Reconstructing the maize leaf regulatory network using ChIP-seq data of 104 transcription factors

Reconstructing the maize leaf regulatory network using ChIP-seq data of 104 transcription factors

Transcriptional factors (TFs) bind in a combinatorial fashion to specify the on-and-off states of genes in a complex and redundant regulatory network. Here, the authors construct the transcription regulatory network in maize leaf using 104 TFs ChIP-seq data and train machine learning models to predi...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Xiaoyu Tu, María Katherine Mejía-Guerra, Jose A. Valdes Franco, David Tzeng, Po-Yu Chu, Wei Shen, Yingying Wei, Xiuru Dai, Pinghua Li, Edward S. Buckler, Silin Zhong
Định dạng:	Bài viết
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Nature Portfolio 2020-10-01
Loạt:	Nature Communications
Truy cập trực tuyến:	https://doi.org/10.1038/s41467-020-18832-8

Những quyển sách tương tự

Author Correction: Reconstructing the maize leaf regulatory network using ChIP-seq data of 104 transcription factors
Bằng: Xiaoyu Tu, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

Impact of artefact removal on ChIP quality metrics in ChIP-seq and ChIP-exo data.
Bằng: Thomas Samuel Carroll, et al.
Được phát hành: (2014-04-01)

ChIP-chip versus ChIP-seq: Lessons for experimental design and data analysis
Bằng: Karchenko Peter V, et al.
Được phát hành: (2011-02-01)

ChIP-Seq in Candida albicans
Bằng: Sadri Znaidi, et al.
Được phát hành: (2014-06-01)

ChIPpeakAnno: a Bioconductor package to annotate ChIP-seq and ChIP-chip data
Bằng: Pagès Hervé, et al.
Được phát hành: (2010-05-01)

Impact of genome assembly status on ChIP-Seq and ChIP-PET data mapping
Bằng: Sachs Laurent, et al.
Được phát hành: (2009-12-01)

Fish the ChIPs: a pipeline for automated genomic annotation of ChIP-Seq data
Bằng: Minucci Saverio, et al.
Được phát hành: (2011-10-01)

De novo ChIP-seq analysis
Bằng: He, Xin, et al.
Được phát hành: (2015)

Normalization of ChIP-seq data with control
Bằng: Liang Kun, et al.
Được phát hành: (2012-08-01)

Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)
Bằng: Zhang, Yong, et al.
Được phát hành: (2010)

ChIPseqR: analysis of ChIP-seq experiments
Bằng: Helliwell Chris A, et al.
Được phát hành: (2011-01-01)

In silico pooling of ChIP-seq control experiments.
Bằng: Guannan Sun, et al.
Được phát hành: (2014-01-01)

Shape-based peak identification for ChIP-Seq
Bằng: Evans Steven N, et al.
Được phát hành: (2011-01-01)

ChIPulate: A comprehensive ChIP-seq simulation pipeline.
Bằng: Vishaka Datta, et al.
Được phát hành: (2019-03-01)

A widespread distribution of genomic CeMyoD binding sites revealed and cross validated by ChIP-Chip and ChIP-Seq techniques.
Bằng: Haiyan Lei, et al.
Được phát hành: (2010-12-01)

About the variability, quality and reproducibility of ChIP-seq data
Bằng: Hamzavi-Pinon Violaine, et al.
Được phát hành: (2016-06-01)

CSSQ: a ChIP-seq signal quantifier pipeline
Bằng: Ashwath Kumar, et al.
Được phát hành: (2023-05-01)

An integrated ChIP-seq analysis platform with customizable workflows
Bằng: Giannopoulou Eugenia G, et al.
Được phát hành: (2011-07-01)

BayesPeak: Bayesian analysis of ChIP-seq data
Bằng: Stark Rory, et al.
Được phát hành: (2009-09-01)

Limitations and possibilities of low cell number ChIP-seq
Bằng: Gilfillan Gregor D, et al.
Được phát hành: (2012-11-01)

Evaluation of algorithm performance in ChIP-seq peak detection.
Bằng: Elizabeth G Wilbanks, et al.
Được phát hành: (2010-07-01)

Practical guidelines for the comprehensive analysis of ChIP-seq data.
Bằng: Timothy Bailey, et al.
Được phát hành: (2013-01-01)

Identifying differential transcription factor binding in ChIP-seq
Bằng: Dai-Ying eWu, et al.
Được phát hành: (2015-04-01)

Histone modification ChIP-seq on Arabidopsis thaliana Plantlets
Bằng: Juan Ramirez-Prado, et al.
Được phát hành: (2021-11-01)

Quantitative ChIP-Seq Normalization Reveals Global Modulation of the Epigenome
Bằng: David A. Orlando, et al.
Được phát hành: (2014-11-01)

aFARP-ChIP-seq, a convenient and reliable method for genome profiling in as few as 100 cells with a capability for multiplexing ChIP-seq
Bằng: Wenbin Liu, et al.
Được phát hành: (2019-09-01)

Profiling chromatin regulatory landscape: insights into the development of ChIP-seq and ATAC-seq
Bằng: Shaoqian Ma, et al.
Được phát hành: (2020-10-01)

iASeq: integrative analysis of allele-specificity of protein-DNA interactions in multiple ChIP-seq datasets
Bằng: Wei Yingying, et al.
Được phát hành: (2012-11-01)

ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia
Bằng: Kheradpour, Pouya, et al.
Được phát hành: (2013)

Large-Scale Quality Analysis of Published ChIP-seq Data
Bằng: Kundaje, Anshul, et al.
Được phát hành: (2014)

peaksat: an R package for ChIP-seq peak saturation analysis
Bằng: Joseph R Boyd, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

A Clustering Approach for Motif Discovery in ChIP-Seq Dataset
Bằng: Chun-xiao Sun, et al.
Được phát hành: (2019-08-01)

A comparison of control samples for ChIP-seq of histone modifications
Bằng: Christoffer eFlensburg, et al.
Được phát hành: (2014-09-01)

Purification of nanogram-range immunoprecipitated DNA in ChIP-seq application
Bằng: Jian Zhong, et al.
Được phát hành: (2017-12-01)

Q&A: ChIP-seq technologies and the study of gene regulation
Bằng: Pott Sebastian, et al.
Được phát hành: (2010-05-01)

Population size estimation for quality control of ChIP-Seq datasets.
Bằng: Semyon K Kolmykov, et al.
Được phát hành: (2019-01-01)

Nonparametric Tests for Differential Histone Enrichment with ChIP-Seq Data
Bằng: Qian Wu, et al.
Được phát hành: (2015-01-01)

Nonparametric Tests for Differential Histone Enrichment with ChIP-Seq Data
Bằng: Qian Wu, et al.
Được phát hành: (2015-01-01)

Quantitative ChIP-seq by Adding Spike-in from Another Species
Bằng: Kongyan Niu, et al.
Được phát hành: (2018-08-01)

Effects of sheared chromatin length on ChIP-seq quality and sensitivity
Bằng: Cheryl A Keller, et al.
Được phát hành: (2021-03-01)