Cooking small and large portions of “biodiversity‐soup”: Miniaturized DNA metabarcoding PCRs perform as good as large‐volume PCRs

Cooking small and large portions of “biodiversity‐soup”: Miniaturized DNA metabarcoding PCRs perform as good as large‐volume PCRs

Abstract DNA metabarcoding is a powerful tool to assess arthropod diversity in environmental bulk samples such as Malaise trap, pitfall trap, or hand net samples. While comparative performance tests for different extraction protocols, primers, and Taq polymerases have been made, the effect of differ...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Dominik Buchner, Arne J. Beermann, Florian Leese, Martina Weiss
Формат:	Стаття
Мова:	English
Опубліковано:	Wiley 2021-07-01
Серія:	Ecology and Evolution
Предмети:	amplicon sequencing biomonitoring bulk sample Malaise trap PCR bias
Онлайн доступ:	https://doi.org/10.1002/ece3.7753

Схожі ресурси

Maximizing Identification Precision of Hymenoptera and Brachycera (Diptera) With a Non‐Destructive DNA Metabarcoding Approach
за авторством: Isabel C. Kilian, та інші
Опубліковано: (2025-01-01)

Is it worth the extra mile? Comparing environmental DNA and RNA metabarcoding for vertebrate and invertebrate biodiversity surveys in a lowland stream
за авторством: Till-Hendrik Macher, та інші
Опубліковано: (2024-10-01)

Persisting roadblocks in arthropod monitoring using non-destructive metabarcoding from collection media of passive traps
за авторством: Lucas Sire, та інші
Опубліковано: (2023-10-01)

Enhancement of PCRs by Partial Restriction Digestion of Genomic Templates
за авторством: Raymond Vázquez, та інші
Опубліковано: (1999-01-01)

PCRS: Personalized Career-Path Recommender System for Engineering Students
за авторством: Manar Qamhieh, та інші
Опубліковано: (2020-01-01)

Using Malaise Traps and Metabarcoding for Biodiversity Assessment in Vineyards: Effects of Weather and Trapping Effort
за авторством: Marvin Kaczmarek, та інші
Опубліковано: (2022-05-01)

It's raining species: Rainwash eDNA metabarcoding as a minimally invasive method to assess tree canopy invertebrate diversity
за авторством: Till‐Hendrik Macher, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

Exploring the utility of bioaerosol metagenomics compared to PCRs for swine pathogen surveillance
за авторством: Adrian Muwonge, та інші
Опубліковано: (2024-10-01)

Characterizing Crustose Lichen Communities—DNA Metabarcoding Reveals More than Meets the Eye
за авторством: Jacob R. Henrie, та інші
Опубліковано: (2022-09-01)

Characterizing parasitic nematode faunas in faeces and soil using DNA metabarcoding
за авторством: Marie Louise Davey, та інші
Опубліковано: (2021-08-01)

Allele-Specific Dual PCRs to Identify Members of the 27a Cluster of PPV
за авторством: Vivien Tamás, та інші
Опубліковано: (2022-07-01)

High-throughput multiplex qPCRs for the surveillance of zoonotic species of canine hookworms.
за авторством: Luca Massetti, та інші
Опубліковано: (2020-06-01)

Ethanol eDNA Reveals Unique Community Composition of Aquatic Macroinvertebrates Compared to Bulk Tissue Metabarcoding in a Biomonitoring Sampling Scheme
за авторством: Sadhna Fiona Persaud, та інші
Опубліковано: (2021-01-01)

Long PCRs of Transposons in the Structural Analysis of Genes Encoding Acquired Glycopeptide Resistance in Enterococci
за авторством: H. Haaheim, та інші
Опубліковано: (1998-03-01)

Development of two multiplex PCRs for microsatellite analysis in Alpine chamois (Rupicapra r. rupicapra)
за авторством: P. Sacchi, та інші
Опубліковано: (2010-01-01)

The Phylogeny, Biodiversity, and Ecology of the Chloroflexi in Activated Sludge
за авторством: Lachlan B. M. Speirs, та інші
Опубліковано: (2019-09-01)

Comparison of Pan-Lyssavirus RT-PCRs and Development of an Improved Protocol for Surveillance of Non-RABV Lyssaviruses
за авторством: Petra Drzewnioková, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

Prevalence and detection of Tropheryma whipplei in the stools of Korean patients with diarrhea using real-time PCRs
за авторством: Sumi Yoon, та інші
Опубліковано: (2022-12-01)

Outpatient palliative care referral system (PCRS) for patients with advanced cancer: an impact evaluation protocol
за авторством: Filippo de Braud, та інші
Опубліковано: (2022-10-01)

Adjuvant immunotherapy in resected esophageal squamous cell carcinoma: a gospel to the non-pCRs
за авторством: Zhihui Zhang, та інші
Опубліковано: (2021-08-01)

