SeamDock: An Interactive and Collaborative Online Docking Resource to Assist Small Compound Molecular Docking

SeamDock: An Interactive and Collaborative Online Docking Resource to Assist Small Compound Molecular Docking

In silico assessment of protein receptor interactions with small ligands is now part of the standard pipeline for drug discovery, and numerous tools and protocols have been developed for this purpose. With the SeamDock web server, we propose a new approach to facilitate access to small molecule dock...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Samuel Murail, Sjoerd J. de Vries, Julien Rey, Gautier Moroy, Pierre Tufféry
Định dạng:	Bài viết
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Frontiers Media S.A. 2021-09-01
Loạt:	Frontiers in Molecular Biosciences
Những chủ đề:	molecular docking web-server virtual screening drug discovery collaborative sessions
Truy cập trực tuyến:	https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2021.716466/full

Những quyển sách tương tự

ReverseDock: a web server for blind docking of a single ligand to multiple protein targets using AutoDock Vina
Bằng: Fabian Krause, et al.
Được phát hành: (2023-10-01)

An information gain-based approach for evaluating protein structure models
Bằng: Guillaume Postic, et al.
Được phát hành: (2020-01-01)

HIPPO: HIstogram-based Pseudo-POtential for scoring protein-ssRNA fragment-based docking poses
Bằng: Anna Kravchenko, et al.
Được phát hành: (2024-03-01)

PacDOCK: A Web Server for Positional Distance-Based and Interaction-Based Analysis of Docking Results
Bằng: Jacopo Carbone, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

EasyDock: customizable and scalable docking tool
Bằng: Guzel Minibaeva, et al.
Được phát hành: (2023-11-01)

The search of sequence variants using a constrained protein evolution simulation approach
Bằng: Pierre Tufféry, et al.
Được phát hành: (2020-01-01)

ACID: a free tool for drug repurposing using consensus inverse docking strategy
Bằng: Fan Wang, et al.
Được phát hành: (2019-11-01)

CSAlign and CSAlign-Dock: Structure alignment of ligands considering full flexibility and application to protein–ligand docking
Bằng: Sohee Kwon, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

Comprehensive Survey of Consensus Docking for High-Throughput Virtual Screening
Bằng: Clara Blanes-Mira, et al.
Được phát hành: (2022-12-01)

Applications of molecular docking in natural products-based drug discovery
Bằng: Isaac Asiamah, et al.
Được phát hành: (2023-07-01)

DockStream: a docking wrapper to enhance de novo molecular design
Bằng: Jeff Guo, et al.
Được phát hành: (2021-11-01)

Molecular Docking Approach for Biological Interaction of Green Synthesized Nanoparticles
Bằng: Pallab Kar, et al.
Được phát hành: (2024-05-01)

Performance evaluation of flexible macrocycle docking in AutoDock
Bằng: Matthew Holcomb, et al.
Được phát hành: (2022-01-01)

Molecular Docking of Isolated Alkaloids for Possible α-Glucosidase Inhibition
Bằng: Noor Rahman, et al.
Được phát hành: (2019-09-01)

Influence of Block Structure on Dock Floor and Foundation Under Moonpool of Docks
Bằng: CHE Yue, LI Yun, ZHOU Bing, JIN Guolong, ZHU Xiaodong, ZHOU Dongrong
Được phát hành: (2023-10-01)

Survey of public domain software for docking simulations and virtual screening
Bằng: Biesiada Jacek, et al.
Được phát hành: (2011-07-01)

Worldwide shiprepair docks
Được phát hành: ( 198)

Worldwide shiprepair docks
Được phát hành: (1988)

Dock and harbour authority
Được phát hành: (1920)

Dock and harbour engineering /
Bằng: 415025 Cornick, Henry F., et al.
Được phát hành: (1958)

An accurate and universal protein-small molecule batch docking solution using Autodock Vina
Bằng: Xinhao Che, et al.
Được phát hành: (2023-09-01)

Deep graph learning in molecular docking: Advances and opportunities
Bằng: Norberto Sánchez-Cruz
Được phát hành: (2023-12-01)

Improving Blind Docking in DOCK6 through an Automated Preliminary Fragment Probing Strategy
Bằng: Paula Jofily, et al.
Được phát hành: (2021-02-01)

Floating docks 1966-1975
Bằng: British Ship Research Association
Được phát hành: ([19-)

Tail Docking of Piglets 2: Effects of Meloxicam on the Stress Response to Tail Docking
Bằng: Rebecca Morrison, et al.
Được phát hành: (2020-09-01)

An Ant Colony Optimization for the Multi-Dock Truck Scheduling Problem with Cross-Docking
Bằng: Chi-Yuan Luo, et al.
Được phát hành: (2017-09-01)

Design and Analysis of A New Docking Device for Satellite Docking Ring
Bằng: Gao Bixiang, et al.
Được phát hành: (2016-01-01)

Structural Safety Assessment of a Floating Dock during Docking Operation
Bằng: Mohamed El-Maadawy, et al.
Được phát hành: (2018-09-01)

Actin Up: An Overview of the Rac GEF Dock1/Dock180 and Its Role in Cytoskeleton Rearrangement
Bằng: Emily J. Koubek, et al.
Được phát hành: (2022-11-01)

Dock and harbour authority [mikrofilem]
Được phát hành: (1980)

Design and construction of dry docks /
Bằng: 408027 Mazurkiewicz, B. K.
Được phát hành: (1980)

CONSTRUCTION OF THREE DIMENSIONAL STRUCTURES OF PHYTOESTROGENS CONVERTED FROM SMILES STRING REPRESENTATIONS FOR SIMULATIONS USING PLANTS DOCKING SOFTWARE
Bằng: Enade Perdana Istyastono, et al.
Được phát hành: (2016-08-01)

A perspective on the sharing of docking data
Bằng: Samia Aci-Sèche, et al.
Được phát hành: (2023-08-01)

Floating docks (references prior to 1966)
Bằng: British Ship Research Association
Được phát hành: (1971)

Integration of Molecular Docking and In Vitro Studies: A Powerful Approach for Drug Discovery in Breast Cancer
Bằng: Claudia Cava, et al.
Được phát hành: (2020-10-01)

Docking Strategy for a Space Station Container Docking Device Based on Adaptive Sensing
Bằng: Gang Wang, et al.
Được phát hành: (2019-01-01)

Tail Docking of Piglets 1: Stress Response of Piglets to Tail Docking
Bằng: Rebecca Morrison, et al.
Được phát hành: (2020-09-01)

CPORT: a consensus interface predictor and its performance in prediction-driven docking with HADDOCK.
Bằng: Sjoerd J de Vries, et al.
Được phát hành: (2011-01-01)

Safe operation and maintenance of dry dock facilities /
Bằng: Harren, Paul A., editor, et al.
Được phát hành: (c201)

ER/AR Multi-Conformational Docking Server: A Tool for Discovering and Studying Estrogen and Androgen Receptor Modulators
Bằng: Feng Wang, et al.
Được phát hành: (2022-01-01)