تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم‌های ژن‌های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف‌شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده‌های RNA-Seq
باقیمانده خوراک مصرف‌شده (RFI) تفاوت بین مقدار واقعی خوراک مصرف شده با مقدار مورد انتظار آن در هر دام می‌باشد. انتخاب برای بهبود بازده خوراک دام از طریق RFI به دلیل استقلال فنوتیپی آن از وزن متابولیکی بدن و افزایش وزن بدن پیشنهاد شده است. جهت کشف ارتباط بین ساختار بیان ژن‌ها و ایزو فرم‌های مرتبط با...
| Main Authors: | , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
Ferdowsi University of Mashhad
2019-01-01
|
| Series: | پژوهشهای علوم دامی ایران |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://ijasr.um.ac.ir/article_36348_772ae4bf3af6e30d73399af61c4f7537.pdf |
| _version_ | 1818640236129812480 |
|---|---|
| author | حمیدرضا ایزدنیا مجتبی طهمورث پور محمدرضا بختیاری زاده محمدرضا نصیری سعید اسماعیل خانیان |
| author_facet | حمیدرضا ایزدنیا مجتبی طهمورث پور محمدرضا بختیاری زاده محمدرضا نصیری سعید اسماعیل خانیان |
| author_sort | حمیدرضا ایزدنیا |
| collection | DOAJ |
| description | باقیمانده خوراک مصرف‌شده (RFI) تفاوت بین مقدار واقعی خوراک مصرف شده با مقدار مورد انتظار آن در هر دام می‌باشد. انتخاب برای بهبود بازده خوراک دام از طریق RFI به دلیل استقلال فنوتیپی آن از وزن متابولیکی بدن و افزایش وزن بدن پیشنهاد شده است. جهت کشف ارتباط بین ساختار بیان ژن‌ها و ایزو فرم‌های مرتبط با آن‌ها و همچنین نقش تنظیمی آن‌ها در باقیمانده خوراک مصرف‌شده در مرغ، پروفایل ترانسکریپت‌های کبد در سن 42 روزگی در دو گروه مرغان بومی اصفهان و مرغان سویه راس مورد بررسی قرار گرفت. باقیمانده خوراک مصرف‌شده جوجه‌های بومی اصفهان و سویه راس به‌ترتیب(+13.430±5.393 g/day) و(-11.212±4.435g/day) بود. آنالیز تفرقی بیان با استفاده از بسته نرم‌افزاری Cuffdiff (v2.2.1) برای بیش از 45070 ایزو فرم مربوط به 19003 ژن انجام شد. طبقه‌بندی ایزو فرم‌های بر اساس نتایج Cuffcompare تعداد 16121 ایزو فرم در مرغ بومی اصفهان کاهش بیان نشان دادند و 28949 ایزو فرم افزایش بیان نشان دادند. از کل ایزو فرم‌های شناسایی‌شده 21081 ایزو فرم جدید بودند. 206 ایزو فرم تغییر بیان یافته بین مرغ سویه راس و مرغ بومی اصفهان شناسایی شد. از بین این ایزو فرم‌ها، در مرغ بومی اصفهان نسبت به مرغ سویه راس، تعداد 126 ایزو فرم مربوط به 99 ژن کاهش و 80 ایزو فرم مربوط به 55 ژن، افزایش بیان نشان دادند. نتایج تجزیه و تحلیل عملکردی ژن‌ها نشان داد ایزو فرم‌های کاهش بیان یافته‌ی گونه بومی عمدتاً در فرآیندهای زیستی مختلف ازجمله واکنش‌دهی به استرس، پاسخ به ترکیب حاوی اکسیژن، واکنش‌دهی به چربی، توسعه ارگان‌های حیوان، واکنش‌دهی به مواد مغذی، واکنش‌دهی به سیتوکین‌ها، پاسخ به سطوح تغذیه، فرآیند بیوسنتز مولکول‌های تکی، فرآیندهای بیوسنتز چربی‌ها و فرآیندهای تنظیم ارگانیزم‌های چندگانه نقش داشتند. شناسایی ژن‌های اختلاف بیان یافته و ایزو فرم‌های آن‌ها بین جوجه‌های دو نژاد منجر به شناسایی ژن‌های کاندید مهم برای برنامه‌های به‌نژادی، ازجمله RSAD2، IL15، EGR1 و DUSP16 شد. این ژن‌ها می‌توانند با باقیمانده بالاتر نژاد بومی مرتبط باشند. |
