Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes
Protein networks have been widely explored but most binding affinities remain unknown, limiting the quantitative interpretation of interactomes. Here the authors measure affinities of 65,000 interactions involving human PDZ domains and target sequence motifs relevant for viral infection and cancer.
| Main Authors: | , , , , , , , , , , , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Nature Portfolio
2022-09-01
|
| Series: | Nature Communications |
| Online Access: | https://doi.org/10.1038/s41467-022-33018-0 |
| _version_ | 1818022017784348672 |
|---|---|
| author | Gergo Gogl Boglarka Zambo Camille Kostmann Alexandra Cousido-Siah Bastien Morlet Fabien Durbesson Luc Negroni Pascal Eberling Pau Jané Yves Nominé Andras Zeke Søren Østergaard Élodie Monsellier Renaud Vincentelli Gilles Travé |
| author_facet | Gergo Gogl Boglarka Zambo Camille Kostmann Alexandra Cousido-Siah Bastien Morlet Fabien Durbesson Luc Negroni Pascal Eberling Pau Jané Yves Nominé Andras Zeke Søren Østergaard Élodie Monsellier Renaud Vincentelli Gilles Travé |
| author_sort | Gergo Gogl |
| collection | DOAJ |
| description | Protein networks have been widely explored but most binding affinities remain unknown, limiting the quantitative interpretation of interactomes. Here the authors measure affinities of 65,000 interactions involving human PDZ domains and target sequence motifs relevant for viral infection and cancer. |
| first_indexed | 2024-04-14T08:25:52Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-2abf01b5330741a686c599e55cea0dee |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 2041-1723 |
| language | English |
| last_indexed | 2024-04-14T08:25:52Z |
| publishDate | 2022-09-01 |
| publisher | Nature Portfolio |
| record_format | Article |
| series | Nature Communications |
| spelling | doaj.art-2abf01b5330741a686c599e55cea0dee2022-12-22T02:04:03ZengNature PortfolioNature Communications2041-17232022-09-0113111810.1038/s41467-022-33018-0Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomesGergo Gogl0Boglarka Zambo1Camille Kostmann2Alexandra Cousido-Siah3Bastien Morlet4Fabien Durbesson5Luc Negroni6Pascal Eberling7Pau Jané8Yves Nominé9Andras Zeke10Søren Østergaard11Élodie Monsellier12Renaud Vincentelli13Gilles Travé14Équipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de StrasbourgInstitut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Universite de StrasbourgÉquipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de StrasbourgÉquipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de StrasbourgInstitut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Universite de StrasbourgArchitecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), UMR 7257 CNRS-Aix-Marseille UniversitéInstitut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Universite de StrasbourgInstitut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Universite de StrasbourgÉquipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de StrasbourgÉquipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de StrasbourgBioinformatics Research Group, Research Centre for Natural SciencesNovo Nordisk A/S, Global Research Technologies, Novo Nordisk Research ParkÉquipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de StrasbourgArchitecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), UMR 7257 CNRS-Aix-Marseille UniversitéÉquipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de StrasbourgProtein networks have been widely explored but most binding affinities remain unknown, limiting the quantitative interpretation of interactomes. Here the authors measure affinities of 65,000 interactions involving human PDZ domains and target sequence motifs relevant for viral infection and cancer.https://doi.org/10.1038/s41467-022-33018-0 |
| spellingShingle | Gergo Gogl Boglarka Zambo Camille Kostmann Alexandra Cousido-Siah Bastien Morlet Fabien Durbesson Luc Negroni Pascal Eberling Pau Jané Yves Nominé Andras Zeke Søren Østergaard Élodie Monsellier Renaud Vincentelli Gilles Travé Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes Nature Communications |
| title | Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes |
| title_full | Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes |
| title_fullStr | Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes |
| title_full_unstemmed | Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes |
| title_short | Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes |
| title_sort | quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes |
| url | https://doi.org/10.1038/s41467-022-33018-0 |
| work_keys_str_mv | AT gergogogl quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT boglarkazambo quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT camillekostmann quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT alexandracousidosiah quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT bastienmorlet quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT fabiendurbesson quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT lucnegroni quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT pascaleberling quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT paujane quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT yvesnomine quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT andraszeke quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT sørenøstergaard quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT elodiemonsellier quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT renaudvincentelli quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes AT gillestrave quantitativefragmentomicsallowaffinitymappingofinteractomes |