A study of analysis PB1-F2 protein of Influenza Viruses A/H1N1pdm09, A/ H3N2, and A/H5N1
<p><em><strong>A</strong><strong>bstrak</strong></em></p> <p><em><strong> </strong></em></p> <p><em><strong>Tujuan.</strong> Protein PB1-F2 (polymerase basic 1-frame 2) adalah protein terbaru...
| Main Authors: | , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan
2016-07-01
|
| Series: | Health Science Journal of Indonesia |
| Online Access: | http://ejournal.litbang.depkes.go.id/index.php/HSJI/article/view/4831 |
| Summary: | <p><em><strong>A</strong><strong>bstrak</strong></em></p> <p><em><strong> </strong></em></p> <p><em><strong>Tujuan.</strong> Protein PB1-F2 (polymerase basic 1-frame 2) adalah protein terbaru yang ditemukan pada virus Influenza dan telah terbukti berperan dalam induksi kematian sel dan patogenitas. Tujuan dari tulisan ini adalah untuk menganalisis protein PB1-F2 pada virus Influenza A/H5N1 dan A/H1N1pdm09.</em></p> <p><em><strong>Metode.</strong> Kami melakukan pencarian data yang relevan yaitu sekuens gen virus Influenza A/H5N1 dan A/H1N1pdm09 dari Gen Bank National Center for Biotechnology Information (NCBI) selama tahun 1997-2015. Data yang digunakan adalah data sekuens nukleotida gen PB1 (polymerase basic1) virus influenza A/H5N1 dan A/H1N1pdm09. Kemudian dilakukan analisis alignment untuk mengetahui variasi protein dan mutasi yang berhubungan dengan patogenitas dan virulensi.</em></p> <p><em><strong>Hasil. </strong> Kami melakukan penelitian terhadap sekuens PB1-F2 sebanyak 3262 influenza A/H5N1 dan 2472 Influenza A/H1N1pdm09. Hasil analisis menunjukkan bahwa semua sekuens A/H5N1 memiliki panjang yang penuh sebanyak 90 asam amino, kecuali influenza pandemi 2009 hanya memiliki panjang 87 asam amino. Kemudian, ditemukan mutasi yang berhubungan dengan virulensi yang ditunjukan dengan perubahan asam amino Asparagin (N) menjadi Serin (S). Mutasi tersebut terjadi pada Influenza A/H5N1 sebanyak 8.5% dan Influenza A/H1N1pdm09 sebanyak 0.5%.</em></p> <p><em><strong>Kesimpulan. </strong> Ditemukan beberapa variasi panjang asam amino dan mutasi penting pada sekuens PB1-F2 dari subtipe yang berbeda yaitu influenza A/H5N1 dan A/H1N1pdm09 yang mengindikasikan seleksi spesifik karena introduksi dan adaptasi terhadap inang yang berbeda. Diperlukan penelitian lanjutan untuk lebih memahami variasi dan kontribusi protein PB1-F2 tersebut terhadap virulensi dan patogenitas virus Influenza.</em></p> <p><em><strong>Kata kunci : Patogenesis, Virus Influenza, Protein PB1-F2</strong></em></p><p> </p><p><strong>Abstract</strong></p> <p class="Default"><strong>Aim</strong>. Influenza virus PB1-F2 (<em>polymerase basic 1-frame 2</em>) protein is a novel protein previously shown to be involved in cell death induction and pathogenesis. Here we analysis the PB1-F2 protein of Influenza virus A/H5N1 and A/H1N1pdm09</p> <p class="Default"><strong>Method</strong>s. We conducted Gen Bank National Center for Biotechnology Information (NCBI) for A/H5N1 and A/H1N1pdm09 Influenza virus sequences database search started from 1997 until 2015. Data pertinent to this study is PB1 gene of A/H5N1 and A/H1N1pdm09 Influenza viruses. We conducted the multiple alignments to determine the various length and important mutation.</p> <p class="Default"> </p> <p><strong>Results</strong>. The PB1-F2 sequences from the 3262 Influenza A/H5N1 and 2472 Influenza A/H1N1pdm09 were studied. The analysis showed that all Influenza A/H5N1 carrying the full length 90 amino acids of PB2-F1 sequences, except the Influenza pandemic A/H1N1 2009, only 87 amino acids. In addition, the mutation indicates the presence of a significant correlation with the virulence shown by Serine at nucleotide number 66 which replaces Asparagines (N66S). The mutation occurs in 8.5% of Influenza A/H5N1 and 0.5% of Influenza A/H1N1pdm09.</p> <p><strong>Conclusion</strong>. Several varying length and important mutation of PB2-F1 sequences from different subtype of A/H5N1 and A/H1N1pdm09 were obtained which are indicating the positively selected in specific subtype due to introduction and adaptation into different host. The further studies are required to understanding this variability and contribution of PB1-F2 proteins in virulence and pathogenesis of influenza viruses.</p> <p><strong>Key Words : </strong>Pathogenesis, Influenza virus, PB-F2 Protein</p> |
|---|---|
| ISSN: | 2087-7021 2338-3437 |