Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction
Informasi genetik kambing Senduro dan PE (Peranakan Etawa) yang berada di BBIB Singosari merupakan kambing lokal asal Jawa Timur, Indonesia yang digunakan dalam program breeding, khususnya untuk produksi semen beku untuk inseminasi buatan masih sangat terbatas. Perlu dilakukan analisa molekuler untu...
| Main Authors: | , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | Indonesian |
| Published: |
University of Brawijaya
2020-12-01
|
| Series: | Jurnal Ternak Tropika |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://ternaktropika.ub.ac.id/index.php/tropika/article/view/452 |
| _version_ | 1818944612095492096 |
|---|---|
| author | Rizka Gitta Almaida Yudit Oktanella Gatot Ciptadi |
| author_facet | Rizka Gitta Almaida Yudit Oktanella Gatot Ciptadi |
| author_sort | Rizka Gitta Almaida |
| collection | DOAJ |
| description | Informasi genetik kambing Senduro dan PE (Peranakan Etawa) yang berada di BBIB Singosari merupakan kambing lokal asal Jawa Timur, Indonesia yang digunakan dalam program breeding, khususnya untuk produksi semen beku untuk inseminasi buatan masih sangat terbatas. Perlu dilakukan analisa molekuler untuk menseleksi pejantan yang akan digunakan untuk produksi semen beku salah satunya dengan ilmu biologi molekuler. Penelitian tentang keragaman genetik dilakukan dengan menggunakan DNA mitokondria (mtDNA). Cytochrome b (Cyt-b) merupakan salah satu mtDNA yang memiliki laju mutasi yang sedang dan memiliki posisi sekuens nukleutida yang dipertahankan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui susunan nukleutida kambing Senduro dan PE berdasarkan genotip mtDNA. Sampel yang digunakan berupa whole blood dari enam ekor kambing Senduro, dan tiga ekor kambing PE yang berasal dari BBIB Singosari, Malang, Jawa Timur. Sampel whole blood diisolasi dengan Blood DNA Preparation Kit by Jena Bioscience. Primer yang digunakan yaitu primer Forward (Cytb_F) 5’GCAATTGCCATAGTCCACCT’3 dan Reverse (Cytb_R) 5’GGATTTGCCGGG GTATAGTT’3. Hasil PCR disekuensing dengan metode Sanger. Analisa sekuen gen dilakukan menggunakan software MEGA-X. Penyejajaran pairwise distance menunjukkan terdapat perbedaan basa nukleutida pada kambing Senduro dan PE. Sampel SE1 mengalami missense mutation, dan sampel SE2, SE3, SE4, SE5, SE6, PE1, PE2, PE3 mengalami frameshift mutation. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keragaman genetik kambing Senduro dan PE yang dibandingkan dengan database NCBI Capra hircus: D8420.1 tergolong tinggi. |
| first_indexed | 2024-12-20T07:45:59Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-8f7b5dc98feb4913bfd3d3624c8a67d1 |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 1411-6146 2503-1007 |
| language | Indonesian |
| last_indexed | 2024-12-20T07:45:59Z |
| publishDate | 2020-12-01 |
| publisher | University of Brawijaya |
| record_format | Article |
| series | Jurnal Ternak Tropika |
| spelling | doaj.art-8f7b5dc98feb4913bfd3d3624c8a67d12022-12-21T19:47:58ZindUniversity of BrawijayaJurnal Ternak Tropika1411-61462503-10072020-12-0121210211010.21776/ub.jtapro.2020.021.02.3324Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain ReactionRizka Gitta Almaida0Yudit Oktanella1Gatot Ciptadi2Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Brawijaya, Jalan Veteran, Ketawanggede, Kec. Lowokwaru, Kota Malang, Jawa Timur, Indonesia 65145Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Brawijaya, Jalan Veteran, Ketawanggede, Kec. Lowokwaru, Kota Malang, Jawa Timur, Indonesia 65145Fakultas Peternakan, Universitas Brawijaya, Jalan Veteran, Ketawanggede, Kec. Lowokwaru, Kota Malang, Jawa Timur, Indonesia 65145Informasi genetik kambing Senduro dan PE (Peranakan Etawa) yang berada di BBIB Singosari merupakan kambing lokal asal Jawa Timur, Indonesia yang digunakan dalam program breeding, khususnya untuk produksi semen beku untuk inseminasi buatan masih sangat terbatas. Perlu dilakukan analisa molekuler untuk menseleksi pejantan yang akan digunakan untuk produksi semen beku salah satunya dengan ilmu biologi molekuler. Penelitian tentang keragaman genetik dilakukan dengan menggunakan DNA mitokondria (mtDNA). Cytochrome b (Cyt-b) merupakan salah satu mtDNA yang memiliki laju mutasi yang sedang dan memiliki posisi sekuens nukleutida yang dipertahankan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui susunan nukleutida kambing Senduro dan PE berdasarkan genotip mtDNA. Sampel yang digunakan berupa whole blood dari enam ekor kambing Senduro, dan tiga ekor kambing PE yang berasal dari BBIB Singosari, Malang, Jawa Timur. Sampel whole blood diisolasi dengan Blood DNA Preparation Kit by Jena Bioscience. Primer yang digunakan yaitu primer Forward (Cytb_F) 5’GCAATTGCCATAGTCCACCT’3 dan Reverse (Cytb_R) 5’GGATTTGCCGGG GTATAGTT’3. Hasil PCR disekuensing dengan metode Sanger. Analisa sekuen gen dilakukan menggunakan software MEGA-X. Penyejajaran pairwise distance menunjukkan terdapat perbedaan basa nukleutida pada kambing Senduro dan PE. Sampel SE1 mengalami missense mutation, dan sampel SE2, SE3, SE4, SE5, SE6, PE1, PE2, PE3 mengalami frameshift mutation. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keragaman genetik kambing Senduro dan PE yang dibandingkan dengan database NCBI Capra hircus: D8420.1 tergolong tinggi.https://ternaktropika.ub.ac.id/index.php/tropika/article/view/452kambing senduro, kambing pe, variasi genetik, cytochrome-b, pcr |
| spellingShingle | Rizka Gitta Almaida Yudit Oktanella Gatot Ciptadi Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction Jurnal Ternak Tropika kambing senduro, kambing pe, variasi genetik, cytochrome-b, pcr |
| title | Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction |
| title_full | Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction |
| title_fullStr | Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction |
| title_full_unstemmed | Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction |
| title_short | Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction |
| title_sort | variasi genetik kambing senduro dan peranakan etawa pe berdasarkan sekuen gen cyt b cytochrome b dengan metode polymerase chain reaction |
| topic | kambing senduro, kambing pe, variasi genetik, cytochrome-b, pcr |
| url | https://ternaktropika.ub.ac.id/index.php/tropika/article/view/452 |
| work_keys_str_mv | AT rizkagittaalmaida variasigenetikkambingsendurodanperanakanetawapeberdasarkansekuengencytbcytochromebdenganmetodepolymerasechainreaction AT yuditoktanella variasigenetikkambingsendurodanperanakanetawapeberdasarkansekuengencytbcytochromebdenganmetodepolymerasechainreaction AT gatotciptadi variasigenetikkambingsendurodanperanakanetawapeberdasarkansekuengencytbcytochromebdenganmetodepolymerasechainreaction |