Genetic linkage analysis of type 1 diabetes mellitus to markers on chromosomes 2 and 11 in families from Antioquia, Colombia Análisis de ligamiento genético de la diabetes mellitus tipo 1, a marcadores de los cromosomas 2 y 11 en familias antioqueñas
DIABETES MELLITUS (DM) comprises e heterogeneous group of hypoglycemic disorders, that are grouped according to their physiopathology and etiology; the most notorious ones are type 1 DM (DM1) and type 2 DM (DM2); DM1 is characterized by early onset and absolute lack of insulin; therefore, patients s...
| Main Authors: | , , , , , , , , , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | Spanish |
| Published: |
Universidad de Antioquia
2004-02-01
|
| Series: | Iatreia |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://www.iatreia.udea.edu.co/index.php/iatreia/article/view/199 |
| _version_ | 1811284374274965504 |
|---|---|
| author | Gabriel Bedoya Berrío Constanza Duque Iván Duque Beatriz Valencia Débora Castrillón Andrés Pérez Javier Cerón Alberto Villegas Guillermo Latorre Sierra Fabiola Montoya Nicolás Pineda Trujillo Federico Uribe Andrés Ruiz |
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| author_sort | Gabriel Bedoya Berrío |
| collection | DOAJ |
| description | DIABETES MELLITUS (DM) comprises e heterogeneous group of hypoglycemic disorders, that are grouped according to their physiopathology and etiology; the most notorious ones are type 1 DM (DM1) and type 2 DM (DM2); DM1 is characterized by early onset and absolute lack of insulin; therefore, patients suffering from it depend on insulin since the beginning of their symptoms; in contrast, DM2 manifests during adult life and not all patients depend on insulin. DM1 is classified as DM1A when it results from an autoimmune response of pancreatic b cells, and DM1B if it is of unknown origin (idiopathic). Studies on the etiology of DM1 have revealed that both types have a strong genetic component but their inheritance pattern is complex since its pathogenesis may result from the interaction with environmental factors of variants in multiple genes. By means of genetic studies on DM1, susceptibility loci known as IDDM have been identified, namely: for DM1A the first locus (IDDM1) was found in the HLA-DR/QD region, located in 6p21, that modulates the effect of other genes involved in the disease; the second one (IDDM2) is located in 11p15, the site of the insulin gene. That means, DM1 exhibits wide genetic heterogeneity so that more than 18 loci involved in susceptibility to this disease have been identified, among them, 3 on chromosome 2 (IDDM 7, 12, and 13), and 1on chromosome 14 (IDDM11), the latter being associated to DM1B. The aim of this study was the search for loci on chromosomes 2 and 11 involved in the susceptibility to DM, in three families from Antioquia, Colombia; for that purpose, parametric linkage analysis was performed to 23 microsatellite markers on chromosome 2, and to 18 on chromosome 11. In order to determine the power for making linkage analysis, simulation was carried out on the families, coded as DM1 (11 affected members), family 1 (2 affected members), and family 10 (3 affected members); results demonstrated power enough for that purpose since in DM1 the maximum odds ratio (Lod score or Z maximum) was 3.57 without recombination (=0=0), above 3, the accepted value for determining linkage; when the three families were taken together, a maximum Z of 5.76 was obtained. With the linkage analysis for chromosome 11, it was found that only in family 10 there was a positive Z value, 1.18 to marker D11S925 with =0=0, above the simulation value for this family (0.75); as regards chromosome 2, positive Z values were obtained to marker D2S319 in DM1 and family 10: 2.08 and 0.88, respectively, with =0=0. When the three families were taken as a whole and Z values were calculated for markers D11S925 and D2S319, a value of 2.5 was obtained, with =0=0, which confirms that in the analysed families 2 loci are involved, located in the regions of chromosomes 11 and 2 signaled by such