Aligning coding sequences with frameshift extension penalties

Aligning coding sequences with frameshift extension penalties

Abstract Background Frameshift translation is an important phenomenon that contributes to the appearance of novel coding DNA sequences (CDS) and functions in gene evolution, by allowing alternative amino acid translations of gene coding regions. Frameshift translations can be identified by aligning...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Safa Jammali, Esaie Kuitche, Ayoub Rachati, François Bélanger, Michelle Scott, Aïda Ouangraoua
Формат:	Стаття
Мова:	English
Опубліковано:	BMC 2017-03-01
Серія:	Algorithms for Molecular Biology
Предмети:	Coding DNA sequences pairwise alignment Frameshifts Dynamic programming
Онлайн доступ:	http://link.springer.com/article/10.1186/s13015-017-0101-4

Схожі ресурси

SplicedFamAlign: CDS-to-gene spliced alignment and identification of transcript orthology groups
за авторством: Safa Jammali, та інші
Опубліковано: (2019-03-01)

On the efficiency of the genetic code after frameshift mutations
за авторством: Regine Geyer, та інші
Опубліковано: (2018-05-01)

SimSpliceEvol: alternative splicing-aware simulation of biological sequence evolution
за авторством: Esaie Kuitche, та інші
Опубліковано: (2019-12-01)

Frameshift peptides alter the properties of truncated FUS proteins in ALS-FUS
за авторством: Haiyan An, та інші
Опубліковано: (2020-05-01)

pmTM-align: scalable pairwise and multiple structure alignment with Apache Spark and OpenMP
за авторством: Weiya Chen, та інші
Опубліковано: (2020-09-01)

Pairwise Heuristic Sequence Alignment Algorithm Based on Deep Reinforcement Learning
за авторством: Yong-Joon Song, та інші
Опубліковано: (2021-01-01)

Factor-Dependent Internal Ribosome Entry Site and -1 Programmed Frameshifting Signal in the Bemisia-Associated Dicistrovirus 2
за авторством: Yihang Chen, та інші
Опубліковано: (2024-04-01)

Modulation of Viral Programmed Ribosomal Frameshifting and Stop Codon Readthrough by the Host Restriction Factor Shiftless
за авторством: Sawsan Napthine, та інші
Опубліковано: (2021-06-01)

On programmed ribosomal frameshifting: the alternative proteomes
за авторством: Robin eKetteler
Опубліковано: (2012-11-01)

PRFect: a tool to predict programmed ribosomal frameshifts in prokaryotic and viral genomes
за авторством: Katelyn McNair, та інші
Опубліковано: (2024-02-01)

A frameshift in time
за авторством: Martina M Yordanova, та інші
Опубліковано: (2022-04-01)

Correctness by Construction for Pairwise Sequence Alignment Algorithm in Bio-Sequence
за авторством: Haihe Shi, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

Molecular Dynamics Simulations Suggest a Non-Doublet Decoding Model of −1 Frameshifting by tRNA<sup>Ser3</sup>
за авторством: Thomas Caulfield, та інші
Опубліковано: (2019-11-01)

A new frameshift mutation in L1CAM producing X‐linked hydrocephalus
за авторством: Weiqi Kong, та інші
Опубліковано: (2020-01-01)

Abracadabra, One Becomes Two: The Importance of Context in Viral −1 Programmed Ribosomal Frameshifting
за авторством: Wesley D. Penn, та інші
Опубліковано: (2022-08-01)

On extension of pairwise θ-continuous maps
за авторством: S. K. Sen, та інші
Опубліковано: (1996-01-01)

A Mouse Model with a Frameshift Mutation in the Nuclear Factor I/X (NFIX) Gene Has Phenotypic Features of Marshall‐Smith Syndrome
за авторством: Kreepa G. Kooblall, та інші
Опубліковано: (2023-06-01)

Identification of Two Novel Amalgaviruses in the Common Eelgrass (Zostera marina) and in Silico Analysis of the Amalgavirus +1 Programmed Ribosomal Frameshifting Sites
Опубліковано: (2018-04-01)

