knowles, H, a další
Vydáno: (2007)

Immunogenomic analysis of the tumour microenvironment
Autor: Chi, Y
Vydáno: (2022)

Tumour microenvironment in pheochromocytoma and paraganglioma
Autor: Serena Martinelli, a další
Vydáno: (2023-03-01)

Cellular senescence and the tumour microenvironment
Autor: Masaki Takasugi, a další
Vydáno: (2022-09-01)

How to ‘MEMIC’ the tumour microenvironment
Vydáno: (2021-08-01)

Circular RNAs in the tumour microenvironment
Autor: Zhonghua Ma, a další
Vydáno: (2020-01-01)

Roles of Farnesyl-Diphosphate Farnesyltransferase 1 in Tumour and Tumour Microenvironments
Autor: Nguyen Thi Ha, a další
Vydáno: (2020-10-01)

Single-cell RNAseq reveals adverse metabolic transcriptional program in intrahepatic cholangiocarcinoma malignant cells
Autor: Christophe Desterke, a další
Vydáno: (2025-03-01)

Assessing transcriptomic heterogeneity of single-cell RNASeq data by bulk-level gene expression data
Autor: Khong-Loon Tiong, a další
Vydáno: (2024-06-01)

Single-cell and bulk RNAseq unveils the immune infiltration landscape and targeted therapeutic biomarkers of psoriasis
Autor: Wenhui Deng, a další
Vydáno: (2024-04-01)

Creation of a Single Cell RNASeq Meta-Atlas to Define Human Liver Immune Homeostasis
Autor: Brittany Rocque, a další
Vydáno: (2021-07-01)

Resolving Transcriptional States and Predicting Lineages in the Annelid Capitella teleta Using Single-Cell RNAseq
Autor: Abhinav Sur, a další
Vydáno: (2021-01-01)

Modelling 3D Tumour Microenvironment In Vivo: A Tool to Predict Cancer Fate
Autor: Johanna Marines, a další
Vydáno: (2023-11-01)

The EBV Gastric Cancer Resource (EBV-GCR): A Suite of Tools for Investigating EBV-Associated Human Gastric Carcinogenesis
Autor: Mikhail Y. Salnikov, a další
Vydáno: (2023-03-01)

RNAseq of Osteoarthritic Synovial Tissues: Systematic Literary Review
Autor: Logan Moore, a další
Vydáno: (2022-05-01)

The HIF hydroxylase pathway and the tumour microenvironment
Autor: Ratcliffe, P
Vydáno: (2008)

The role of microvesicles in EMT and tumour microenvironment
Autor: Haidery, Ahmad Zia
Vydáno: (2015)

Knowing the tumour microenvironment to optimise immunotherapy
Autor: M. C. Merlano, a další
Vydáno: (2019-02-01)