KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4)
Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman genetik gen penyandi ND4 pada Tarsius bancanus, T. b. borneanus, T. dianae dan T. spectrum dan untuk penegakan taksonominya. Deoxyribonucleic acid (DNA) diisolasi dari biopsi jaringan masing-masing spesies Tarsius dengan cara diekstraksi untuk digunakan se...
| Main Authors: | , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | Indonesian |
| Published: |
Syiah Kuala University
2014-03-01
|
| Series: | Jurnal Kedokteran Hewan |
| Online Access: | https://jurnal.usk.ac.id/JKH/article/view/1247 |
| _version_ | 1797279006067785728 |
|---|---|
| author | Herrialfian H Rini Widayanti Hery Wijayanto Jalaluddin J |
| author_facet | Herrialfian H Rini Widayanti Hery Wijayanto Jalaluddin J |
| author_sort | Herrialfian H |
| collection | DOAJ |
| description | Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman genetik gen penyandi ND4 pada Tarsius bancanus, T. b. borneanus, T. dianae dan T. spectrum dan untuk penegakan taksonominya. Deoxyribonucleic acid (DNA) diisolasi dari biopsi jaringan masing-masing spesies Tarsius dengan cara diekstraksi untuk digunakan sebagai DNA cetakan dalam proses amplifikasi dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan dalam penelitian ini didesain untuk mengamplifikasi gen ND4 dan dilanjutkan dengan elektroforesis. Produk PCR hasil amplifikasi yang telah dimurnikan, selanjutnya dipergunakan sebagai DNA cetakan untuk reaksi penentuan runutan nukleotida. Runutan nukleotida gen ND4 hasil pengurutan dilakukan penjajaran berganda dengan primata lain yang diambil dari Genbank menggunakan Clustal W. Selain berdasarkan runutan nukleotida, gen ND4 dianalisis berdasarkan runutan asam amino dari basa-basa yang diterjemahkan mengikuti vertebrate mitochondrial translation code yang ada pada program MEGA versi 4.1. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbor joining. Hasil penelitian menunjukkan dari 1378 nukleotida ditemukan 119 situs yang bersifat beragam. Jarak genetika berdasarkan nukleotida gen ND4 yang dihitung menggunakan model dua parameter Kimura, terdapat nilai paling kecil 0,6%, nilai terbesar 13%, dan nilai rata-rata sebesar 6,1%. Filogram berdasarkan hasil runutan nukleotida gen ND4 yang menggunakan metode neighbor joining, dapat mengidentifikasi dan membedakan percabangan antar spesies Tarsius. |
| first_indexed | 2024-03-07T16:17:10Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-a8b2981df3b54b8db8b18deecca0261e |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 1978-225X 2502-5600 |
| language | Indonesian |
| last_indexed | 2024-03-07T16:17:10Z |
| publishDate | 2014-03-01 |
| publisher | Syiah Kuala University |
| record_format | Article |
| series | Jurnal Kedokteran Hewan |
| spelling | doaj.art-a8b2981df3b54b8db8b18deecca0261e2024-03-04T10:28:58ZindSyiah Kuala UniversityJurnal Kedokteran Hewan1978-225X2502-56002014-03-018110.21157/j.ked.hewan.v8i1.12471194KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4)Herrialfian H0Rini Widayanti1Hery Wijayanto2Jalaluddin J3Laboratorium Biokimia Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Syiah Kuala, Banda AcehBagian Biokimia Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada, YogyakartaBagian Mikroanatomi Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada, YogyakartaLaboratorium Anatomi Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Syiah Kuala, Banda AcehPenelitian ini bertujuan mengkaji keragaman genetik gen penyandi ND4 pada Tarsius bancanus, T. b. borneanus, T. dianae dan T. spectrum dan untuk penegakan taksonominya. Deoxyribonucleic acid (DNA) diisolasi dari biopsi jaringan masing-masing spesies Tarsius dengan cara diekstraksi untuk digunakan sebagai DNA cetakan dalam proses amplifikasi dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan dalam penelitian ini didesain untuk mengamplifikasi gen ND4 dan dilanjutkan dengan elektroforesis. Produk PCR hasil amplifikasi yang telah dimurnikan, selanjutnya dipergunakan sebagai DNA cetakan untuk reaksi penentuan runutan nukleotida. Runutan nukleotida gen ND4 hasil pengurutan dilakukan penjajaran berganda dengan primata lain yang diambil dari Genbank menggunakan Clustal W. Selain berdasarkan runutan nukleotida, gen ND4 dianalisis berdasarkan runutan asam amino dari basa-basa yang diterjemahkan mengikuti vertebrate mitochondrial translation code yang ada pada program MEGA versi 4.1. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbor joining. Hasil penelitian menunjukkan dari 1378 nukleotida ditemukan 119 situs yang bersifat beragam. Jarak genetika berdasarkan nukleotida gen ND4 yang dihitung menggunakan model dua parameter Kimura, terdapat nilai paling kecil 0,6%, nilai terbesar 13%, dan nilai rata-rata sebesar 6,1%. Filogram berdasarkan hasil runutan nukleotida gen ND4 yang menggunakan metode neighbor joining, dapat mengidentifikasi dan membedakan percabangan antar spesies Tarsius.https://jurnal.usk.ac.id/JKH/article/view/1247 |
| spellingShingle | Herrialfian H Rini Widayanti Hery Wijayanto Jalaluddin J KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4) Jurnal Kedokteran Hewan |
| title | KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4) |
| title_full | KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4) |
| title_fullStr | KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4) |
| title_full_unstemmed | KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4) |
| title_short | KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4) |
| title_sort | kajian diversiti genetika tarsius sp asal indonesia menurut urutan gen nadh dehidrogenase subunit 4 nd4 |
| url | https://jurnal.usk.ac.id/JKH/article/view/1247 |
| work_keys_str_mv | AT herrialfianh kajiandiversitigenetikatarsiusspasalindonesiamenuruturutangennadhdehidrogenasesubunit4nd4 AT riniwidayanti kajiandiversitigenetikatarsiusspasalindonesiamenuruturutangennadhdehidrogenasesubunit4nd4 AT herywijayanto kajiandiversitigenetikatarsiusspasalindonesiamenuruturutangennadhdehidrogenasesubunit4nd4 AT jalaluddinj kajiandiversitigenetikatarsiusspasalindonesiamenuruturutangennadhdehidrogenasesubunit4nd4 |