انگشت‌نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری‌های هتروسیت‌دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پالیندروم‌های به شدت تکراری به عنوان مارکرهای مولکولی
هدف از این مطالعه، یافتن روابط فیلوژنتیک سیانوباکتری‌ها براساس ژن‌های 16S rRNA و ITS و توالی‌های پالیندرومی HIP، ERIC و STRR بوده است. به این منظور، نمونه‌برداری از پنج چشمه از قنات‌های کم‌عمق روستاهای گنبدکاووس (استان گلستان) انجام شد و در محیط کشت Z8 خالص‌سازی گردید. پس از استخراج DNA، ژن‌های 16S...
| Main Authors: | , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Agricultural Research, Education and Extension Organization
2022-09-01
|
| Series: | رستنی‌ها |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://rostaniha.areeo.ac.ir/article_127211_8197970c27aae3659daf803cc20c3b6a.pdf |
| _version_ | 1811183341556203520 |
|---|---|
| author | بهاره نوروزی حسین فهیمی |
| author_facet | بهاره نوروزی حسین فهیمی |
| author_sort | بهاره نوروزی |
| collection | DOAJ |
| description | هدف از این مطالعه، یافتن روابط فیلوژنتیک سیانوباکتری‌ها براساس ژن‌های 16S rRNA و ITS و توالی‌های پالیندرومی HIP، ERIC و STRR بوده است. به این منظور، نمونه‌برداری از پنج چشمه از قنات‌های کم‌عمق روستاهای گنبدکاووس (استان گلستان) انجام شد و در محیط کشت Z8 خالص‌سازی گردید. پس از استخراج DNA، ژن‌های 16S rRNA و ITS تکثیر و توالی‌یابی شدند. درخت فیلوژنتیک با استفاده از روش Likelihood Maximum و مدل مناسب به کمک وب سرور برخط Iqtree server ساخته شد. ساختار ثانویه ITS، در بخش‌های مختلف مارپیچ D1-D1′، D2، D3، tRNAIle، tRNAAla، BOX B، BOX A و V3 به کمک برنامه Mfold رسم شد. سپس، آنالیز فیلوژنتیک انگشت‌نگاری‌ها به کمک حضور و عدم حضور باندهای مجزا و قابل تکثیر در هر الگوی انگشت‌نگاری DNA تولید شده با پروفایل‌های PCR HIP، ERIC و STRR، به اطلاعات دوتایی تبدیل برای ساختن دندروگرام مرکب، استفاده شد. نتایج نشان داد که سویه‌های مورد بررسی متعلق به چهار تیره به اسامی Aphanizomenonaceae، Nostocaceae، Hapalosiphonaceae و Calotrichaceae از زیربخش راسته Nostocales بودند. نتایج کلاسترهای دندروگرام‌های رسم شده حاصل از تکثیر توالی‌های پالیندرومی تاییدکننده کلاستربندی‌های درخت‌های فیلوژنتیکی بود. به هر حال، نتایج حاصل از بخش‌های متغیر در بخش‌های D1-D1′ و Box-B ژن ITS، ساختارهای ثانویه منحصر به فردی یافت گردید که الگوی مشابهی با سویه‌های نزدیک به خود را نداشتند. نتایج کلی نشان داد که داده‌های حاصل از انگشت‌نگاری‌های ژنومیک، آنالیزهای درون‌رایانه‌ای و فیلوژنتیکی، برای تمایز سویه‌های نزدیک به هم سیانوباکتری‌ها بسیار مفید می‌باشند. |
| first_indexed | 2024-04-11T09:46:15Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-4b6b9063fb2e4077b4f04c9f9b0cc9e9 |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 1608-4306 2423-6608 |
| language | English |
| last_indexed | 2024-04-11T09:46:15Z |
| publishDate | 2022-09-01 |
| publisher | Agricultural Research, Education and Extension Organization |
| record_format | Article |
| series | رستنی‌ها |
| spelling | doaj.art-4b6b9063fb2e4077b4f04c9f9b0cc9e92022-12-22T04:30:58ZengAgricultural Research, Education and Extension Organizationرستنی‌ها1608-43062423-66082022-09-012317910410.22092/botany.2022.358594.1306127211انگشت‌نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری‌های هتروسیت‌دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پالیندروم‌های به شدت تکراری به عنوان مارکرهای مولکولیبهاره نوروزی0حسین فهیمی1استادیار زیست‌شناسی مولکولی سیانوباکتری‌ها، گروه بیوتکنولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایراناستادیار گروه ژنتیک، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، دانشگاه علوم پزشکی آزاد اسلامی تهران، ایرانهدف از این مطالعه، یافتن روابط فیلوژنتیک سیانوباکتری‌ها براساس ژن‌های 