markers. If it is taken into account that the D1S925 marker is located in the region 11q23-3, and the D2S319 marker, in the region 2qter, it may be said that in this work two new loci of susceptibility to DM1 have been identified in three families from Antioquia, Colombia, since these regions do not agree with those so far reported; besides, since results were negative in linkage analysis to IDDM1(data not shown), the studied cases of DM1 could be classified as DM1B. La Diabetes Mellitus (DM) comprende un grupo heterogéneo de desordenes hiperglucémicos clasificados en subgrupos de acuerdo a su fisiopatología y etiología, entre los cuales se destacan la Diabetes Mellitas tipo1 (DM1) y la diabetes mellitus tipo 2 (DM2). La DM1 es de aparición temprana y una absoluta escasez de insulina hace que los pacientes sean insulino dependientes desde el inicio de los síntomas y la (DM2), de inicio en la edad adulta y no todos los pacientes que la sufren son insulino dependientes. La DM1 se clasifica como DM1A si es el efecto de una respuesta autoinmune por parte de las células ? del páncreas y DM1B si la causa es desconocida (idiopática). Los estudios sobre la etiología de DM1 han demostrado que ambos subtipos tienen un fuerte componente genético, pero el patrón de herencia es complejo, ya que su patogénesis puede ser el resultado de la interacción de variantes en múltiples genes con factores medioambientales. Los estudios genéticos sobre DM1 han permitido identificar loci de suceptibilidad que se denominan IDDM, así para DM1A se encontró el primer locus (IDDM1) en la región HLA-DR/DQ, situada en 6p21, que modula el efecto de otros genes implicados en la enfermedad, el segundo (IDDM2) se localiza en 11p15 donde se encuentra el gen de la Insulina. Es decir, DM1 presenta gran heterogeneidad genética, de tal manera, que se han identificado más de 18 loci implicados en susceptibilidad a ella, entre ellos 3 en el cromosoma 2 (IDDM 7,12 y 13) y uno en el cromosoma 14 (IDDM11), este último asociado a DM1B. El objetivo de este estudio consistió en la búsqueda de loci en los cromosomas 2 y 11 involucrados en la susceptibilidad a DM, en 3 familias antioqueñas, para lo cual se realizó análisis de ligamiento paramétrico a 23 marcadores microsatélites en el cromosoma 2 y a 18 en el cromosoma 11. A las familias, codificadas como DM1(11afectados), familia 1 (2 afectados) y familia10 (3 afectados), se les realizó simulación para determinar el poder para hacer análisis de ligamiento y los resultados mostraron que presentaban suficiente poder para realizarlo, puesto que en DM1 la razón de disparidad máxima (Lod score o Z máximo) fue de 3.57, sin recombinación (?=0), el cual es superior a 3, el valor aceptado para determinar ligamiento, y al tomar las tres familias en conjunto se obtuvo un Z máximo de 5.76. Con el análisis de ligamiento para el cromosoma 11, se halló que solo en la familia 10 se presentaba un valor positivo de Z; 1.18 al marcador D11S925 con ?=0, muy superior al de la simulación de esta familia (0.75), con respecto al cromosoma 2, se obtuvieron valores de Z positivos al marcador D2S319 en DM1 y familia 10, 2.08 y 0.88 respectivamente, con ?=0. Al tomar las tres familias como un todo y calcular Z para los marcadores D11S925 y D2S319, se obtuvo un valor de 2.5, con ?=0, lo cual está corroborando que en las familias analizadas están involucrados 2 loci, situados en las regiones de los cromosomas 11 y 2 señaladas por dichos marcadores. Si se tiene en cuenta que el marcador D11S925 está situado en la región 11q23-3 y el D2S319 en la 2qter, se puede decir, que con este trabajo se han identificado 2 loci nuevos de susceptibilidad a DM1 en la población antioqueña, ya que estas regiones no concuerdan con las reportadas hasta el presente; además, como se hizo análisis de ligamiento a IDDM1, con resultados negativos (datos no mostrados), la DM1 estudiada podría clasificarse como DM1B. |
