شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف بهعهده دارند
میکرو RNAها گروهی از RNAهای کوچک غیررمزکننده پروتئین با طول تقریبا 18 تا 24 نوکلئوتید هستند که در تغییرات پس از رونویسی در یوکاریوتها نقش سرکوب کننده mRNA دارند. به عبارت دیگر میکرو RNA بیان ژن را یا از طریق تجزیه یا سرکوب ترجمه mRNA تنظیم می. میکرو RNAها بهطور مستقیم بر فرآیندهای مانند رشد و نمو...
| Main Authors: | , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
University of Birjand
2021-09-01
|
| Series: | تنش های محیطی در علوم زراعی |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://escs.birjand.ac.ir/article_1725_b960fef624f3da29a541b07de84649fa.pdf |
| Summary: | میکرو RNAها گروهی از RNAهای کوچک غیررمزکننده پروتئین با طول تقریبا 18 تا 24 نوکلئوتید هستند که در تغییرات پس از رونویسی در یوکاریوتها نقش سرکوب کننده mRNA دارند. به عبارت دیگر میکرو RNA بیان ژن را یا از طریق تجزیه یا سرکوب ترجمه mRNA تنظیم می. میکرو RNAها بهطور مستقیم بر فرآیندهای مانند رشد و نمو، ریخت شناسی، زمان گلدهی، سوخت و ساز، متابولیسم اسیدهای چرب، گلیکولیز و پاسخ به تنش‌های زنده و غیر زنده در گیاهان تاثیرگذار هستند. برای شناسایی میکرو RNAها روش‌های مختلفی وجود دارد که استفاده از داده‌های زیستی(بیوانفورماتیک) یکی ازکمهزینهترین و سادهترین روش‌ها می‌باشد. توالی‌های miRAN بالغ شناخته‌شده از شمار زیادی گونه جانوری، گیاهی از پایگاه داده miRBase دانلود شد. از توالی‌های miRNA به‌عنوان توالی شناخته‌شده برای یافتن miRNAهای حفاظتشده بر پایه جستجوی همسانی بین miRNAها با GSSهای گیاه کلزا استفاده شد. ابتدا توالی‌های GSS در گیاه کلزا از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNAهای شناخته‌شده BLASTn شدند. برای شناسایی رونوشتها و ژن‌های هدف از تشابه مکمل معکوس بین miRNA و رونوشت هدف استفاده شد. در نهایت پنج عدد miRNA بالغ جدید شناسایی‌شد. ژن‌های مانند LUC7L3 ,UEL1D ,WSD1 ,LBD41 ,HST,NST1 ,CIPK26 و CNOT11 که به چندین خانواده ژنی با عملکردهای بیولوژیکی مختلف تعلق داشتند، شناسایی‌شد. در این تحقیق از سرورها و نرمافزارهای مانند Mfold، miRBase، psRNATarget و GC content استفاده شد. |
|---|---|
| ISSN: | 2228-7604 2383-3084 |