Analiza EST klonov križancev Coffea arabica X Coffea canephora in Coffea canephora X Coffea congensis
EST ali oznake izraženih zaporedij so DNA zaporedja, dolga od 100 do 800 baznih parov, pridobljena z eno reakcijo določanja nukleotidnega zaporedja cDNA molekulam iz 5’ ali 3’ smeri. Vsebujejo prepisana, ne nujno pa tudi prevedena, zaporedja genov ter pogosto tudi elemente vektorjev. Predstavljajo p...
| Main Authors: | , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
University of Ljubljana Press (Založba Univerze v Ljubljani)
2012-05-01
|
| Series: | Acta Agriculturae Slovenica |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://journals.uni-lj.si/aas/article/view/14533 |
| _version_ | 1826532287581257728 |
|---|---|
| author | Tina SVETEK Nataša ŠIBANC |
| author_facet | Tina SVETEK Nataša ŠIBANC |
| author_sort | Tina SVETEK |
| collection | DOAJ |
| description | EST ali oznake izraženih zaporedij so DNA zaporedja, dolga od 100 do 800 baznih parov, pridobljena z eno reakcijo določanja nukleotidnega zaporedja cDNA molekulam iz 5’ ali 3’ smeri. Vsebujejo prepisana, ne nujno pa tudi prevedena, zaporedja genov ter pogosto tudi elemente vektorjev. Predstavljajo presežen nabor izraženih genov v nekem vzorcu in se uporabljajo za študije izražanja genov, iskanje novih genov, raziskave alternativnega izrezovanja intronov idr. Mnogokrat predstavljajo prvo orodje funkcionalne genomike manj raziskanih organizmov. Zaradi presežnosti se jih mnogokrat združuje v gruče. Največjo zbirko EST zaporedij vzdržuje NCBI, imenuje se dbEST in ima več kot 70 milijonov zaporedij. V omenjeni bazi smo poiskali klone EST dveh križancev kave, Coffea arabica X Coffea canephora ter Coffea canephora X Coffea congensis, ter s pomočjo BLAST algoritma poiskali katere proteine kodirajo. Najdenim proteinom smo nato določili ontologijo. |
| first_indexed | 2024-03-08T23:23:36Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-46efdb39ee084bbf94deef325b8a481f |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 1854-1941 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-03-14T01:48:50Z |
| publishDate | 2012-05-01 |
| publisher | University of Ljubljana Press (Založba Univerze v Ljubljani) |
| record_format | Article |
| series | Acta Agriculturae Slovenica |
| spelling | doaj.art-46efdb39ee084bbf94deef325b8a481f2025-03-12T12:21:37ZengUniversity of Ljubljana Press (Založba Univerze v Ljubljani)Acta Agriculturae Slovenica1854-19412012-05-01991859210.14720/aas.2012.99.1.1453320925Analiza EST klonov križancev Coffea arabica X Coffea canephora in Coffea canephora X Coffea congensisTina SVETEK0Nataša ŠIBANC1Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za agronomijo, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana, SlovenijaUniverza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za agronomijo, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana, SlovenijaEST ali oznake izraženih zaporedij so DNA zaporedja, dolga od 100 do 800 baznih parov, pridobljena z eno reakcijo določanja nukleotidnega zaporedja cDNA molekulam iz 5’ ali 3’ smeri. Vsebujejo prepisana, ne nujno pa tudi prevedena, zaporedja genov ter pogosto tudi elemente vektorjev. Predstavljajo presežen nabor izraženih genov v nekem vzorcu in se uporabljajo za študije izražanja genov, iskanje novih genov, raziskave alternativnega izrezovanja intronov idr. Mnogokrat predstavljajo prvo orodje funkcionalne genomike manj raziskanih organizmov. Zaradi presežnosti se jih mnogokrat združuje v gruče. Največjo zbirko EST zaporedij vzdržuje NCBI, imenuje se dbEST in ima več kot 70 milijonov zaporedij. V omenjeni bazi smo poiskali klone EST dveh križancev kave, Coffea arabica X Coffea canephora ter Coffea canephora X Coffea congensis, ter s pomočjo BLAST algoritma poiskali katere proteine kodirajo. Najdenim proteinom smo nato določili ontologijo.https://journals.uni-lj.si/aas/article/view/14533estcoffea arabica x coffea canephoracoffea canephora x coffea congensisblastontologijabioinformatika |
| spellingShingle | Tina SVETEK Nataša ŠIBANC Analiza EST klonov križancev Coffea arabica X Coffea canephora in Coffea canephora X Coffea congensis Acta Agriculturae Slovenica est coffea arabica x coffea canephora coffea canephora x coffea congensis blast ontologija bioinformatika |
| title | Analiza EST klonov križancev Coffea arabica X Coffea canephora in Coffea canephora X Coffea congensis |
| title_full | Analiza EST klonov križancev Coffea arabica X Coffea canephora in Coffea canephora X Coffea congensis |
| title_fullStr | Analiza EST klonov križancev Coffea arabica X Coffea canephora in Coffea canephora X Coffea congensis |
| title_full_unstemmed | Analiza EST klonov križancev Coffea arabica X Coffea canephora in Coffea canephora X Coffea congensis |
| title_short | Analiza EST klonov križancev Coffea arabica X Coffea canephora in Coffea canephora X Coffea congensis |
| title_sort | analiza est klonov krizancev coffea arabica x coffea canephora in coffea canephora x coffea congensis |
| topic | est coffea arabica x coffea canephora coffea canephora x coffea congensis blast ontologija bioinformatika |
| url | https://journals.uni-lj.si/aas/article/view/14533 |
| work_keys_str_mv | AT tinasvetek analizaestklonovkrizancevcoffeaarabicaxcoffeacanephoraincoffeacanephoraxcoffeacongensis AT natasasibanc analizaestklonovkrizancevcoffeaarabicaxcoffeacanephoraincoffeacanephoraxcoffeacongensis |