In silico analysis of genomic variables associated to HPV16 integration sites
Antecedentes: A pesar de las intervenciones profilácticas actuales, una proporción significativa de pacientes muere debido al cáncer, lo que aumenta la conciencia global de la importancia de identificar los factores asociados a la etiología del cáncer asociado al VPH. Según esto, la integración del...
| Main Author: | |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Asociación Colombiana de Infectología
2020-02-01
|
| Series: | Infectio |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://www.revistainfectio.org/index.php/infectio/article/view/836 |
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|---|---|
| author | Nicole Díaz-Moreno |
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| author_sort | Nicole Díaz-Moreno |
| collection | DOAJ |
| description | Antecedentes: A pesar de las intervenciones profilácticas actuales, una proporción significativa de pacientes muere debido al cáncer, lo que aumenta la conciencia global de la importancia de identificar los factores asociados a la etiología del cáncer asociado al VPH. Según esto, la integración del ADN-VPH en el genoma humano es un evento importante en la patogénesis.
Propósito: Identificar in silico, las regiones moleculares del genoma donde ocurren los eventos de integración del VPH
Métodos: Realizamos un estudio bioinformático basado en una búsqueda sistemática en Medline a través de PubMed, Embase y Lilacs desde el inicio hasta abril
de 2019. Utilizamos el UCSC Genome Browser Home (https://genome.ucsc.edu) para evaluar el entorno genético.
Resultados: Los sitios de integración del VPH relacionados con el cáncer de cuello uterino fueron 374 (61%). Además, 325 (87%) de estos sitios de integración tenían VPH-16, 21 (5%) tenían VPH-18 y 28 (7%) tenían otro tipo de genotipo. La cavidad orofaríngea fue el segundo sitio anatómico con 162 (26%) sitios de integración. Es de destacar que el VPH-16 se encontró integrado en 160 (99%) sitios analizados.
Conclusión: Nuestros resultados sugieren que muchos de los sitios de integración reportados en la literatura científica que presentan al VPH-16 son carcinomas de
células escamosas y que el 50% de estos VPH-16 se integraron en unidades transcripcionales que podrían afectar la expresión de algún gen objetivo. |
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| format | Article |
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| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 0123-9392 |
| language | English |
| last_indexed | 2024-12-13T23:14:44Z |
| publishDate | 2020-02-01 |
| publisher | Asociación Colombiana de Infectología |
| record_format | Article |
| series | Infectio |
| spelling | doaj.art-143d6a112c7c4f69aaab4bf4aebf1cdc2022-12-21T23:27:58ZengAsociación Colombiana de InfectologíaInfectio0123-93922020-02-01242768010.22354/in.v24i2.836In silico analysis of genomic variables associated to HPV16 integration sitesNicole Díaz-Moreno0Universidad IcesiAntecedentes: A pesar de las intervenciones profilácticas actuales, una proporción significativa de pacientes muere debido al cáncer, lo que aumenta la conciencia global de la importancia de identificar los factores asociados a la etiología del cáncer asociado al VPH. Según esto, la integración del ADN-VPH en el genoma humano es un evento importante en la patogénesis. Propósito: Identificar in silico, las regiones moleculares del genoma donde ocurren los eventos de integración del VPH Métodos: Realizamos un estudio bioinformático basado en una búsqueda sistemática en Medline a través de PubMed, Embase y Lilacs desde el inicio hasta abril de 2019. Utilizamos el UCSC Genome Browser Home (https://genome.ucsc.edu) para evaluar el entorno genético. Resultados: Los sitios de integración del VPH relacionados con el cáncer de cuello uterino fueron 374 (61%). Además, 325 (87%) de estos sitios de integración tenían VPH-16, 21 (5%) tenían VPH-18 y 28 (7%) tenían otro tipo de genotipo. La cavidad orofaríngea fue el segundo sitio anatómico con 162 (26%) sitios de integración. Es de destacar que el VPH-16 se encontró integrado en 160 (99%) sitios analizados. Conclusión: Nuestros resultados sugieren que muchos de los sitios de integración reportados en la literatura científica que presentan al VPH-16 son carcinomas de células escamosas y que el 50% de estos VPH-16 se integraron en unidades transcripcionales que podrían afectar la expresión de algún gen objetivo.https://www.revistainfectio.org/index.php/infectio/article/view/836papillomaviridaevirus del papiloma humano 16integración de virusvariación estructural genómicabiología computacional |
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