Quantum Mechanical/Molecular Mechanical (QM/MM) Car-Parrinello Simulations in Excited States

Quantum Mechanical/Molecular Mechanical (QM/MM) Car-Parrinello Simulations in Excited States

The combination of time-dependent density functional theory (TDDFT) for the description of excited states with a hybrid quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) approach enables the study of photochemical processes in complex environments. Here, we present a short overview of recent a...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Marc-Etienne Moret, Enrico Tapavicza, Leonardo Guidoni, Ute F. Röhrig, Marialore Sulpizi, Ivano Tavernelli, Ursula Rothlisberger
Формат:	Стаття
Мова:	deu
Опубліковано:	Swiss Chemical Society 2005-07-01
Серія:	CHIMIA
Предмети:	Car-parrinello first-principles molecular dynamics Excited states Photoactive proteins Qm/mm simulations Time-dependent density functional theory
Онлайн доступ:	https://chimia.ch/chimia/article/view/4021

Схожі ресурси

Hybrid QM/MM Car-Parrinello Simulations of Catalytic and Enzymatic Reactions
за авторством: Maria Carola Colombo, та інші
Опубліковано: (2002-01-01)

QM/MM Molecular Dynamics Studies of Metal Binding Proteins
за авторством: Pietro Vidossich, та інші
Опубліковано: (2014-07-01)

Oxidative Defect Detection Within Free and Packed DNA Systems: A Quantum Mechanical/Molecular Mechanics (QM/ MM) Approach
за авторством: Sophia Johnson, та інші
Опубліковано: (2024-04-01)

Mechanical (QM/MM) Simulations of Adiabatic and Nonadiabatic Ultrafast Phenomena
за авторством: Basile F. E. Curchod, та інші
Опубліковано: (2011-05-01)

On the Difference Between Additive and Subtractive QM/MM Calculations
за авторством: Lili Cao, та інші
Опубліковано: (2018-04-01)

Spectral Features of Canthaxanthin in HCP2. A QM/MM Approach
за авторством: Kevin Clark, та інші
Опубліковано: (2021-04-01)

Unraveling Binding Mechanism and Stability of Urease Inhibitors: A QM/MM MD Study
за авторством: Shunya Suenaga, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

Representation of the QM Subsystem for Long-Range Electrostatic Interaction in Non-Periodic Ab Initio QM/MM Calculations
за авторством: Xiaoliang Pan, та інші
Опубліковано: (2018-09-01)

Simulating Absorption Spectra of Flavonoids in Aqueous Solution: A Polarizable QM/MM Study
за авторством: Sulejman Skoko, та інші
Опубліковано: (2020-12-01)

Mechanism of Chiral-Selective Aminoacylation of an RNA Minihelix Explored by QM/MM Free-Energy Simulations
за авторством: Tadashi Ando, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

Molecular Simulations with in-deMon2k QM/MM, a Tutorial-Review
за авторством: Aurélien de la Lande, та інші
Опубліковано: (2019-04-01)

QM/MM Studies of Contemporary and Novel Membrane Raft Fluorescent Probes
за авторством: Hannah L. Blake, та інші
Опубліковано: (2014-07-01)

A Comparison of QM/MM Simulations with and without the Drude Oscillator Model Based on Hydration Free Energies of Simple Solutes
за авторством: Gerhard König, та інші
Опубліковано: (2018-10-01)

Review on the QM/MM Methodologies and Their Application to Metalloproteins
за авторством: Christina Eleftheria Tzeliou, та інші
Опубліковано: (2022-04-01)

Chemical Reactivity and Spectroscopy Explored From QM/MM Molecular Dynamics Simulations Using the LIO Code
за авторством: Juan P. Marcolongo, та інші
Опубліковано: (2018-03-01)

Mechanism of Guanosine Triphosphate Hydrolysis by the Visual Proteins Arl3-RP2: Free Energy Reaction Profiles Computed with Ab Initio Type QM/MM Potentials
за авторством: Maria G. Khrenova, та інші
Опубліковано: (2021-06-01)

Molecule dynamics and combined QM/MM study on one-carbon unit transfer reaction catalyzed by GAR transformylase
за авторством: Qiao Qing-An, та інші
Опубліковано: (2005-12-01)

QM/MM Modeling of the Flavin Functionalization in the RutA Monooxygenase
за авторством: Bella Grigorenko, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

On the Permeation of Polychlorinated Dibenzodioxins and Dibenzofurans through Lipid Membranes: Classical MD and Hybrid QM/MM-EDA Analysis
за авторством: Raúl Alvarado, та інші
Опубліковано: (2022-12-01)