Biodiversity assessment of tropical shelf eukaryotic communities via pelagic eDNA metabarcoding
за авторством: Judith Bakker, та інші
Опубліковано: (2019-12-01)

PERFORMANCE OF CONVENTIONAL PCRs BASED ON PRIMERS DIRECTED TO NUCLEAR AND MITOCHONDRIAL GENES FOR THE DETECTION AND IDENTIFICATION OF Leishmania spp.
за авторством: Estela Gallucci LOPES, та інші
Опубліковано: (2016-01-01)

Novel High-Throughput Multiplex qPCRs for the Detection of Canine Vector-Borne Pathogens in the Asia-Pacific
за авторством: Lucas Huggins, та інші
Опубліковано: (2021-05-01)

New Real-Time PCRs to Differentiate <i>Rickettsia</i> spp. and <i>Rickettsia conorii</i>
за авторством: Valeria Blanda, та інші
Опубліковано: (2020-09-01)

Comparative Evaluation of Three Commercial Quantitative Real-Time PCRs Used in Japan for Bovine Leukemia Virus
за авторством: Syuji Yoneyama, та інші
Опубліковано: (2022-05-01)

Brazilian Portuguese version of the Patient Competency Rating Scale (PCRS-R-BR): semantic adaptation and validity
за авторством: Nicolle Zimmermann, та інші
Опубліковано: (2014-03-01)

Fruticose Lichen Communities at the Edge: Distribution and Diversity in a Desert Sky Island on the Colorado Plateau
за авторством: Abigail Robison, та інші
Опубліковано: (2022-09-01)

mbctools: A User-Friendly Metabarcoding and Cross-Platform Pipeline for Analyzing Multiple Amplicon Sequencing Data across a Large Diversity of Organisms
за авторством: Barnabé, Christian, та інші
Опубліковано: (2024-12-01)

Navigating diversity: primer impact on arthropod recovery in molecular environmental monitoring in tropical Amazon
за авторством: Fernanda Valente Penner, та інші
Опубліковано: (2024-12-01)

Home is where the hollow is: Revealing vertebrate tree hollow user biodiversity with eDNA metabarcoding
за авторством: Joshua P. Newton, та інші
Опубліковано: (2022-09-01)

Diatom metabarcoding as a tool to assess the water quality of two large tributaries of the Danube River
за авторством: Danijela Vidaković, та інші
Опубліковано: (2024-11-01)

Optimizing insect metabarcoding using replicated mock communities
за авторством: Elzbieta Iwaszkiewicz‐Eggebrecht, та інші
Опубліковано: (2023-04-01)

Fauna de Alticini (Newman) (Coleoptera, Chrysomelidae, Galerucinae) em diferentes estágios sucessionais na Floresta com Araucária do Paraná, Brasil: diversidade e estimativa de riqueza de espécies Alticini (Newman) (Coleoptera, Chrysomelidae, Galerucinae) fauna in different successional stages in an Araucaria Forest of Paraná, Brazil: diversity and estimation of species richness
за авторством: Adelita Maria Linzmeier, та інші
Опубліковано: (2006-03-01)

Percevejos (Hemiptera: Heteroptera) em plantio de Eucalyptus urophylla e Floresta Estacional Semidecidual Montana no Estado da Bahia
за авторством: Ângela Neves Azevêdo, та інші
Опубліковано: (2022-08-01)

Detection of non-pathogenic and pathogenic populations of Vibrio parahaemolyticus in various samples by the conventional, quantitative and droplet digital PCRs
за авторством: Sinisa Vidovic, та інші
Опубліковано: (2024-02-01)

Comparative Assessment of In-House Real-Time PCRs Targeting Enteric Disease-Associated Microsporidia in Human Stool Samples
за авторством: Konstantin Tanida, та інші
Опубліковано: (2021-05-01)

COMPARAÇÃO DA SENSIBILIDADE DE DIFERENTES PCRS PARA A DETECÇÃO DO DNA DE BARTONELLA HENSELAE
за авторством: Marina Rovani Drummond, та інші
Опубліковано: (2023-10-01)

Multiplex real-time PCRs for detection of Salmonella, Listeria monocytogenes, and verotoxigenic Escherichia coli in carcasses of slaughtered animals
за авторством: Denis Edyta, та інші
Опубліковано: (2016-09-01)

Development of O-antigen gene cluster-specific PCRs for rapid typing six epidemic serogroups of <it>Leptospira </it>in China
за авторством: Qin Jin-Hong, та інші
Опубліковано: (2010-03-01)

Robber flies and hover flies (Insecta, Diptera, Asilidae and Syrphidae) in beech forests of the central Apennines: a contribution to the inventory of insect biodiversity in Italian State Nature Reserves
за авторством: Alice Lenzi, та інші
Опубліковано: (2023-05-01)