Assessment of genetic diversity in Brassica juncea Brassicaceae genotypes using phenotypic differences and SSR markers
Las especies de mostaza del género Brassica representan uno de los cultivos de semillas oleaginosas más importantes en India, sin embargo, su diversidad genética es poco conocida. Para la utilización de genotipos en programas de cultivos resulta esencial un mayor conocimiento sobre este tema. Debido...
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|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Universidad de Costa Rica
2013-12-01
|
| Series: | Revista de Biología Tropical |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://www.scielo.sa.cr/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0034-77442013000500027&lng=en&tlng=en |
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| author | Vinu V. Naveen Singh Sujata Vasudev Devendra Kumar Yadava Sushil Kumar Sugandh Naresh Sripad Ramachandra Bhat Kumble Vinod Prabhu |
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| description | Las especies de mostaza del género Brassica representan uno de los cultivos de semillas oleaginosas más importantes en India, sin embargo, su diversidad genética es poco conocida. Para la utilización de genotipos en programas de cultivos resulta esencial un mayor conocimiento sobre este tema. Debido a ello, se evaluó la diversidad genética entre 44 genotipos de mostaza de la India Brassica juncea incluyendo variedades y líneas puras de diferentes zonas agro-climáticas de la India y algunos genotipos exóticos Australia, Polonia y China. Para ello, se utilizaron marcadores SSR específicos del genoma A y B y datos fenotípicos del rendimiento de 12 cosechas y sus características. De los 143 primers evaluados, 134 reportaron polimorfismo y un total de 355 alelos fueron amplificados. Se generaron dendrogramas a partir de los coeficientes de similitud de Jaccard y de disimilitud Manhattan, basados en un algoritmo de vinculación promedio UPGMA. Se utilizaron datos de marcadores genéticos y datos fenotípicos. Los genotipos se agruparon en cuatro grupos basados en las distancias genéticas. Ambos patrones de agrupamiento, tanto los basados en los coeficientes de similitud de Jaccard como los basados en los de disimilitud Manhattan, separaron independientemente los genotipos por su genealogía y origen, de una manera efectiva. El PCoA reveló que la agrupación de genotipos basada en datos de marcadores SSR, es más convincente que los datos fenotípicos, sin embargo, se observó que la correlación entre las matrices de distancia fenotípica y genética resultó muy baja r=0.11. Por lo tanto, para estudios de diversidad basados en marcadores moleculares es necesario realizar más pruebas. Los marcadores SSR constituyen herramientas más eficientes para discriminar entre genotipos de B. juncea, que las características cuantitativas. |
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| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 0034-7744 |
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| publishDate | 2013-12-01 |
| publisher | Universidad de Costa Rica |
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| series | Revista de Biología Tropical |
| spelling | doaj.art-48d10c4cb95e4ce3ae9542ec3e6425572024-08-03T06:41:47ZengUniversidad de Costa RicaRevista de Biología Tropical0034-77442013-12-0161419191934S0034-77442013000500027Assessment of genetic diversity in Brassica juncea Brassicaceae genotypes using phenotypic differences and SSR markersVinu V.0Naveen Singh1Sujata Vasudev2Devendra Kumar Yadava3Sushil Kumar4Sugandh Naresh5Sripad Ramachandra Bhat6Kumble Vinod Prabhu7Indian Agricultural Research InstituteIndian Agricultural Research InstituteIndian Agricultural Research InstituteIndian Agricultural Research InstituteNRC on Plant BiotechnologyNRC on Plant BiotechnologyNRC on Plant BiotechnologyIndian Agricultural Research InstituteLas especies de mostaza del género Brassica representan uno de los cultivos de semillas oleaginosas más importantes en India, sin embargo, su diversidad genética es poco conocida. Para la utilización de genotipos en programas de cultivos resulta esencial un mayor conocimiento sobre este tema. Debido a ello, se evaluó la diversidad genética entre 44 genotipos de mostaza de la India Brassica juncea incluyendo variedades y líneas puras de diferentes zonas agro-climáticas de la India y algunos genotipos exóticos Australia, Polonia y China. Para ello, se utilizaron marcadores SSR específicos del genoma A y B y datos fenotípicos del rendimiento de 12 cosechas y sus características. De los 143 primers evaluados, 134 reportaron polimorfismo y un total de 355 alelos fueron amplificados. Se generaron dendrogramas a partir de los coeficientes de similitud de Jaccard y de disimilitud Manhattan, basados en un algoritmo de vinculación promedio UPGMA. Se utilizaron datos de marcadores genéticos y datos fenotípicos. Los genotipos se agruparon en cuatro grupos basados en las distancias genéticas. Ambos patrones de agrupamiento, tanto los basados en los coeficientes de similitud de Jaccard como los basados en los de disimilitud Manhattan, separaron independientemente los genotipos por su genealogía y origen, de una manera efectiva. El PCoA reveló que la agrupación de genotipos basada en datos de marcadores SSR, es más convincente que los datos fenotípicos, sin embargo, se observó que la correlación entre las matrices de distancia fenotípica y genética resultó muy baja r=0.11. Por lo tanto, para estudios de diversidad basados en marcadores moleculares es necesario realizar más pruebas. Los marcadores SSR constituyen herramientas más eficientes para discriminar entre genotipos de B. juncea, que las características cuantitativas.http://www.scielo.sa.cr/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0034-77442013000500027&lng=en&tlng=enBrassica junceagenetic diversityquantitative traitsSSR markers |
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