MODELACIÓN ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA DE LA CÁPSIDE DEL VIRUS A DE LA PAPA (PVA, POTYVIRUS) STRUCTURAL MODELLING OF POTATO VIRUS A (PVA, POTYVIRUS) COAT PROTEIN
A diferencia de lo que ocurre con diversos virus icosahédricos, la estructura a alta resolución de la cápside de los virus flexuosos de plantas pertenecientes a la familia Potyviviridae no ha podido ser determinada aún. Los potyvirus son un grupo de gran importancia económica en la agricultura al af...
| Main Authors: | , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Universidad de Antioquia
2011-06-01
|
| Series: | Actualidades Biológicas |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0304-35842011000100007 |
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| author | Pablo Gutiérrez Sara Bastos-Aristizábal Mauricio Marín |
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| collection | DOAJ |
| description | A diferencia de lo que ocurre con diversos virus icosahédricos, la estructura a alta resolución de la cápside de los virus flexuosos de plantas pertenecientes a la familia Potyviviridae no ha podido ser determinada aún. Los potyvirus son un grupo de gran importancia económica en la agricultura al afectar cultivos como papa, tomate, tabaco, papaya y caña de azúcar, entre muchos otros; por lo cual la comprensión de su estructura puede arrojar información valiosa para lograr un conocimiento más detallado de sus mecanismos biológicos, con miras al diseño de estrategias de control. En este trabajo se presenta un modelo de la estructura tridimensional de la región central de la proteína de la cápside del virus A de la papa (PVA), utilizando una combinación de herramientas de predicción de estructura secundaria y docking. El modelo presentado tiene dimensiones compatibles con la estructura de baja resolución obtenida en otros estudios mediante microscopía electrónica y será de gran utilidad en el diseño de experimentos de mutagénesis dirigida, enfocados en el estudio del ensamblaje de la partícula viral y como base para modelar la estructura de otras especies potyvirales de importancia actual en Colombia como el virus Y de la papa (PVY), virus de la malformación de las hojas del tomate de árbol (TaLMV) y el virus de la mancha anular de la papaya (PRSV).<br>In contrast to icosahedric viruses, a high-resolution structure of flexuous viruses of plants belonging to the family Potyviridae has yet to be obtained. Potyviruses are economically important in agriculture due to their ability to infect crops such as potato, tomato, tobacco, papaya, and sugar cane, among many others; thus an understanding of its three-dimensional structure might provide valuable insight into biological mechanisms, with the aim of designing control strategies. In this study, we present a model for the three-dimensional structure of the core region of Potato virus A (PVA), using a combination tool to predict the secondary structure and docking. The model presented has dimensions compatible with the low resolution structure in other studies using electron microscopy and will be highly useful in the design of experiments of directed mutagenesis aimed at understanding potyvirus assembly and as a basis for modelling the structure of other important related virus species of importance in Colombia, such as Potato virus Y (PVY), Tamarillo leaf malformation virus (TaLMV), and Papaya ringspot virus (PRSV). |
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| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 0304-3584 |
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| publishDate | 2011-06-01 |
| publisher | Universidad de Antioquia |
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| spelling | doaj.art-206eec4aa54d4cba996b9e117b1d38bd2022-12-21T18:40:38ZengUniversidad de AntioquiaActualidades Biológicas0304-35842011-06-01339493102MODELACIÓN ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA DE LA CÁPSIDE DEL VIRUS A DE LA PAPA (PVA, POTYVIRUS) STRUCTURAL MODELLING OF POTATO VIRUS A (PVA, POTYVIRUS) COAT PROTEINPablo GutiérrezSara Bastos-AristizábalMauricio MarínA diferencia de lo que ocurre con diversos virus icosahédricos, la estructura a alta resolución de la cápside de los virus flexuosos de plantas pertenecientes a la familia Potyviviridae no ha podido ser determinada aún. Los potyvirus son un grupo de gran importancia económica en la agricultura al afectar cultivos como papa, tomate, tabaco, papaya y caña de azúcar, entre muchos otros; por lo cual la comprensión de su estructura puede arrojar información valiosa para lograr un conocimiento más detallado de sus mecanismos biológicos, con miras al diseño de estrategias de control. En este trabajo se presenta un modelo de la estructura tridimensional de la región central de la proteína de la cápside del virus A de la papa (PVA), utilizando una combinación de herramientas de predicción de estructura secundaria y docking. El modelo presentado tiene dimensiones compatibles con la estructura de baja resolución obtenida en otros estudios mediante microscopía electrónica y será de gran utilidad en el diseño de experimentos de mutagénesis dirigida, enfocados en el estudio del ensamblaje de la partícula viral y como base para modelar la estructura de otras especies potyvirales de importancia actual en Colombia como el virus Y de la papa (PVY), virus de la malformación de las hojas del tomate de árbol (TaLMV) y el virus de la mancha anular de la papaya (PRSV).<br>In contrast to icosahedric viruses, a high-resolution structure of flexuous viruses of plants belonging to the family Potyviridae has yet to be obtained. Potyviruses are economically important in agriculture due to their ability to infect crops such as potato, tomato, tobacco, papaya, and sugar cane, among many others; thus an understanding of its three-dimensional structure might provide valuable insight into biological mechanisms, with the aim of designing control strategies. In this study, we present a model for the three-dimensional structure of the core region of Potato virus A (PVA), using a combination tool to predict the secondary structure and docking. The model presented has dimensions compatible with the low resolution structure in other studies using electron microscopy and will be highly useful in the design of experiments of directed mutagenesis aimed at understanding potyvirus assembly and as a basis for modelling the structure of other important related virus species of importance in Colombia, such as Potato virus Y (PVY), Tamarillo leaf malformation virus (TaLMV), and Papaya ringspot virus (PRSV).http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0304-35842011000100007cápside viralmodelo estructuralpotyvirusPVAvirus capsidstructural modelPotyvirusPVA |
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