بررسی بیوانفورماتیک ارتباط اندازه‌ی ژنوم با خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زا
مقدمه: با افزایش تعداد باکتری‌هایی که توالی‌یابی می‌شوند، نیاز به بهره‌برداری از این داده‌ها نیز بیشتر می‌شود. استفاده از این اطلاعات ژنومی از طریق به کارگیری هم‌زمان علوم بیوانفورماتیک و باکتری‌شناسی امکان پذیر می‌باشد. مطالعه‌ی بیوانفورماتیک اندازه‌ی ژنوم باکتری‌های بیماری‌زا، تنوع قابل توجهی را...
| Main Authors: | , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
Isfahan University of Medical Sciences
2014-12-01
|
| Series: | مجله دانشکده پزشکی اصفهان |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://jims.mui.ac.ir/index.php/jims/article/view/4407 |
| _version_ | 1797708412960636928 |
|---|---|
| author | Mohammad Reza Pourmand Zahra Pakbaz Abbas Rahimi-Foroushani Solmaz Ohadian-Moghadam |
| author_facet | Mohammad Reza Pourmand Zahra Pakbaz Abbas Rahimi-Foroushani Solmaz Ohadian-Moghadam |
| author_sort | Mohammad Reza Pourmand |
| collection | DOAJ |
| description | مقدمه: با افزایش تعداد باکتری‌هایی که توالی‌یابی می‌شوند، نیاز به بهره‌برداری از این داده‌ها نیز بیشتر می‌شود. استفاده از این اطلاعات ژنومی از طریق به کارگیری هم‌زمان علوم بیوانفورماتیک و باکتری‌شناسی امکان پذیر می‌باشد. مطالعه‌ی بیوانفورماتیک اندازه‌ی ژنوم باکتری‌های بیماری‌زا، تنوع قابل توجهی را نشان می‌دهد. فرضیات زیادی در مورد علت این تنوع و همچنین ارتباط اندازه‌ی ژنوم و فرایندهای اساسی باکتری مطرح است. هدف از انجام این مطالعه بررسی ارتباط اندازه‌ی ژنوم با تعدادی از خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زا بود.
روش‌ها: اطلاعات توالی ژنوم 100 گونه باکتری بیماری‌زا از منابع گوناگون جمع‌آوری شد. ارتباط اندازه‌ی ژنوم با چند خصوصیت باکتری‌های بیماری‌زا مورد ارزیابی قرار گرفت. برای آنالیز داده‌ها، از نرم‌افزاری SPSS نسخه‌ی 19 استفاده شد.
یافته‌ها: اندازه‌ی ژنوم در باکتری‌های بیماری‌زا، ارتباط معنی‌داری با تعدادی از خصوصیات ژنومی مانند درصد C + G، تعداد کلی ژن‌ها، پروتئین‌ها، Pseudogeneها، ژن‌های کسب شده و برخی از خصوصیات رفتاری و اکولوژیکی باکتری مانند تحرک، محدوده‌ی میزبان و تنفس نشان داد. هیچ گونه ارتباط معنی‌داری بین اندازه‌ی ژنوم، تراکم ژن در طول ژنوم و همچنین درصد DNA غیر کد کننده وجود نداشت.
نتیجه‌گیری: در باکتری‌های بیماری‌زا، DNA انعطاف‌پذیری بالایی دارد و در طی تکامل، دچار کاهش اندازه می‌شود. در طی این روند، باکتری‌ها تعدادی از ژن‌های خود را از دست می‌دهند و تعداد کمتری نیز ژن کسب می‌کنند. این عوامل با کاهش تعداد پروتئین‌ها، کاهش درصد C + G و محدود ماندن زیستگاه باکتری همراه است. |
| first_indexed | 2024-03-12T06:22:14Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-b7d7ccf7b8924fddbc87478aea5996b6 |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 1027-7595 1735-854X |
| language | fas |
| last_indexed | 2024-03-12T06:22:14Z |
| publishDate | 2014-12-01 |
| publisher | Isfahan University of Medical Sciences |
| record_format | Article |
| series | مجله دانشکده پزشکی اصفهان |