Alignment of vaccine codes using an ontology of vaccine descriptions
за авторством: Benedikt FH Becker, та інші
Опубліковано: (2022-10-01)

The Historical Evolution and Significance of Multiple Sequence Alignment in Molecular Structure and Function Prediction
за авторством: Chenyue Zhang, та інші
Опубліковано: (2024-11-01)

A novel frameshift variant in the TSPAN12 gene causes autosomal dominant FEVR
за авторством: Li Peng, та інші
Опубліковано: (2022-06-01)

Investigating the correlation between Xrn1-resistant RNAs and frameshifter pseudoknots
за авторством: Ivar W. Dilweg, та інші
Опубліковано: (2023-12-01)

Translational Frameshifting in the <i>chlD</i> Gene Gives a Clue to the Coevolution of the Chlorophyll and Cobalamin Biosyntheses
за авторством: Stepan Kuznetsov, та інші
Опубліковано: (2022-06-01)

First report from Turkey of a rare frameshift mutation [codons 9/10 (+T)] in the beta-globin gene
за авторством: Ramazan Güneşaçar, та інші
Опубліковано: (2011-12-01)

Identifying a novel frameshift pathogenic variant in a Chinese family with neurofibromatosis type 1 and review of literature
за авторством: Xiao-Hui Guo, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

Liddle syndrome misdiagnosed as primary aldosteronism resulting from a novel frameshift mutation of SCNN1B
за авторством: Peng Fan, та інші
Опубліковано: (2018-12-01)

Frameshifting in the P6 cDNA Phage Display System
за авторством: Veerle Somers, та інші
Опубліковано: (2010-12-01)

Identification of a novel frameshift variation in ANKRD11: a case report of KBG syndrome
за авторством: Qing Shao, та інші
Опубліковано: (2025-01-01)

Frameshift mutation in SQSTM1 causes proximal myopathy with rimmed vacuoles: A case report
за авторством: Rui Wu, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

Distinct clinical phenotypes in a family with a novel truncating MEN1 frameshift mutation
за авторством: Christoph Welsch, та інші
Опубліковано: (2022-03-01)

The identification of a novel frameshift insertion mutation in the EXT1 gene in a Chinese family with hereditary multiple exostoses
за авторством: Wanlu Liu, та інші
Опубліковано: (2022-09-01)

Identification of a Novel CCM1 Frameshift Mutation in a Chinese Han Family With Multiple Cerebral Cavernous Malformations
за авторством: Fan Zhang, та інші
Опубліковано: (2020-09-01)

Estimasi Parameter Super Pairwise Alignment pada Kombinasi Virus Dengue Menggunakan Particle Swarm Optimization
за авторством: Dinita Rahmalia, та інші
Опубліковано: (2019-08-01)

Identifying Inhibitors of −1 Programmed Ribosomal Frameshifting in a Broad Spectrum of Coronaviruses
за авторством: Sneha Munshi, та інші
Опубліковано: (2022-01-01)

A Novel Frameshifting Inhibitor Having Antiviral Activity against Zoonotic Coronaviruses
за авторством: Dae-Gyun Ahn, та інші
Опубліковано: (2021-08-01)

Identification of Viral Taxon-Specific Genes (VTSG): Application to
за авторством: Shinduck Kang, та інші
Опубліковано: (2018-12-01)

Efficient computation of Hash Hirschberg protein alignment utilizing hyper threading multi‐core sharing technology
за авторством: Muhannad Abu‐Hashem, та інші
Опубліковано: (2022-06-01)

Frameshift variation in the HMG-CoA reductase gene and unresponsiveness to cholesterol-lowering drugs in type 2 diabetes mellitus patients
за авторством: Esmat Khaleqsefat, та інші
Опубліковано: (2025-01-01)

Gene characteristics predicting missense, nonsense and frameshift mutations in tumor samples
за авторством: Ivan P. Gorlov, та інші
Опубліковано: (2018-11-01)

Alternative production of pro-death Bax∆2 protein via ribosomal frameshift in Alzheimer’s disease
за авторством: Qi Yao, та інші
Опубліковано: (2024-11-01)