Učinkovito kodiranje zaporedij DNA - Boštjan MUROVEC; Blaž STRES (Acta Agriculturae Slovenica, 2008)
V zadnjem obdobju smo priča znatnemu naraščanju uporabe mikroračunalnikov pri raziskavah in analizah zaporedij DNA. Molekule DNA so računalnikom najpogosteje predstavljene v obliki zapisov v formatu FASTA , ki kodirajo sekvence DNA v obliki ASCII niza štirih nukleotidnih oznak A, G, C in T, katerim se po potrebi pridružijo še degenerativne kode in znak za presledek, ko gre za množice med seboj poravnanih zaporedij DNA. Zapis FASTA je dojemljiv za biologa in enostaven za programerja, ki razvija računalniški program, saj si pri razvoju lahko pomaga z bogatim naborom obstoječih knjižnic za delo z znakovnimi polji. Kljub omenjenim prednostim ima zapis FASTA določene slabosti, kot je manj učinkovito iskanje zaporedij nukleotidov, še posebej ob prisotnosti degenerativnih kod. Druga slabost izvira iz dejstva, da vsak posamezni znak FASTA za presledek zasede po en zlog računalniškega pomnilnika, kar je ob prisotnosti velikega števila presledkov neučinkovito in tudi dodatno manjša hitrost iskanja nukleotidnih zaporedij. Zaradi omenjenih slabosti predstavljamo alternativni zapis zaporedij DNA, ki omogoča hitrejše iskanje nukleotidnih zaporedij in učinkovitejše shranjevanje informacij o poravnavi, kar vodi v hitrejše delovanje programov in odpira možnost shranjevanja večjega števila zapisov DNA v delovni pomnilnik računalnika.