Representing true plant genomes: haplotype-resolved hybrid pepper genome with trio-binning

Representing true plant genomes: haplotype-resolved hybrid pepper genome with trio-binning

As sequencing costs decrease and availability of high fidelity long-read sequencing increases, generating experiment specific de novo genome assemblies becomes feasible. In many crop species, obtaining the genome of a hybrid or heterozygous individual is necessary for systems that do not tolerate in...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Emily E. Delorean, Ramey C. Youngblood, Sheron A. Simpson, Ashley N. Schoonmaker, Brian E. Scheffler, William B. Rutter, Amanda M. Hulse-Kemp
Định dạng:	Bài viết
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Frontiers Media S.A. 2023-11-01
Loạt:	Frontiers in Plant Science
Những chủ đề:	haplotype pepper genome assembly trio-binning HiFi
Truy cập trực tuyến:	https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2023.1184112/full

Những quyển sách tương tự

Chromosome-Scale, Haplotype-Resolved Genome Assembly of Suaeda Glauca
Bằng: Liuxi Yi, et al.
Được phát hành: (2022-05-01)

Metagenomic binning of PacBio HiFi data prior to assembly reveals a complete genome of Cosmopolites sordidus (Germar) (Coleopterea: Curculionidae, Dryophthorinae) the most damaging arthropod pest of bananas and plantains
Bằng: Alfredo Rodriguez Ruiz, et al.
Được phát hành: (2023-11-01)

Haplotype-resolved assembly of auto-polyploid genomes via combining Hi-C and gametic data
Bằng: Xiaohui Zhang, et al.
Được phát hành: (2024-04-01)

Haplotype-resolved Chinese male genome assembly based on high-fidelity sequencing
Bằng: Xiaofei Yang, et al.
Được phát hành: (2022-11-01)

Hybrid de novo and haplotype-resolved genome assembly of Vechur cattle — elucidating genetic variation
Bằng: Poorvishaa V. Muthusamy, et al.
Được phát hành: (2024-03-01)

Genome assembly of Melilotus officinalis provides a new reference genome for functional genomics
Bằng: Aoran Meng, et al.
Được phát hành: (2024-04-01)

A binning tool to reconstruct viral haplotypes from assembled contigs
Bằng: Jiao Chen, et al.
Được phát hành: (2019-11-01)

Chromosome‐Level Genome Assembly for the Chinese Serow (Capricornis milneedwardsii) Provides Insights Into Its Taxonomic Status and Evolution
Bằng: Anning Li, et al.
Được phát hành: (2024-10-01)

Physical separation of haplotypes in dikaryons allows benchmarking of phasing accuracy in Nanopore and HiFi assemblies with Hi-C data
Bằng: Hongyu Duan, et al.
Được phát hành: (2022-03-01)

MitoHiFi: a python pipeline for mitochondrial genome assembly from PacBio high fidelity reads
Bằng: Marcela Uliano-Silva, et al.
Được phát hành: (2023-07-01)

A near complete genome assembly of chia assists in identification of key fatty acid desaturases in developing seeds
Bằng: Leiting Li, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

Chromosome-Scale, Haplotype-Resolved Genome Assembly of Non-Sex-Reversal Females of Swamp Eel Using High-Fidelity Long Reads and Hi-C Data
Bằng: Hai-Feng Tian, et al.
Được phát hành: (2022-05-01)

A chromosome-level genome of the helmet catfish (Cranoglanis bouderius)
Bằng: Yuan Xu, et al.
Được phát hành: (2022-08-01)

Highly accurate long reads are crucial for realizing the potential of biodiversity genomics
Bằng: Scott Hotaling, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

Long-read de novo genome assembly of Gulf toadfish (Opsanus beta)
Bằng: Nicholas S. Kron, et al.
Được phát hành: (2024-09-01)

A chromosome-level genome assembly of a model conifer plant, the Japanese cedar, Cryptomeria japonica D. Don
Bằng: Takeshi Fujino, et al.
Được phát hành: (2024-11-01)

A chromosome-level genome assembly of the Chinese cork oak (Quercus variabilis)
Bằng: Biao Han, et al.
Được phát hành: (2022-09-01)