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| spelling | doaj.art-98747121d1984ddfa3a8e1ff526f6c972022-12-22T03:06:43ZspaUniversidad de AntioquiaIatreia0121-07932011-79652004-02-0117293104Genetic linkage analysis of type 1 diabetes mellitus to markers on chromosomes 2 and 11 in families from Antioquia, Colombia Análisis de ligamiento genético de la diabetes mellitus tipo 1, a marcadores de los cromosomas 2 y 11 en familias antioqueñasGabriel Bedoya BerríoConstanza DuqueIván DuqueBeatriz ValenciaDébora CastrillónAndrés PérezJavier CerónAlberto VillegasGuillermo Latorre SierraFabiola MontoyaNicolás Pineda TrujilloFederico UribeAndrés RuizDIABETES MELLITUS (DM) comprises e heterogeneous group of hypoglycemic disorders, that are grouped according to their physiopathology and etiology; the most notorious ones are type 1 DM (DM1) and type 2 DM (DM2); DM1 is characterized by early onset and absolute lack of insulin; therefore, patients suffering from it depend on insulin since the beginning of their symptoms; in contrast, DM2 manifests during adult life and not all patients depend on insulin. DM1 is classified as DM1A when it results from an autoimmune response of pancreatic b cells, and DM1B if it is of unknown origin (idiopathic). Studies on the etiology of DM1 have revealed that both types have a strong genetic component but their inheritance pattern is complex since its pathogenesis may result from the interaction with environmental factors of variants in multiple genes. By means of genetic studies on DM1, susceptibility loci known as IDDM have been identified, namely: for DM1A the first locus (IDDM1) was found in the HLA-DR/QD region, located in 6p21, that modulates the effect of other genes involved in the disease; the second one (IDDM2) is located in 11p15, the site of the insulin gene. That means, DM1 exhibits wide genetic heterogeneity so that more than 18 loci involved in susceptibility to this disease have been identified, among them, 3 on chromosome 2 (IDDM 7, 12, and 13), and 1on chromosome 14 (IDDM11), the latter being associated to DM1B. The aim of this study was the search for loci on chromosomes 2 and 11 involved in the susceptibility to DM, in three families from Antioquia, Colombia; for that purpose, parametric linkage analysis was performed to 23 microsatellite markers on chromosome 2, and to 18 on chromosome 11. In order to determine the power for making linkage analysis, simulation was carried out on the families, coded as DM1 (11 affected members), family 1 (2 affected members), and family 10 (3 affected members); results demonstrated power enough for that purpose since in DM1 the maximum odds ratio (Lod score or Z maximum) was 3.57 without recombination (=0=0), above 3, the accepted value for determining linkage; when the three families were taken together, a maximum Z of 5.76 was obtained. With the linkage analysis for chromosome 11, it was found that only in family 10 there was a positive Z value, 1.18 to marker D11S925 with =0=0, above the simulation value for this family (0.75); as regards chromosome 2, positive Z values were obtained to marker D2S319 in DM1 and family 10: 2.08 and 0.88, respectively, with =0=0. When the three families were taken as a whole and Z values were calculated for markers D11S925 and D2S319, a value of 2.5 was obtained, with =0=0, which confirms that in the analysed families 2 loci are involved, located in the regions of chromosomes 11 and 2 signaled by such markers. If it is taken into account that the D1S925 marker is located in the region 11q23-3, and the D2S319 marker, in the region 2qter, it may be said that in this work two new loci of susceptibility to DM1 have been identified in three families from Antioquia, Colombia, since these regions do not agree with those so far reported; besides, since results were negative in linkage analysis to IDDM1(data not shown), the studied cases of DM1 could be classified as DM1B. La Diabetes Mellitus (DM) comprende un grupo heterogéneo de desordenes hiperglucémicos clasificados en subgrupos de acuerdo a su fisiopatología y etiología, entre los cuales se destacan la Diabetes Mellitas tipo1 (DM1) y la diabetes mellitus tipo 2 (DM2). La DM1 es de aparición