شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف بهعهده دارند
میکرو RNAها گروهی از RNAهای کوچک غیررمزکننده پروتئین با طول تقریبا 18 تا 24 نوکلئوتید هستند که در تغییرات پس از رونویسی در یوکاریوتها نقش سرکوب کننده mRNA دارند. به عبارت دیگر میکرو RNA بیان ژن را یا از طریق تجزیه یا سرکوب ترجمه mRNA تنظیم می. میکرو RNAها بهطور مستقیم بر فرآیندهای مانند رشد و نمو...
| Main Authors: | , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
University of Birjand
2021-09-01
|
| Series: | تنش های محیطی در علوم زراعی |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://escs.birjand.ac.ir/article_1725_b960fef624f3da29a541b07de84649fa.pdf |
| _version_ | 1797227218226642944 |
|---|---|
| author | مراد چشمه نور محمدرضا بی همتا علی اکبر شاه نجات بوشهری علیرضا عباسی بهرام علیزاده |
| author_facet | مراد چشمه نور محمدرضا بی همتا علی اکبر شاه نجات بوشهری علیرضا عباسی بهرام علیزاده |
| author_sort | مراد چشمه نور |
| collection | DOAJ |
| description | میکرو RNAها گروهی از RNAهای کوچک غیررمزکننده پروتئین با طول تقریبا 18 تا 24 نوکلئوتید هستند که در تغییرات پس از رونویسی در یوکاریوتها نقش سرکوب کننده mRNA دارند. به عبارت دیگر میکرو RNA بیان ژن را یا از طریق تجزیه یا سرکوب ترجمه mRNA تنظیم می. میکرو RNAها بهطور مستقیم بر فرآیندهای مانند رشد و نمو، ریخت شناسی، زمان گلدهی، سوخت و ساز، متابولیسم اسیدهای چرب، گلیکولیز و پاسخ به تنش‌های زنده و غیر زنده در گیاهان تاثیرگذار هستند. برای شناسایی میکرو RNAها روش‌های مختلفی وجود دارد که استفاده از داده‌های زیستی(بیوانفورماتیک) یکی ازکمهزینهترین و سادهترین روش‌ها می‌باشد. توالی‌های miRAN بالغ شناخته‌شده از شمار زیادی گونه جانوری، گیاهی از پایگاه داده miRBase دانلود شد. از توالی‌های miRNA به‌عنوان توالی شناخته‌شده برای یافتن miRNAهای حفاظتشده بر پایه جستجوی همسانی بین miRNAها با GSSهای گیاه کلزا استفاده شد. ابتدا توالی‌های GSS در گیاه کلزا از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNAهای شناخته‌شده BLASTn شدند. برای شناسایی رونوشتها و ژن‌های هدف از تشابه مکمل معکوس بین miRNA و رونوشت هدف استفاده شد. در نهایت پنج عدد miRNA بالغ جدید شناسایی‌شد. ژن‌های مانند LUC7L3 ,UEL1D ,WSD1 ,LBD41 ,HST,NST1 ,CIPK26 و CNOT11 که به چندین خانواده ژنی با عملکردهای بیولوژیکی مختلف تعلق داشتند، شناسایی‌شد. در این تحقیق از سرورها و نرمافزارهای مانند Mfold، miRBase، psRNATarget و GC content استفاده شد. |
| first_indexed | 2024-04-24T14:37:18Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-4f50abe18ea6495b88c32abfd2b46c09 |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 2228-7604 2383-3084 |
| language | fas |
| last_indexed | 2024-04-24T14:37:18Z |
| publishDate | 2021-09-01 |
| publisher | University of Birjand |
| record_format | Article |
| series | تنش های محیطی در علوم زراعی |
| spelling | doaj.art-4f50abe18ea6495b88c32abfd2b46c092024-04-02T23:39:45ZfasUniversity of Birjandتنش های محیطی در علوم زراعی2228-76042383-30842021-09-0114358559410.22077/escs.2020.3099.17951725شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف بهعهده دارندمراد چشمه نور0محمدرضا بی همتا1علی اکبر شاه نجات بوشهری2علیرضا عباسی3بهرام علیزاده4محقق بخش تحقیقات دانه‌های روغنی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی لرستاناستاد پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه تهراناستاد پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه تهراندانشیار پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه تهراندانشیار بخش تحقیقات دانه‌های روغنی، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات ،آموزش و ترویج کشاورزی،کرج، ایرانمیکرو RNAها گروهی از RNAهای کوچک غیررمزکننده پروتئین با طول تقریبا 18 تا 24 نوکلئوتید هستند که در تغییرات پس از رونویسی در یوکاریوتها نقش سرکوب کننده mRNA دارند. به عبارت دیگر میکرو RNA بیان ژن را یا از طریق تجزیه یا سرکوب ترجمه mRNA تنظیم می. میکرو RNAها بهطور مستقیم بر فرآیندهای مانند رشد و نمو، ریخت شناسی، زمان گلدهی، سوخت و ساز، متابولیسم اسیدهای چرب، گلیکولیز و پاسخ به تنش‌های زنده و غیر زنده در گیاهان تاثیرگذار هستند. برای شناسایی میکرو RNAها روش‌های مختلفی وجود دارد که استفاده از داده‌های زیستی(بیوانفورماتیک) یکی ازکمهزینهترین و سادهترین روش‌ها می‌باشد. توالی‌های miRAN بالغ شناخته‌شده از شمار زیادی گونه جانوری، گیاهی از پایگاه داده miRBase دانلود شد. از توالی‌های miRNA به‌عنوان توالی شناخته‌شده برای یافتن miRNAهای حفاظتشده بر پایه جستجوی همسانی بین miRNAها با GSSهای گیاه کلزا استفاده شد. ابتدا توالی‌های GSS در گیاه کلزا از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNAهای شناخته‌شده BLASTn شدند. برای شناسایی رونوشتها و ژن‌های هدف از تشابه مکمل معکوس بین miRNA و رونوشت هدف استفاده شد. در نهایت پنج عدد miRNA بالغ جدید شناسایی‌شد. ژن‌های مانند LUC7L3 ,UEL1D ,WSD1 ,LBD41 ,HST,NST1 ,CIPK26 و CNOT11 که به چندین خانواده ژنی با عملکردهای بیولوژیکی مختلف تعلق داشتند، شناسایی‌شد. در این تحقیق از سرورها و نرمافزارهای مانند Mfold، miRBase، psRNATarget و GC content استفاده شد.https://escs.birjand.ac.ir/article_1725_b960fef624f3da29a541b07de84649fa.pdfتوالی gssروش داده‌های زیستییوکاریوتکلزاmrna هدف |
| spellingShingle | مراد چشمه نور محمدرضا بی همتا علی اکبر شاه نجات بوشهری علیرضا عباسی بهرام علیزاده شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف بهعهده دارند تنش های محیطی در علوم زراعی توالی gss روش داده‌های زیستی یوکاریوت کلزا mrna هدف |
| title | شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف بهعهده دارند |
| title_full | شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف بهعهده دارند |
| title_fullStr | شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف بهعهده دارند |
| title_full_unstemmed | شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف بهعهده دارند |
| title_short | شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف بهعهده دارند |
| title_sort | شناسایی میکرو rnaهای جدید در کلزا brassica napus l و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف بهعهده دارند |
| topic | توالی gss روش داده‌های زیستی یوکاریوت کلزا mrna هدف |
| url | https://escs.birjand.ac.ir/article_1725_b960fef624f3da29a541b07de84649fa.pdf |
| work_keys_str_mv | AT mrạdcẖsẖmhnwr sẖnạsạyymyḵrwrnahạyjdyddrḵlzạbrassicanapuslwnqsẖyḵhdrsrḵwbzẖnhạyhdfbhʿhdhdạrnd AT mḥmdrḍạbyhmtạ sẖnạsạyymyḵrwrnahạyjdyddrḵlzạbrassicanapuslwnqsẖyḵhdrsrḵwbzẖnhạyhdfbhʿhdhdạrnd AT ʿlyạḵbrsẖạhnjạtbwsẖhry sẖnạsạyymyḵrwrnahạyjdyddrḵlzạbrassicanapuslwnqsẖyḵhdrsrḵwbzẖnhạyhdfbhʿhdhdạrnd AT ʿlyrḍạʿbạsy sẖnạsạyymyḵrwrnahạyjdyddrḵlzạbrassicanapuslwnqsẖyḵhdrsrḵwbzẖnhạyhdfbhʿhdhdạrnd AT bhrạmʿlyzạdh sẖnạsạyymyḵrwrnahạyjdyddrḵlzạbrassicanapuslwnqsẖyḵhdrsrḵwbzẖnhạyhdfbhʿhdhdạrnd |