Speech community formation : a sociolinguistic profile of the Trio of Suriname
Bằng: Eithne B. Carlin
Được phát hành: (1998-01-01)

The draft genome of the microscopic Nemertoderma westbladi sheds light on the evolution of Acoelomorpha genomes
Bằng: Samuel Abalde, et al.
Được phát hành: (2023-09-01)

MetaTOR: A Computational Pipeline to Recover High-Quality Metagenomic Bins From Mammalian Gut Proximity-Ligation (meta3C) Libraries
Bằng: Lyam Baudry, et al.
Được phát hành: (2019-08-01)

Genome-wide analysis of DNA methylation in 106 schizophrenia family trios in Han Chinese
Bằng: Lu Shen, et al.
Được phát hành: (2021-10-01)

Assembly and comparative analysis of the complete mitochondrial genome of Salix wilsonii using PacBio HiFi sequencing
Bằng: Fuchuan Han, et al.
Được phát hành: (2022-11-01)

Unraveling metagenomics through long-read sequencing: a comprehensive review
Bằng: Chankyung Kim, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

Integrating chromatin conformation information in a self-supervised learning model improves metagenome binning
Bằng: Harrison Ho, et al.
Được phát hành: (2023-09-01)

Assembly and comparative analysis of the first complete mitochondrial genome of Salix psammophila, a good windbreak and sand fixation shrub
Bằng: Hongxia Qiao, et al.
Được phát hành: (2024-10-01)

Gapless Genome Assembly of Puccinia triticina Provides Insights into Chromosome Evolution in Pucciniales
Bằng: Chuang Li, et al.
Được phát hành: (2023-02-01)

Chromosome-level genome assembly of the sacoglossan sea slug Elysia timida (Risso, 1818)
Bằng: Lisa Männer, et al.
Được phát hành: (2024-10-01)

GTasm: a genome assembly method using graph transformers and HiFi reads
Bằng: Junwei Luo, et al.
Được phát hành: (2024-10-01)

Chromosome-level genome assembly of Ajuga decumbens
Bằng: Yubang Gao, et al.
Được phát hành: (2024-06-01)

A high fidelity approach to assembling the complex Borrelia genome
Bằng: Sabrina Hepner, et al.
Được phát hành: (2023-07-01)

De novo assembly of the complete mitochondrial genome of pepino (Solanum muricatum) using PacBio HiFi sequencing: insights into structure, phylogenetic implications, and RNA editing
Bằng: Ziwei Li, et al.
Được phát hành: (2024-05-01)

Target-seq: single workflow for detection of genome integration site, DNA translocation and off-target events
Bằng: Pei-Zhong Tang, et al.
Được phát hành: (2023-05-01)

HiFiAdapterFilt, a memory efficient read processing pipeline, prevents occurrence of adapter sequence in PacBio HiFi reads and their negative impacts on genome assembly
Bằng: Sheina B. Sim, et al.
Được phát hành: (2022-02-01)

A de novo assembled high-quality chromosome-scale Trifolium pratense genome and fine-scale phylogenetic analysis
Bằng: Zhenfei Yan, et al.
Được phát hành: (2022-07-01)

Comprehensive de novo mutation discovery with HiFi long-read sequencing
Bằng: Erdi Kucuk, et al.
Được phát hành: (2023-05-01)

HiFiBGC: an ensemble approach for improved biosynthetic gene cluster detection in PacBio HiFi-read metagenomes
Bằng: Amit Yadav, et al.
Được phát hành: (2024-11-01)

HiFi long-read amplicon sequencing for full-spectrum variants of human mtDNA
Bằng: Yan Lin, et al.
Được phát hành: (2024-05-01)

Initiation of genomics-assisted breeding in Virginia-type peanuts through the generation of a de novo reference genome and informative markers
Bằng: Cassondra S. Newman, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

The ‘Trio Presidency’ of the Council of the European Union: Towards More Continuity?
Bằng: Raik Ele
Được phát hành: (2015-02-01)

A near-complete genome assembly of Thalia dealbata Fraser (Marantaceae)
Bằng: Min Tang, et al.
Được phát hành: (2023-06-01)