| first_indexed | 2024-12-16T23:08:03Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-4802fb95b930435380fb2cf336ce0e1d |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 2008-3106 2423-4001 |
| language | fas |
| last_indexed | 2024-12-16T23:08:03Z |
| publishDate | 2019-01-01 |
| publisher | Ferdowsi University of Mashhad |
| record_format | Article |
| series | پژوهشهای علوم دامی ایران |
| spelling | doaj.art-4802fb95b930435380fb2cf336ce0e1d2022-12-21T22:12:29ZfasFerdowsi University of Mashhadپژوهشهای علوم دامی ایران2008-31062423-40012019-01-0110454155210.22067/ijasr.v10i4.6906136348تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم‌های ژن‌های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف‌شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده‌های RNA-Seqحمیدرضا ایزدنیا0مجتبی طهمورث پور1محمدرضا بختیاری زاده2محمدرضا نصیری3سعید اسماعیل خانیان4دانشگاه فردوسی مشهددانشگاه فردوسی مشهددانشگاه تهراندانشگاه فردوسی مشهدموسسه علوم دامی کشورباقیمانده خوراک مصرف‌شده (RFI) تفاوت بین مقدار واقعی خوراک مصرف شده با مقدار مورد انتظار آن در هر دام می‌باشد. انتخاب برای بهبود بازده خوراک دام از طریق RFI به دلیل استقلال فنوتیپی آن از وزن متابولیکی بدن و افزایش وزن بدن پیشنهاد شده است. جهت کشف ارتباط بین ساختار بیان ژن‌ها و ایزو فرم‌های مرتبط با آن‌ها و همچنین نقش تنظیمی آن‌ها در باقیمانده خوراک مصرف‌شده در مرغ، پروفایل ترانسکریپت‌های کبد در سن 42 روزگی در دو گروه مرغان بومی اصفهان و مرغان سویه راس مورد بررسی قرار گرفت. باقیمانده خوراک مصرف‌شده جوجه‌های بومی اصفهان و سویه راس به‌ترتیب(+13.430±5.393 g/day) و(-11.212±4.435g/day) بود. آنالیز تفرقی بیان با استفاده از بسته نرم‌افزاری Cuffdiff (v2.2.1) برای بیش از 45070 ایزو فرم مربوط به 19003 ژن انجام شد. طبقه‌بندی ایزو فرم‌های بر اساس نتایج Cuffcompare تعداد 16121 ایزو فرم در مرغ بومی اصفهان کاهش بیان نشان دادند و 28949 ایزو فرم افزایش بیان نشان دادند. از کل ایزو فرم‌های شناسایی‌شده 21081 ایزو فرم جدید بودند. 206 ایزو فرم تغییر بیان یافته بین مرغ سویه راس و مرغ بومی اصفهان شناسایی شد. از بین این ایزو فرم‌ها، در مرغ بومی اصفهان نسبت به مرغ سویه راس، تعداد 126 ایزو فرم مربوط به 99 ژن کاهش و 80 ایزو فرم مربوط به 55 ژن، افزایش بیان نشان دادند. نتایج تجزیه و تحلیل عملکردی ژن‌ها نشان داد ایزو فرم‌های کاهش بیان یافته‌ی گونه بومی عمدتاً در فرآیندهای زیستی مختلف ازجمله واکنش‌دهی به استرس، پاسخ به ترکیب حاوی اکسیژن، واکنش‌دهی به چربی، توسعه ارگان‌های حیوان، واکنش‌دهی به مواد مغذی، واکنش‌دهی به سیتوکین‌ها، پاسخ به سطوح تغذیه، فرآیند بیوسنتز مولکول‌های تکی، فرآیندهای بیوسنتز چربی‌ها و فرآیندهای تنظیم ارگانیزم‌های چندگانه نقش داشتند. شناسایی ژن‌های اختلاف بیان یافته و ایزو فرم‌های آن‌ها بین جوجه‌های دو نژاد منجر به شناسایی ژن‌های کاندید مهم برای برنامه‌های به‌نژادی، ازجمله RSAD2، IL15، EGR1 و DUSP16 شد. این ژن‌ها می‌توانند با باقیمانده بالاتر نژاد بومی مرتبط باشند.https://ijasr.um.ac.ir/article_36348_772ae4bf3af6e30d73399af61c4f7537.pdfایزو فرمباقیمانده خوراک مصرف‌شدهمرغrna-seq |