QM/MM Investigation of the Role of a Second Coordination Shell Arginine in [NiFe]-Hydrogenases
за авторством: Andrés M. Escorcia, та інші
Опубліковано: (2018-05-01)

Carotenoid-Chlorophyll Interactions in a Photosynthetic Antenna Protein: A Supramolecular QM/MM Approach
за авторством: Matthew J. Guberman-Pfeffer, та інші
Опубліковано: (2018-10-01)

QM/MM study of the stereospecific proton exchange of glutathiohydroxyacetone by glyoxalase I
за авторством: Sonia Jafari, та інші
Опубліковано: (2019-01-01)

A QM/MM Study on the Initiation Reaction of Firefly Bioluminescence—Enzymatic Oxidation of Luciferin
за авторством: Mohan Yu, та інші
Опубліковано: (2021-07-01)

Interfacing the Core-Shell or the Drude Polarizable Force Field With Car–Parrinello Molecular Dynamics for QM/MM Simulations
за авторством: Sudhir K. Sahoo, та інші
Опубліковано: (2018-07-01)

A QM/MM–Based Computational Investigation on the Catalytic Mechanism of Saccharopine Reductase
за авторством: James W. Gauld, та інші
Опубліковано: (2011-10-01)

QM/MM Study of a Nucleophilic Substitution Reaction Catalyzed by Uridine Phosphorylase from <i>Vibrio cholerae</i>
за авторством: Alexander A. Lashkov, та інші
Опубліковано: (2023-05-01)

Structure and Dynamics of Zr<sup>4+</sup> in Aqueous Solution: An Ab Initio QM/MM Molecular Dynamics Study
за авторством: Suwardi Suwardi, та інші
Опубліковано: (2015-07-01)

Comparing Hydrolysis and Transglycosylation Reactions Catalyzed by Thermus thermophilus β-Glycosidase. A Combined MD and QM/MM Study
за авторством: Sonia Romero-Téllez, та інші
Опубліковано: (2019-04-01)

Do Better Quality Embedding Potentials Accelerate the Convergence of QM/MM Models? The Case of Solvated Acid Clusters
за авторством: Junming Ho, та інші
Опубліковано: (2018-09-01)

Linear Response Functions of Densities and Spin Densities for Systematic Modeling of the QM/MM Approach for Mono- and Poly-Nuclear Transition Metal Systems
за авторством: Colin K. Kitakawa, та інші
Опубліковано: (2019-02-01)

Modeling Chemical Reactions by QM/MM Calculations: The Case of the Tautomerization in Fireflies Bioluminescent Systems
за авторством: Romain Berraud-Pache, та інші
Опубліковано: (2018-04-01)

Polarizable <i>ab initio</i> QM/MM Study of the Reaction Mechanism of <i>N</i>-<i>tert</i>-Butyloxycarbonylation of Aniline in [EMIm][BF<sub>4</sub>]
за авторством: Erik Antonio Vázquez-Montelongo, та інші
Опубліковано: (2018-10-01)

Docking and MM study of non-structural protein (NS5) of Japanese Encephalitis Virus (JEV) with some derivatives of adenosyl
за авторством: Rakesh Kumar Tiwari, та інші
Опубліковано: (2023-11-01)

In silico approach to design new cyclooxygenase-2 (COX-2) inhibitors based on MM/QM and ADMET analysis
за авторством: Ashutosh Kharwar, та інші
Опубліковано: (2024-06-01)

Impact of the T296S mutation in P450 GcoA for aryl-O-demethylation: a QM/MM study
за авторством: Sonia F. G. Santos, та інші
Опубліковано: (2024-01-01)

Covalent Inhibition of the <i>Human</i> 20S Proteasome with Homobelactosin C Inquired by QM/MM Studies
за авторством: Natalia Serrano-Aparicio, та інші
Опубліковано: (2022-04-01)

Role of Non-Covalent Interactions in Carbonic Anhydrase I—Topiramate Complex Based on QM/MM Approach
за авторством: Kamil Wojtkowiak, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

Solvation Effects on the Thermal Helix Inversion of Molecular Motors from QM/MM Calculations
за авторством: Jin Wen, та інші
Опубліковано: (2022-03-01)

QM/MM Molecular Dynamics Investigation of the Binding of Organic Phosphates to the 100 Diaspore Surface
за авторством: Prasanth B. Ganta, та інші
Опубліковано: (2020-06-01)

QM/MM Benchmarking of Cyanobacteriochrome Slr1393g3 Absorption Spectra
за авторством: Christian Wiebeler, та інші
Опубліковано: (2019-05-01)