temprana y una absoluta escasez de insulina hace que los pacientes sean insulino dependientes desde el inicio de los síntomas y la (DM2), de inicio en la edad adulta y no todos los pacientes que la sufren son insulino dependientes. La DM1 se clasifica como DM1A si es el efecto de una respuesta autoinmune por parte de las células ? del páncreas y DM1B si la causa es desconocida (idiopática). Los estudios sobre la etiología de DM1 han demostrado que ambos subtipos tienen un fuerte componente genético, pero el patrón de herencia es complejo, ya que su patogénesis puede ser el resultado de la interacción de variantes en múltiples genes con factores medioambientales. Los estudios genéticos sobre DM1 han permitido identificar loci de suceptibilidad que se denominan IDDM, así para DM1A se encontró el primer locus (IDDM1) en la región HLA-DR/DQ, situada en 6p21, que modula el efecto de otros genes implicados en la enfermedad, el segundo (IDDM2) se localiza en 11p15 donde se encuentra el gen de la Insulina. Es decir, DM1 presenta gran heterogeneidad genética, de tal manera, que se han identificado más de 18 loci implicados en susceptibilidad a ella, entre ellos 3 en el cromosoma 2 (IDDM 7,12 y 13) y uno en el cromosoma 14 (IDDM11), este último asociado a DM1B. El objetivo de este estudio consistió en la búsqueda de loci en los cromosomas 2 y 11 involucrados en la susceptibilidad a DM, en 3 familias antioqueñas, para lo cual se realizó análisis de ligamiento paramétrico a 23 marcadores microsatélites en el cromosoma 2 y a 18 en el cromosoma 11. A las familias, codificadas como DM1(11afectados), familia 1 (2 afectados) y familia10 (3 afectados), se les realizó simulación para determinar el poder para hacer análisis de ligamiento y los resultados mostraron que presentaban suficiente poder para realizarlo, puesto que en DM1 la razón de disparidad máxima (Lod score o Z máximo) fue de 3.57, sin recombinación (?=0), el cual es superior a 3, el valor aceptado para determinar ligamiento, y al tomar las tres familias en conjunto se obtuvo un Z máximo de 5.76. Con el análisis de ligamiento para el cromosoma 11, se halló que solo en la familia 10 se presentaba un valor positivo de Z; 1.18 al marcador D11S925 con ?=0, muy superior al de la simulación de esta familia (0.75), con respecto al cromosoma 2, se obtuvieron valores de Z positivos al marcador D2S319 en DM1 y familia 10, 2.08 y 0.88 respectivamente, con ?=0. Al tomar las tres familias como un todo y calcular Z para los marcadores D11S925 y D2S319, se obtuvo un valor de 2.5, con ?=0, lo cual está corroborando que en las familias analizadas están involucrados 2 loci, situados en las regiones de los cromosomas 11 y 2 señaladas por dichos marcadores. Si se tiene en cuenta que el marcador D11S925 está situado en la región 11q23-3 y el D2S319 en la 2qter, se puede decir, que con este trabajo se han identificado 2 loci nuevos de susceptibilidad a DM1 en la población antioqueña, ya que estas regiones no concuerdan con las reportadas hasta el presente; además, como se hizo análisis de ligamiento a IDDM1, con resultados negativos (datos no mostrados), la DM1 estudiada podría clasificarse como DM1B.http://www.iatreia.udea.edu.co/index.php/iatreia/article/view/199análisis de ligamiento genéticodesórdenes hiperglucémicosdiabetes mellitasdiabetes mellitasgenetic linkage análisishyperglycemic disorders |
| spellingShingle | Gabriel Bedoya Berrío Constanza Duque Iván Duque Beatriz Valencia Débora Castrillón Andrés Pérez Javier Cerón Alberto Villegas Guillermo Latorre Sierra Fabiola Montoya Nicolás Pineda Trujillo Federico Uribe Andrés Ruiz Genetic linkage analysis of type 1 diabetes mellitus to markers on chromosomes 2 and 11 in families from Antioquia, Colombia Análisis de ligamiento genético de la diabetes mellitus tipo 1, a marcadores de los cromosomas 2 y 11 en familias antioqueñas Iatreia análisis de ligamiento genético desórdenes hiperglucémicos diabetes mellitas diabetes mellitas genetic linkage análisis hyperglycemic disorders |
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