Identification of tissue-specific cis-regulatory modules based on interactions between transcription factors

Identification of tissue-specific cis-regulatory modules based on interactions between transcription factors

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Evolutionary conservation has been used successfully to help identify cis-acting DNA regions that are important in regulating tissue-specific gene expression. Motivated by increasing evidence that some DNA regulatory regions are not...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Zack Donald J, Lin Jimmy, Yu Xueping, Qian Jiang
Định dạng:	Bài viết
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	BMC 2007-11-01
Loạt:	BMC Bioinformatics
Truy cập trực tuyến:	http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/437

Những quyển sách tương tự

Intronic cis-regulatory modules mediate tissue-specific and microbial control of angptl4/fiaf transcription.
Bằng: J Gray Camp, et al.
Được phát hành: (2012-01-01)

Studying the functional conservation of cis-regulatory modules and their transcriptional output
Bằng: Bailey Timothy L, et al.
Được phát hành: (2008-04-01)

Prediction of tissue-specific cis-regulatory modules using Bayesian networks and regression trees
Bằng: Chen Xiaoyu, et al.
Được phát hành: (2007-12-01)

Identification of High-Impact cis-Regulatory Mutations Using Transcription Factor Specific Random Forest Models.
Bằng: Dmitry Svetlichnyy, et al.
Được phát hành: (2015-11-01)

ModuleFinder : a computational model for the identification of Cis regulatory modules
Bằng: He, Fangxue
Được phát hành: (2006)

Predicting tissue specific cis-regulatory modules in the human genome using pairs of co-occurring motifs
Bằng: Girgis Hani Z, et al.
Được phát hành: (2012-02-01)

Distance and helical phase dependence of synergistic transcription activation in cis-regulatory module.
Bằng: Qilai Huang, et al.
Được phát hành: (2012-01-01)

Functional cis-regulatory modules encoded by mouse-specific endogenous retrovirus
Bằng: Vasavi Sundaram, et al.
Được phát hành: (2017-03-01)

Systematic identification of functional modules and cis-regulatory elements in <it>Arabidopsis thaliana</it>
Bằng: Ruan Jianhua, et al.
Được phát hành: (2011-11-01)

Statistical significance of cis-regulatory modules
Bằng: Smith Andrew D, et al.
Được phát hành: (2007-01-01)

TiGER: A database for tissue-specific gene expression and regulation
Bằng: Zack Donald J, et al.
Được phát hành: (2008-06-01)

The cis-regulatory logic of the mammalian photoreceptor transcriptional network.
Bằng: Timothy H-C Hsiau, et al.
Được phát hành: (2007-07-01)

Functional evolution of a cis-regulatory module.
Bằng: Michael Z Ludwig, et al.
Được phát hành: (2005-04-01)

Identification of transcriptional regulatory networks specific to pilocytic astrocytoma
Bằng: Gutmann David H, et al.
Được phát hành: (2011-07-01)

Comprehensive meta-analysis of Signal Transducers and Activators of Transcription (STAT) genomic binding patterns discerns cell-specific <it>cis</it>-regulatory modules
Bằng: Kang Keunsoo, et al.
Được phát hành: (2013-01-01)

Network discovery pipeline elucidates conserved time-of-day-specific cis-regulatory modules.
Bằng: Todd P Michael, et al.
Được phát hành: (2008-02-01)

The identification of cis-regulatory elements of runx3
Bằng: Nah, Giselle Sek Suan
Được phát hành: (2013)

The role of cis-regulatory elements in Plasmodium falciparum transcriptional regulation
Bằng: Lim, Eng How
Được phát hành: (2015)

Establishment of a Developmental Compartment Requires Interactions between Three Synergistic Cis-regulatory Modules.
Bằng: Dimitri Bieli, et al.
Được phát hành: (2015-10-01)

A map of cis-regulatory modules and constituent transcription factor binding sites in 80% of the mouse genome
Bằng: Pengyu Ni, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

Erroneous attribution of relevant transcription factor binding sites despite successful prediction of <it>cis</it>-regulatory modules
Bằng: Halfon Marc S, et al.
Được phát hành: (2011-11-01)

Systematic identification of post-transcriptional regulatory modules
Bằng: Khoroshkin, M, et al.
Được phát hành: (2024)

Systematic identification of post-transcriptional regulatory modules
Bằng: Matvei Khoroshkin, et al.
Được phát hành: (2024-09-01)

Assessing computational methods of cis-regulatory module prediction.
Bằng: Jing Su, et al.
Được phát hành: (2010-12-01)

SMCis: An Effective Algorithm for Discovery of Cis-Regulatory Modules.
Bằng: Haitao Guo, et al.
Được phát hành: (2016-01-01)

The cis-regulatory effects of modern human-specific variants
Bằng: Carly V Weiss, et al.
Được phát hành: (2021-04-01)

Allele-specific expression elucidates cis-regulatory logic.
Bằng: Sofie Y N Delbare, et al.
Được phát hành: (2018-11-01)

In vivo Hox binding specificity revealed by systematic changes to a single cis regulatory module
Bằng: Carlos Sánchez-Higueras, et al.
Được phát hành: (2019-08-01)

ModuleDigger: an itemset mining framework for the detection of <it>cis</it>-regulatory modules
Bằng: Verstuyf Annemieke, et al.
Được phát hành: (2009-01-01)

Identification, Design, and Application of Noncoding Cis-Regulatory Elements
Bằng: Lingna Xu, et al.
Được phát hành: (2024-08-01)

Quantitative analysis of cis-regulatory elements in transcription with KAS-ATAC-seq
Bằng: Ruitu Lyu, et al.
Được phát hành: (2024-08-01)

Identification of gene co-regulatory modules and associated <it>cis-</it>elements involved in degenerative heart disease
Bằng: Danko Charles G, et al.
Được phát hành: (2009-05-01)

Deciphering cis/trans RNA regulatory interactions in vivo
Bằng: Steinkraus, BR
Được phát hành: (2016)

Identification of the global diurnal rhythmic transcripts, transcription factors and time-of-day specific cis elements in Chenopodium quinoa
Bằng: Qi Wu, et al.
Được phát hành: (2023-02-01)

Tissue-specific and cis-regulatory changes underlie parallel, adaptive gene expression evolution in house mice.
Bằng: Sylvia M Durkin, et al.
Được phát hành: (2024-02-01)

Genome-wide computational identification of biologically significant cis-regulatory elements and associated transcription factors from rice
Bằng: Ho, Chai Ling, et al.
Được phát hành: (2019)

SCRMshaw: Supervised cis-regulatory module prediction for insect genomes.
Bằng: Hasiba Asma, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

A specialized learner for inferring structured cis-regulatory modules
Bằng: Noto Keith, et al.
Được phát hành: (2006-12-01)

An integrated approach to identifying cis-regulatory modules in the human genome.
Bằng: Kyoung-Jae Won, et al.
Được phát hành: (2009-01-01)

Functional Evolution of a <italic>cis-</italic>Regulatory Module
Bằng: Ludwig Michael Z, et al.
Được phát hành: (2005-01-01)