Reconstructing the maize leaf regulatory network using ChIP-seq data of 104 transcription factors

Reconstructing the maize leaf regulatory network using ChIP-seq data of 104 transcription factors

Transcriptional factors (TFs) bind in a combinatorial fashion to specify the on-and-off states of genes in a complex and redundant regulatory network. Here, the authors construct the transcription regulatory network in maize leaf using 104 TFs ChIP-seq data and train machine learning models to predi...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Xiaoyu Tu, María Katherine Mejía-Guerra, Jose A. Valdes Franco, David Tzeng, Po-Yu Chu, Wei Shen, Yingying Wei, Xiuru Dai, Pinghua Li, Edward S. Buckler, Silin Zhong
Формат:	Стаття
Мова:	English
Опубліковано:	Nature Portfolio 2020-10-01
Серія:	Nature Communications
Онлайн доступ:	https://doi.org/10.1038/s41467-020-18832-8

Схожі ресурси

Author Correction: Reconstructing the maize leaf regulatory network using ChIP-seq data of 104 transcription factors
за авторством: Xiaoyu Tu, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

Impact of artefact removal on ChIP quality metrics in ChIP-seq and ChIP-exo data.
за авторством: Thomas Samuel Carroll, та інші
Опубліковано: (2014-04-01)

ChIP-chip versus ChIP-seq: Lessons for experimental design and data analysis
за авторством: Karchenko Peter V, та інші
Опубліковано: (2011-02-01)

ChIP-Seq in Candida albicans
за авторством: Sadri Znaidi, та інші
Опубліковано: (2014-06-01)

ChIPpeakAnno: a Bioconductor package to annotate ChIP-seq and ChIP-chip data
за авторством: Pagès Hervé, та інші
Опубліковано: (2010-05-01)

Impact of genome assembly status on ChIP-Seq and ChIP-PET data mapping
за авторством: Sachs Laurent, та інші
Опубліковано: (2009-12-01)

Fish the ChIPs: a pipeline for automated genomic annotation of ChIP-Seq data
за авторством: Minucci Saverio, та інші
Опубліковано: (2011-10-01)

De novo ChIP-seq analysis
за авторством: He, Xin, та інші
Опубліковано: (2015)

Normalization of ChIP-seq data with control
за авторством: Liang Kun, та інші
Опубліковано: (2012-08-01)

Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)
за авторством: Zhang, Yong, та інші
Опубліковано: (2010)

ChIPseqR: analysis of ChIP-seq experiments
за авторством: Helliwell Chris A, та інші
Опубліковано: (2011-01-01)

In silico pooling of ChIP-seq control experiments.
за авторством: Guannan Sun, та інші
Опубліковано: (2014-01-01)

Shape-based peak identification for ChIP-Seq
за авторством: Evans Steven N, та інші
Опубліковано: (2011-01-01)

ChIPulate: A comprehensive ChIP-seq simulation pipeline.
за авторством: Vishaka Datta, та інші
Опубліковано: (2019-03-01)

A widespread distribution of genomic CeMyoD binding sites revealed and cross validated by ChIP-Chip and ChIP-Seq techniques.
за авторством: Haiyan Lei, та інші
Опубліковано: (2010-12-01)

About the variability, quality and reproducibility of ChIP-seq data
за авторством: Hamzavi-Pinon Violaine, та інші
Опубліковано: (2016-06-01)

CSSQ: a ChIP-seq signal quantifier pipeline
за авторством: Ashwath Kumar, та інші
Опубліковано: (2023-05-01)

An integrated ChIP-seq analysis platform with customizable workflows
за авторством: Giannopoulou Eugenia G, та інші
Опубліковано: (2011-07-01)

BayesPeak: Bayesian analysis of ChIP-seq data
за авторством: Stark Rory, та інші
Опубліковано: (2009-09-01)

Limitations and possibilities of low cell number ChIP-seq
за авторством: Gilfillan Gregor D, та інші
Опубліковано: (2012-11-01)

Evaluation of algorithm performance in ChIP-seq peak detection.
за авторством: Elizabeth G Wilbanks, та інші
Опубліковано: (2010-07-01)

Practical guidelines for the comprehensive analysis of ChIP-seq data.
за авторством: Timothy Bailey, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

Identifying differential transcription factor binding in ChIP-seq
за авторством: Dai-Ying eWu, та інші
Опубліковано: (2015-04-01)

Histone modification ChIP-seq on Arabidopsis thaliana Plantlets
за авторством: Juan Ramirez-Prado, та інші
Опубліковано: (2021-11-01)

Quantitative ChIP-Seq Normalization Reveals Global Modulation of the Epigenome
за авторством: David A. Orlando, та інші
Опубліковано: (2014-11-01)

aFARP-ChIP-seq, a convenient and reliable method for genome profiling in as few as 100 cells with a capability for multiplexing ChIP-seq
за авторством: Wenbin Liu, та інші
Опубліковано: (2019-09-01)

Profiling chromatin regulatory landscape: insights into the development of ChIP-seq and ATAC-seq
за авторством: Shaoqian Ma, та інші
Опубліковано: (2020-10-01)

iASeq: integrative analysis of allele-specificity of protein-DNA interactions in multiple ChIP-seq datasets
за авторством: Wei Yingying, та інші
Опубліковано: (2012-11-01)

ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia
за авторством: Kheradpour, Pouya, та інші
Опубліковано: (2013)

Large-Scale Quality Analysis of Published ChIP-seq Data
за авторством: Kundaje, Anshul, та інші
Опубліковано: (2014)

peaksat: an R package for ChIP-seq peak saturation analysis
за авторством: Joseph R Boyd, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

A Clustering Approach for Motif Discovery in ChIP-Seq Dataset
за авторством: Chun-xiao Sun, та інші
Опубліковано: (2019-08-01)

A comparison of control samples for ChIP-seq of histone modifications
за авторством: Christoffer eFlensburg, та інші
Опубліковано: (2014-09-01)

Purification of nanogram-range immunoprecipitated DNA in ChIP-seq application
за авторством: Jian Zhong, та інші
Опубліковано: (2017-12-01)

Q&A: ChIP-seq technologies and the study of gene regulation
за авторством: Pott Sebastian, та інші
Опубліковано: (2010-05-01)

Population size estimation for quality control of ChIP-Seq datasets.
за авторством: Semyon K Kolmykov, та інші
Опубліковано: (2019-01-01)

Nonparametric Tests for Differential Histone Enrichment with ChIP-Seq Data
за авторством: Qian Wu, та інші
Опубліковано: (2015-01-01)

Nonparametric Tests for Differential Histone Enrichment with ChIP-Seq Data
за авторством: Qian Wu, та інші
Опубліковано: (2015-01-01)

Quantitative ChIP-seq by Adding Spike-in from Another Species
за авторством: Kongyan Niu, та інші
Опубліковано: (2018-08-01)

Effects of sheared chromatin length on ChIP-seq quality and sensitivity
за авторством: Cheryl A Keller, та інші
Опубліковано: (2021-03-01)