Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesterase
Trong nghiên cứu này, docking phân tử bằng AutoDock được sử dụng để nghiên cứu những tương tác giữa một số loại thuốc (tacrine, rivastigmine, galantamine và donepezil) với enzyme acetylcholinesterase (AChE). Cấu trúc X-ray của AChE (PDB: 4EY6) được lấy từ Protein Data Bank để hỗ trợ các tính toán đư...
| Main Authors: | , , , , , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | Vietnamese |
| Published: |
Can Tho University Publisher
2020-06-01
|
| Series: | Tạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://ctujsvn.ctu.edu.vn/index.php/ctujsvn/article/view/3799 |
| _version_ | 1797286904474894336 |
|---|---|
| author | Nguyễn Hữu Toàn Nguyen Thanh Si Huỳnh Như Thảo Huỳnh Duy Thiện Trần Quang Đệ Bùi Thị Bửu Huê Hà Thị Kim Quy Lê Thị Bạch Nguyễn Trọng Tuân |
| author_facet | Nguyễn Hữu Toàn Nguyen Thanh Si Huỳnh Như Thảo Huỳnh Duy Thiện Trần Quang Đệ Bùi Thị Bửu Huê Hà Thị Kim Quy Lê Thị Bạch Nguyễn Trọng Tuân |
| author_sort | Nguyễn Hữu Toàn |
| collection | DOAJ |
| description | Trong nghiên cứu này, docking phân tử bằng AutoDock được sử dụng để nghiên cứu những tương tác giữa một số loại thuốc (tacrine, rivastigmine, galantamine và donepezil) với enzyme acetylcholinesterase (AChE). Cấu trúc X-ray của AChE (PDB: 4EY6) được lấy từ Protein Data Bank để hỗ trợ các tính toán được chạy trên AutoDock Vina, AutoGrid4 và AutoDock4. Năng lượng tự do của các cấu trúc được xác định bằng việc sử dụng phương pháp docking tự động thuật toán di truyền Lamarckian (LGA). Những tác động ức chế của ligand được phân tích bằng phần mềm Discovery Studio Visualizer chỉ ra các tương tác quan trọng: liên kết hydrogen, vùng kị nước, pi-stacking với hướng hoạt động các amino acid thơm và thuốc. Dựa vào kết quả từ thuật toán LGA và phần mềm Discovery Studio Visualizer, kết quả docking cho thấy cấu trúc các thuốc kháng acetylcholinesterase đều tương tác với vùng hoạt động của enzyme này, định hướng cho việc sàng lọc các thuốc điều trị bệnh Alzheimer. |
| first_indexed | 2024-03-07T18:25:05Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-b080bb13448c4bfcb9ca3603320a46f9 |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 1859-2333 2815-5599 |
| language | Vietnamese |
| last_indexed | 2024-03-07T18:25:05Z |
| publishDate | 2020-06-01 |
| publisher | Can Tho University Publisher |
| record_format | Article |
| series | Tạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ |
| spelling | doaj.art-b080bb13448c4bfcb9ca3603320a46f92024-03-02T07:05:15ZvieCan Tho University PublisherTạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ1859-23332815-55992020-06-0156CĐ Tự nhiên10.22144/ctu.jsi.2020.108Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesteraseNguyễn Hữu ToànNguyen Thanh SiHuỳnh Như ThảoHuỳnh Duy ThiệnTrần Quang Đệ0Bùi Thị Bửu Huê1Hà Thị Kim Quy2Lê Thị Bạch3Nguyễn Trọng Tuân4BM. Hóa học, Khoa Khoa học Tự nhiênBM. Hóa học, Khoa Khoa học Tự nhiênBM. Hóa học, Khoa Khoa học Tự nhiênBM. Hóa học, Khoa Khoa học Tự nhiênBM. Hóa học, Khoa Khoa học Tự nhiênTrong nghiên cứu này, docking phân tử bằng AutoDock được sử dụng để nghiên cứu những tương tác giữa một số loại thuốc (tacrine, rivastigmine, galantamine