| spellingShingle | حمیدرضا ایزدنیا مجتبی طهمورث پور محمدرضا بختیاری زاده محمدرضا نصیری سعید اسماعیل خانیان تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم‌های ژن‌های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف‌شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده‌های RNA-Seq پژوهشهای علوم دامی ایران ایزو فرم باقیمانده خوراک مصرف‌شده مرغ rna-seq |
| title | تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم‌های ژن‌های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف‌شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده‌های RNA-Seq |
| title_full | تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم‌های ژن‌های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف‌شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده‌های RNA-Seq |
| title_fullStr | تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم‌های ژن‌های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف‌شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده‌های RNA-Seq |
| title_full_unstemmed | تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم‌های ژن‌های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف‌شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده‌های RNA-Seq |
| title_short | تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم‌های ژن‌های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف‌شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده‌های RNA-Seq |
| title_sort | تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم‌های ژن‌های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف‌شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده‌های rna seq |
| topic | ایزو فرم باقیمانده خوراک مصرف‌شده مرغ rna-seq |
| url | https://ijasr.um.ac.ir/article_36348_772ae4bf3af6e30d73399af61c4f7537.pdf |
| work_keys_str_mv | AT ḥmydrḍạạyzdnyạ tjzyhwtḥlylprwfạylbyạnạyzwfrmhạyzẖnhạymrtbṭbạbạqymạndhkẖwrạḵmṣrfsẖdhdrḵbdmrgẖbwmyạṣfhạnwmrgẖswyhrạsbạạstfạdhạzdạdhhạyrnaseq AT mjtbyṭhmwrtẖpwr tjzyhwtḥlylprwfạylbyạnạyzwfrmhạyzẖnhạymrtbṭbạbạqymạndhkẖwrạḵmṣrfsẖdhdrḵbdmrgẖbwmyạṣfhạnwmrgẖswyhrạsbạạstfạdhạzdạdhhạyrnaseq AT mḥmdrḍạbkẖtyạryzạdh tjzyhwtḥlylprwfạylbyạnạyzwfrmhạyzẖnhạymrtbṭbạbạqymạndhkẖwrạḵmṣrfsẖdhdrḵbdmrgẖbwmyạṣfhạnwmrgẖswyhrạsbạạstfạdhạzdạdhhạyrnaseq AT mḥmdrḍạnṣyry tjzyhwtḥlylprwfạylbyạnạyzwfrmhạyzẖnhạymrtbṭbạbạqymạndhkẖwrạḵmṣrfsẖdhdrḵbdmrgẖbwmyạṣfhạnwmrgẖswyhrạsbạạstfạdhạzdạdhhạyrnaseq AT sʿydạsmạʿylkẖạnyạn tjzyhwtḥlylprwfạylbyạnạyzwfrmhạyzẖnhạymrtbṭbạbạqymạndhkẖwrạḵmṣrfsẖdhdrḵbdmrgẖbwmyạṣfhạnwmrgẖswyhrạsbạạstfạdhạzdạdhhạyrnaseq |