16S rRNA و ITS و توالی‌های پالیندرومی HIP، ERIC و STRR بوده است. به این منظور، نمونه‌برداری از پنج چشمه از قنات‌های کم‌عمق روستاهای گنبدکاووس (استان گلستان) انجام شد و در محیط کشت Z8 خالص‌سازی گردید. پس از استخراج DNA، ژن‌های 16S rRNA و ITS تکثیر و توالی‌یابی شدند. درخت فیلوژنتیک با استفاده از روش Likelihood Maximum و مدل مناسب به کمک وب سرور برخط Iqtree server ساخته شد. ساختار ثانویه ITS، در بخش‌های مختلف مارپیچ D1-D1′، D2، D3، tRNAIle، tRNAAla، BOX B، BOX A و V3 به کمک برنامه Mfold رسم شد. سپس، آنالیز فیلوژنتیک انگشت‌نگاری‌ها به کمک حضور و عدم حضور باندهای مجزا و قابل تکثیر در هر الگوی انگشت‌نگاری DNA تولید شده با پروفایل‌های PCR HIP، ERIC و STRR، به اطلاعات دوتایی تبدیل برای ساختن دندروگرام مرکب، استفاده شد. نتایج نشان داد که سویه‌های مورد بررسی متعلق به چهار تیره به اسامی Aphanizomenonaceae، Nostocaceae، Hapalosiphonaceae و Calotrichaceae از زیربخش راسته Nostocales بودند. نتایج کلاسترهای دندروگرام‌های رسم شده حاصل از تکثیر توالی‌های پالیندرومی تاییدکننده کلاستربندی‌های درخت‌های فیلوژنتیکی بود. به هر حال، نتایج حاصل از بخش‌های متغیر در بخش‌های D1-D1′ و Box-B ژن ITS، ساختارهای ثانویه منحصر به فردی یافت گردید که الگوی مشابهی با سویه‌های نزدیک به خود را نداشتند. نتایج کلی نشان داد که داده‌های حاصل از انگشت‌نگاری‌های ژنومیک، آنالیزهای درون‌رایانه‌ای و فیلوژنتیکی، برای تمایز سویه‌های نزدیک به هم سیانوباکتری‌ها بسیار مفید می‌باشند.https://rostaniha.areeo.ac.ir/article_127211_8197970c27aae3659daf803cc20c3b6a.pdfآنالیزهای درون رایانه‌ایaphanizomenonaceaecalotrichaceaehapalosiphonaceae nostocaceae |
| spellingShingle | بهاره نوروزی حسین فهیمی انگشت‌نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری‌های هتروسیت‌دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پالیندروم‌های به شدت تکراری به عنوان مارکرهای مولکولی رستنی‌ها آنالیزهای درون رایانه‌ای aphanizomenonaceae calotrichaceae hapalosiphonaceae nostocaceae |
| title | انگشت‌نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری‌های هتروسیت‌دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پالیندروم‌های به شدت تکراری به عنوان مارکرهای مولکولی |
| title_full | انگشت‌نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری‌های هتروسیت‌دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پالیندروم‌های به شدت تکراری به عنوان مارکرهای مولکولی |
| title_fullStr | انگشت‌نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری‌های هتروسیت‌دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پالیندروم‌های به شدت تکراری به عنوان مارکرهای مولکولی |
| title_full_unstemmed | انگشت‌نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری‌های هتروسیت‌دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پالیندروم‌های به شدت تکراری به عنوان مارکرهای مولکولی |
| title_short | انگشت‌نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری‌های هتروسیت‌دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پالیندروم‌های به شدت تکراری به عنوان مارکرهای مولکولی |
| title_sort | انگشت‌نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری‌های هتروسیت‌دار با استفاده از مناطق 16s rrna، its و پالیندروم‌های به شدت تکراری به عنوان مارکرهای مولکولی |
| topic | آنالیزهای درون رایانه‌ای aphanizomenonaceae calotrichaceae hapalosiphonaceae nostocaceae |
| url | https://rostaniha.areeo.ac.ir/article_127211_8197970c27aae3659daf803cc20c3b6a.pdf |
| work_keys_str_mv | AT bhạrhnwrwzy ạngsẖtngạrywfylwzẖnymwlḵwlybrkẖyạzsyạnwbạḵtryhạyhtrwsytdạrbạạstfạdhạzmnạṭq16srrnaitswpạlyndrwmhạybhsẖdttḵrạrybhʿnwạnmạrḵrhạymwlḵwly AT ḥsynfhymy ạngsẖtngạrywfylwzẖnymwlḵwlybrkẖyạzsyạnwbạḵtryhạyhtrwsytdạrbạạstfạdhạzmnạṭq16srrnaitswpạlyndrwmhạybhsẖdttḵrạrybhʿnwạnmạrḵrhạymwlḵwly |