và donepezil) với enzyme acetylcholinesterase (AChE). Cấu trúc X-ray của AChE (PDB: 4EY6) được lấy từ Protein Data Bank để hỗ trợ các tính toán được chạy trên AutoDock Vina, AutoGrid4 và AutoDock4. Năng lượng tự do của các cấu trúc được xác định bằng việc sử dụng phương pháp docking tự động thuật toán di truyền Lamarckian (LGA). Những tác động ức chế của ligand được phân tích bằng phần mềm Discovery Studio Visualizer chỉ ra các tương tác quan trọng: liên kết hydrogen, vùng kị nước, pi-stacking với hướng hoạt động các amino acid thơm và thuốc. Dựa vào kết quả từ thuật toán LGA và phần mềm Discovery Studio Visualizer, kết quả docking cho thấy cấu trúc các thuốc kháng acetylcholinesterase đều tương tác với vùng hoạt động của enzyme này, định hướng cho việc sàng lọc các thuốc điều trị bệnh Alzheimer. https://ctujsvn.ctu.edu.vn/index.php/ctujsvn/article/view/3799AutoDockcác chất ức chế acetylcholinesterasedocking phân tửliên kết hydrotương tác pi-stackingtương tác kị nước |
| spellingShingle | Nguyễn Hữu Toàn Nguyen Thanh Si Huỳnh Như Thảo Huỳnh Duy Thiện Trần Quang Đệ Bùi Thị Bửu Huê Hà Thị Kim Quy Lê Thị Bạch Nguyễn Trọng Tuân Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesterase Tạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ AutoDock các chất ức chế acetylcholinesterase docking phân tử liên kết hydro tương tác pi-stacking tương tác kị nước |
| title | Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesterase |
| title_full | Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesterase |
| title_fullStr | Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesterase |
| title_full_unstemmed | Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesterase |
| title_short | Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesterase |
| title_sort | ung dung mo hinh mo phong docking de so sanh tuong tac giua cac thuoc khang cholinergic voi enzyme acetylcholinesterase |
| topic | AutoDock các chất ức chế acetylcholinesterase docking phân tử liên kết hydro tương tác pi-stacking tương tác kị nước |
| url | https://ctujsvn.ctu.edu.vn/index.php/ctujsvn/article/view/3799 |
| work_keys_str_mv | AT nguyenhuutoan ungdungmohinhmophongdockingđesosanhtuongtacgiuacacthuockhangcholinergicvoienzymeacetylcholinesterase AT nguyenthanhsi ungdungmohinhmophongdockingđesosanhtuongtacgiuacacthuockhangcholinergicvoienzymeacetylcholinesterase AT huynhnhuthao ungdungmohinhmophongdockingđesosanhtuongtacgiuacacthuockhangcholinergicvoienzymeacetylcholinesterase AT huynhduythien ungdungmohinhmophongdockingđesosanhtuongtacgiuacacthuockhangcholinergicvoienzymeacetylcholinesterase AT tranquangđe ungdungmohinhmophongdockingđesosanhtuongtacgiuacacthuockhangcholinergicvoienzymeacetylcholinesterase AT buithibuuhue ungdungmohinhmophongdockingđesosanhtuongtacgiuacacthuockhangcholinergicvoienzymeacetylcholinesterase AT hathikimquy ungdungmohinhmophongdockingđesosanhtuongtacgiuacacthuockhangcholinergicvoienzymeacetylcholinesterase AT lethibach ungdungmohinhmophongdockingđesosanhtuongtacgiuacacthuockhangcholinergicvoienzymeacetylcholinesterase AT nguyentrongtuan ungdungmohinhmophongdockingđesosanhtuongtacgiuacacthuockhangcholinergicvoienzymeacetylcholinesterase |