| spelling | doaj.art-b7d7ccf7b8924fddbc87478aea5996b62023-09-03T02:11:05ZfasIsfahan University of Medical Sciencesمجله دانشکده پزشکی اصفهان1027-75951735-854X2014-12-0132307182418311725بررسی بیوانفورماتیک ارتباط اندازه‌ی ژنوم با خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زاMohammad Reza Pourmand0Zahra Pakbaz1Abbas Rahimi-Foroushani2Solmaz Ohadian-Moghadam3Associate Professor, Department of Pathobiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, IranPhD Student, Department of Pathobiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, IranAssociate Professor, Department of Statistics and Epidemiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, IranPhD Student, Department of Pathobiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iranمقدمه: با افزایش تعداد باکتری‌هایی که توالی‌یابی می‌شوند، نیاز به بهره‌برداری از این داده‌ها نیز بیشتر می‌شود. استفاده از این اطلاعات ژنومی از طریق به کارگیری هم‌زمان علوم بیوانفورماتیک و باکتری‌شناسی امکان پذیر می‌باشد. مطالعه‌ی بیوانفورماتیک اندازه‌ی ژنوم باکتری‌های بیماری‌زا، تنوع قابل توجهی را نشان می‌دهد. فرضیات زیادی در مورد علت این تنوع و همچنین ارتباط اندازه‌ی ژنوم و فرایندهای اساسی باکتری مطرح است. هدف از انجام این مطالعه بررسی ارتباط اندازه‌ی ژنوم با تعدادی از خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زا بود. روش‌ها: اطلاعات توالی ژنوم 100 گونه باکتری بیماری‌زا از منابع گوناگون جمع‌آوری شد. ارتباط اندازه‌ی ژنوم با چند خصوصیت باکتری‌های بیماری‌زا مورد ارزیابی قرار گرفت. برای آنالیز داده‌ها، از نرم‌افزاری SPSS نسخه‌ی 19 استفاده شد. یافته‌ها: اندازه‌ی ژنوم در باکتری‌های بیماری‌زا، ارتباط معنی‌داری با تعدادی از خصوصیات ژنومی مانند درصد C + G، تعداد کلی ژن‌ها، پروتئین‌ها، Pseudogeneها، ژن‌های کسب شده و برخی از خصوصیات رفتاری و اکولوژیکی باکتری مانند تحرک، محدوده‌ی میزبان و تنفس نشان داد. هیچ گونه ارتباط معنی‌داری بین اندازه‌ی ژنوم، تراکم ژن در طول ژنوم و همچنین درصد DNA غیر کد کننده وجود نداشت. نتیجه‌گیری: در باکتری‌های بیماری‌زا، DNA انعطاف‌پذیری بالایی دارد و در طی تکامل، دچار کاهش اندازه می‌شود. در طی این روند، باکتری‌ها تعدادی از ژن‌های خود را از دست می‌دهند و تعداد کمتری نیز ژن کسب می‌کنند. این عوامل با کاهش تعداد پروتئین‌ها، کاهش درصد C + G و محدود ماندن زیستگاه باکتری همراه است.http://jims.mui.ac.ir/index.php/jims/article/view/4407Genome sizeBioinformaticsBase sequence |
| spellingShingle | Mohammad Reza Pourmand Zahra Pakbaz Abbas Rahimi-Foroushani Solmaz Ohadian-Moghadam بررسی بیوانفورماتیک ارتباط اندازه‌ی ژنوم با خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زا مجله دانشکده پزشکی اصفهان Genome size Bioinformatics Base sequence |
| title | بررسی بیوانفورماتیک ارتباط اندازه‌ی ژنوم با خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زا |
| title_full | بررسی بیوانفورماتیک ارتباط اندازه‌ی ژنوم با خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زا |
| title_fullStr | بررسی بیوانفورماتیک ارتباط اندازه‌ی ژنوم با خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زا |
| title_full_unstemmed | بررسی بیوانفورماتیک ارتباط اندازه‌ی ژنوم با خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زا |
| title_short | بررسی بیوانفورماتیک ارتباط اندازه‌ی ژنوم با خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زا |
| title_sort | بررسی بیوانفورماتیک ارتباط اندازه‌ی ژنوم با خصوصیات ژنتیکی و رفتاری باکتری‌های بیماری‌زا |
| topic | Genome size Bioinformatics Base sequence |
| url | http://jims.mui.ac.ir/index.php/jims/article/view/4407 |
| work_keys_str_mv | AT mohammadrezapourmand brrsybywạnfwrmạtyḵạrtbạṭạndạzhyzẖnwmbạkẖṣwṣyạtzẖntyḵywrftạrybạḵtryhạybymạryzạ AT zahrapakbaz brrsybywạnfwrmạtyḵạrtbạṭạndạzhyzẖnwmbạkẖṣwṣyạtzẖntyḵywrftạrybạḵtryhạybymạryzạ AT abbasrahimiforoushani brrsybywạnfwrmạtyḵạrtbạṭạndạzhyzẖnwmbạkẖṣwṣyạtzẖntyḵywrftạrybạḵtryhạybymạryzạ AT solmazohadianmoghadam brrsybywạnfwrmạtyḵạrtbạṭạndạzhyzẖnwmbạkẖṣwṣyạtzẖntyḵywrftạrybạḵtryhạybymạryzạ |