Amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis purificado de hisopados nasofaríngeos por un método de bajo costo, rápido (60-segundos) y libre de equipos
Objetivo. Desarrollar y evaluar un método de bajo costo basado en celulosa para la purificación rápida y amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis de hisopados nasofaríngeos. Materiales y métodos. Se prepararon discos de celulosa y se evaluaron diferentes parámetros (buffers de lisis/lava...
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| Published: |
Instituto Nacional de Salud
2022-09-01
|
| Series: | Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública |
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| Online Access: | https://rpmesp.ins.gob.pe/index.php/rpmesp/article/view/10865 |
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| author | Eduardo Juscamayta-López Faviola Valdivia María Pía Soto Helen Horna Brenda Nureña |
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| description | Objetivo. Desarrollar y evaluar un método de bajo costo basado en celulosa para la purificación rápida y amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis de hisopados nasofaríngeos. Materiales y métodos. Se prepararon discos de celulosa y se evaluaron diferentes parámetros (buffers de lisis/lavado, número de discos y elución de ADN). El método se acopló a una amplificación directa por PCR en tiempo real (qPCR) y se estimó el rendimiento utilizando hisopados nasofaríngeos que fueron positivos (n=100) y negativos (n=50) para ADN B. pertussis por qPCR, comparado con el método basado en columnas de sílice. Se calculó el grado de concordancia, sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN). Se evaluó la factibilidad del método rápido para ser acoplado a un ensayo colorimétrico de amplificación isotérmica mediada por lazo (LAMP). Resultados. El método rápido con un disco de celulosa y buffer de lisis y lavado conteniendo PVP-40 y Tween 20, respectivamente, mostró una mayor capacidad para purificar ADN amplificable de B. pertussis. El método tuvo una sensibilidad de 89,0% (IC95%, 80,2%-94,9%) y una especificidad de 98,5% (IC95%, 92,1%-100,0%), con un buen grado de concordancia (Kappa=0,867; IC95% 0,788 – 0,946), respecto al método referencial. Los VPP y VPN fueron 98,6% (IC95%, 92,7,2%-100,0%) y 88,2% (IC95%, 78,7%-94,4%), respectivamente. Se evidenció una amplificación exitosa por LAMP, y se obtuvieron resultados comparables con el método por columnas de sílice. Conclusión. El método desarrollado es simple, de bajo costo y libre de equipos para la obtención rápida (60 segundos) de ADN en el punto de atención, y puede ser implementado en diversas técnicas moleculares orientados al diagnóstico oportuno y al estudio epidemiológico de tos ferina |
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| spelling | doaj.art-7c2ef2e1c27341d5a2edac91869510652024-04-22T19:47:38ZspaInstituto Nacional de SaludRevista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública1726-46341726-46422022-09-013122010.17843/rpmesp.2022.393.108656952Amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis purificado de hisopados nasofaríngeos por un método de bajo costo, rápido (60-segundos) y libre de equiposEduardo Juscamayta-López0https://orcid.org/0000-0001-6843-3206Faviola Valdivia1https://orcid.org/0000-0001-8347-6853María Pía Soto2https://orcid.org/0000-0002-7885-2866Helen Horna3https://orcid.org/0000-0003-1020-6910Brenda Nureña4https://orcid.org/0000-0003-4433-6019Laboratorio de Infecciones Respiratorias Agudas, Centro Nacional de Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Lima, PerúLaboratorio de Infecciones Respiratorias Agudas, Centro Nacional de Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Lima, PerúLaboratorio de Infecciones Respiratorias Agudas, Centro Nacional de Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Lima, PerúLaboratorio de Infecciones Respiratorias Agudas, Centro Nacional de Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Lima, PerúLaboratorio de Infecciones Respiratorias Agudas, Centro Nacional de Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Lima, PerúObjetivo. Desarrollar y evaluar un método de bajo costo basado en celulosa para la purificación rápida y amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis de hisopados nasofaríngeos. Materiales y métodos. Se prepararon discos de celulosa y se evaluaron diferentes parámetros (buffers de lisis/lavado, número de discos y elución de ADN). El método se acopló a una amplificación directa por PCR en tiempo real (qPCR) y se estimó el rendimiento utilizando hisopados nasofaríngeos que fueron positivos (n=100) y negativos (n=50) para ADN B. pertussis por qPCR, comparado con el método basado en columnas de sílice. Se calculó el grado de concordancia, sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN). Se evaluó la factibilidad del método rápido para ser acoplado a un ensayo colorimétrico de amplificación isotérmica mediada por lazo (LAMP). Resultados. El método rápido con un disco de celulosa y buffer de lisis y lavado conteniendo PVP-40 y Tween 20, respectivamente, mostró una mayor capacidad para purificar ADN amplificable de B. pertussis. El método tuvo una sensibilidad de 89,0% (IC95%, 80,2%-94,9%) y una especificidad de 98,5% (IC95%, 92,1%-100,0%), con un buen grado de concordancia (Kappa=0,867; IC95% 0,788 – 0,946), respecto al método referencial. Los VPP y VPN fueron 98,6% (IC95%, 92,7,2%-100,0%) y 88,2% (IC95%, 78,7%-94,4%), respectivamente. Se evidenció una amplificación exitosa por LAMP, y se obtuvieron resultados comparables con el método por columnas de sílice. Conclusión. El método desarrollado es simple, de bajo costo y libre de equipos para la obtención rápida (60 segundos) de ADN en el punto de atención, y puede ser implementado en diversas técnicas moleculares orientados al diagnóstico oportuno y al estudio epidemiológico de tos ferinahttps://rpmesp.ins.gob.pe/index.php/rpmesp/article/view/10865pruebas en el punto de atenciónaislamiento & purificaciónadnbordetella pertussiscelulosatécnicas de diagnóstico molecularreacción en cadena en tiempo real de la polimerasaamplificación basada en la secuencia del ácido nucleicotos ferina |
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