Epidemiología genómica de los sublinajes δ del virus SARS-CoV-2 de la segunda ola de COVID en Antioquia en el 2021
Introducción. Durante el desarrollo de la pandemia por SARS-CoV-2 en Antioquia se presentaron picos epidemiológicos relacionados con las variantes α, ɣ, β, ƛ y δ, donde δ tuvo la mayor incidencia y prevalencia. Este linaje se considera una variante de preocupación dadas las manifestaciones clínicas...
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Instituto Nacional de Salud
2024-03-01
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| Series: | Biomédica: revista del Instituto Nacional de Salud |
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| author | Cristian Arbey Velarde Uriel Hurtado Andres Fernando Cardona Rios Celeny Ortiz Idabely Betancur |
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| description | Introducción. Durante el desarrollo de la pandemia por SARS-CoV-2 en Antioquia se presentaron picos epidemiológicos relacionados con las variantes α, ɣ, β, ƛ y δ, donde δ tuvo la mayor incidencia y prevalencia. Este linaje se considera una variante de preocupación dadas las manifestaciones clínicas que desencadena y sus características epidemiológicas. Se han informado 253 sublinajes δ en la base de datos PANGOLIN. La identificación de estos sublinajes mediante análisis genómico ha permitido rastrear su evolución y propagación.
Objetivo. Caracterizar la diversidad genética de los diferentes sublinajes δ de SARSCoV-2 en Antioquia y determinar su prevalencia.
Materiales y métodos. Se recopiló información sociodemográfica de 2.675 muestras y de 1.115 genomas del repositorio GISAID entre el 12 de julio de 2021 y el 18 de enero de 2022. Se seleccionaron 501 por su alto porcentaje de cobertura (>90 %) para realizar análisis filogenéticos e inferencia de frecuencias alélicas de mutaciones de interés.
Resultados. Se caracterizaron 24 sublinajes donde el más prevalente fue AY.25. En este sublinaje se identificaron mutaciones de interés como L452R, P681R y P681H, que comprendían una frecuencia cercana a 0,99.
Conclusiones. Este estudio permitió identificar que el sublinaje AY.25 tiene una ventaja de transmisión en comparación con los otros sublinajes δ. Esto puede estar relacionado con la presencia de las mutaciones L452R y P681R que en otros estudios se han visto asociadas con una mayor transmisibilidad, evasión del sistema inmunitario y menor eficacia de los medicamentos contra SARS-CoV-2. |
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| publishDate | 2024-03-01 |
| publisher | Instituto Nacional de Salud |
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| spelling | doaj.art-8b11218632b14b8687cbea48e07b30882024-04-22T17:48:06ZengInstituto Nacional de SaludBiomédica: revista del Instituto Nacional de Salud0120-41572590-73792024-03-01441546610.7705/biomedica.68628317Epidemiología genómica de los sublinajes δ del virus SARS-CoV-2 de la segunda ola de COVID en Antioquia en el 2021Cristian Arbey Velarde0https://orcid.org/0000-0002-5350-1832Uriel Hurtado1https://orcid.org/0000-0002-9201-3014Andres Fernando Cardona Rios2https://orcid.org/0000-0002-2125-5809Celeny Ortiz3https://orcid.org/0000-0001-7663-9167Idabely Betancur4https://orcid.org/0000-0002-2193-5011Laboratorio Departamental de Salud Pública de Antioquia, Secretaría Seccional de Salud y Protección Social de Antioquia, Medellín, ColombiaCorporación para Investigaciones Biológicas, Medellín, ColombiaLaboratorio Genómico One Health, Universidad Nacional, Medellín, ColombiaDirección de Salud Colectiva, Secretaria de Salud de Antioquia, Secretaría Seccional de Salud de Antioquia, Medellín, ColombiaLaboratorio Departamental de Salud Pública de Antioquia, Secretaría Seccional de Salud y Protección Social de Antioquia, Medellín, ColombiaIntroducción. Durante el desarrollo de la pandemia por SARS-CoV-2 en Antioquia se presentaron picos epidemiológicos relacionados con las variantes α, ɣ, β, ƛ y δ, donde δ tuvo la mayor incidencia y prevalencia. Este linaje se considera una variante de preocupación dadas las manifestaciones clínicas que desencadena y sus características epidemiológicas. Se han informado 253 sublinajes δ en la base de datos PANGOLIN. La identificación de estos sublinajes mediante análisis genómico ha permitido rastrear su evolución y propagación. Objetivo. Caracterizar la diversidad genética de los diferentes sublinajes δ de SARSCoV-2 en Antioquia y determinar su prevalencia. Materiales y métodos. Se recopiló información sociodemográfica de 2.675 muestras y de 1.115 genomas del repositorio GISAID entre el 12 de julio de 2021 y el 18 de enero de 2022. Se seleccionaron 501 por su alto porcentaje de cobertura (>90 %) para realizar análisis filogenéticos e inferencia de frecuencias alélicas de mutaciones de interés. Resultados. Se caracterizaron 24 sublinajes donde el más prevalente fue AY.25. En este sublinaje se identificaron mutaciones de interés como L452R, P681R y P681H, que comprendían una frecuencia cercana a 0,99. Conclusiones. Este estudio permitió identificar que el sublinaje AY.25 tiene una ventaja de transmisión en comparación con los otros sublinajes δ. Esto puede estar relacionado con la presencia de las mutaciones L452R y P681R que en otros estudios se han visto asociadas con una mayor transmisibilidad, evasión del sistema inmunitario y menor eficacia de los medicamentos contra SARS-CoV-2.https://revistabiomedica.org/index.php/biomedica/article/view/6862sars-cov-2secuenciación genómicasecuencia nucleotídicavigilancia en salud públicaárbol filogenéticomutaciónepidemiología |
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