Asma ve Narlardan İzole Edilen Grapevine leafroll-associated virus-1 İzolatlarının Kısmi Sekanslarının Karşılaştırmalı Genomik Analizleri
Asma yaprak kıvırcıklık (grapevine leafroll) hastalığı geçmişten bu yana bağ virüs hastalıkları içerisinde ekonomik önem derecesi yüksek olan dünya çapında yayılım gösteren bir hastalıktır. Closterovirus cinsine ait virüs üyeleri içerisinde, Asma yaprak kıvırcıklık virüsü 1 (Grapevine leafroll-assoc...
| Main Authors: | , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Turkish Science and Technology Publishing (TURSTEP)
2017-10-01
|
| Series: | Turkish Journal of Agriculture: Food Science and Technology |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://www.agrifoodscience.com/index.php/TURJAF/article/view/1202 |
| _version_ | 1797922412819382272 |
|---|---|
| author | Eminur Elçi Mona Gazel Kadriye Çağlayan |
| author_facet | Eminur Elçi Mona Gazel Kadriye Çağlayan |
| author_sort | Eminur Elçi |
| collection | DOAJ |
| description | Asma yaprak kıvırcıklık (grapevine leafroll) hastalığı geçmişten bu yana bağ virüs hastalıkları içerisinde ekonomik önem derecesi yüksek olan dünya çapında yayılım gösteren bir hastalıktır. Closterovirus cinsine ait virüs üyeleri içerisinde, Asma yaprak kıvırcıklık virüsü 1 (Grapevine leafroll-associated virus 1) (GLRaV-1) en eski olanıdır. Bağlarda önemli verim kayıplarına neden olan bu virüs, özellikle yapraklarda kıvrılma simptomu ile tanımlanır. Nar bitkisi, ekonomik değeri yüksek bitkiler arasında yer almakta olup henüz az sayıda virüs hastalıkları tanımlanmış ancak son yıllarda yürütülen çalışmalarda bu bitkinin de GLRaV-1’in konukçusu olabileceği bildirilmiştir. Bu çalışmanın amacı, bağ ve narlardan elde edilen GLRaV-1 izolatlarının genomik olarak kıyaslanmasıdır. Bu amaçla, 2014 yılında Hatay ve Niğde illerinden toplanan asma ve nar örneklerinden total RNA ve dsRNA izolasyonları yapılmış, virüs genomuna özgü 2 farklı bölgenin (hareket (movement) proteini (p24) ve ısı şok (heatshock) proteinini (HSP70h) çoğaltan primerler kullanılarak RT-PCR ile analizleri yapılmış elde edilen ürünler klonlanmış ve sekans analizleri yapılmıştır. Ayrıca Closterovirüs’ün HSP70h genine özgü dejenere primer kullanılarak DOP-PCR analizleri yapılmıştır. DNA dizi analizlerinin sonunda elde edilen kısmi genomun, BLAST analizleri yapıldıktan sonra filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu çalışma sonunda, yeni bir konukçu olduğu düşünülen nardan izole edilen GLRaV-1 izolatlarının asma izolatları ile kıyaslamalı olarak analiz edilmesi sağlanmış ve izolatlar arası yüksek oranda benzerlik olduğu tespit edilmiştir. |
| first_indexed | 2024-04-10T14:30:57Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-c40c6330e4a44fd5be83030c82017b11 |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 2148-127X |
| language | English |
| last_indexed | 2024-04-10T14:30:57Z |
| publishDate | 2017-10-01 |
| publisher | Turkish Science and Technology Publishing (TURSTEP) |
| record_format | Article |
| series | Turkish Journal of Agriculture: Food Science and Technology |
| spelling | doaj.art-c40c6330e4a44fd5be83030c82017b112023-02-15T16:08:50ZengTurkish Science and Technology Publishing (TURSTEP)Turkish Journal of Agriculture: Food Science and Technology2148-127X2017-10-015101136114110.24925/turjaf.v5i10.1136-1141.1202619Asma ve Narlardan İzole Edilen Grapevine leafroll-associated virus-1 İzolatlarının Kısmi Sekanslarının Karşılaştırmalı Genomik AnalizleriEminur Elçi0Mona Gazel1Kadriye Çağlayan2Ömer Halisdemir Üniversitesi, Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi, Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Bölümü, 51240 Niğde, TürkiyeMustafa Kemal Üniversitesi, Ziraat fakültesi, Bitki Koruma Bölümü, 31100 HatayMustafa Kemal Üniversitesi, Ziraat fakültesi, Bitki Koruma Bölümü, 31100 HatayAsma yaprak kıvırcıklık (grapevine leafroll) hastalığı geçmişten bu yana bağ virüs hastalıkları içerisinde ekonomik önem derecesi yüksek olan dünya çapında yayılım gösteren bir hastalıktır. Closterovirus cinsine ait virüs üyeleri içerisinde, Asma yaprak kıvırcıklık virüsü 1 (Grapevine leafroll-associated virus 1) (GLRaV-1) en eski olanıdır. Bağlarda önemli verim kayıplarına neden olan bu virüs, özellikle yapraklarda kıvrılma simptomu ile tanımlanır. Nar bitkisi, ekonomik değeri yüksek bitkiler arasında yer almakta olup henüz az sayıda virüs hastalıkları tanımlanmış ancak son yıllarda yürütülen çalışmalarda bu bitkinin de GLRaV-1’in konukçusu olabileceği bildirilmiştir. Bu çalışmanın amacı, bağ ve narlardan elde edilen GLRaV-1 izolatlarının genomik olarak kıyaslanmasıdır. Bu amaçla, 2014 yılında Hatay ve Niğde illerinden toplanan asma ve nar örneklerinden total RNA ve dsRNA izolasyonları yapılmış, virüs genomuna özgü 2 farklı bölgenin (hareket (movement) proteini (p24) ve ısı şok (heatshock) proteinini (HSP70h) çoğaltan primerler kullanılarak RT-PCR ile analizleri yapılmış elde edilen ürünler klonlanmış ve sekans analizleri yapılmıştır. Ayrıca Closterovirüs’ün HSP70h genine özgü dejenere primer kullanılarak DOP-PCR analizleri yapılmıştır. DNA dizi analizlerinin sonunda elde edilen kısmi genomun, BLAST analizleri yapıldıktan sonra filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu çalışma sonunda, yeni bir konukçu olduğu düşünülen nardan izole edilen GLRaV-1 izolatlarının asma izolatları ile kıyaslamalı olarak analiz edilmesi sağlanmış ve izolatlar arası yüksek oranda benzerlik olduğu tespit edilmiştir.http://www.agrifoodscience.com/index.php/TURJAF/article/view/1202Punica granatum L.Vitis vinifera L.dsRNAcDNADOP-PCR, RT-PCRfilogenetik analiz |
| spellingShingle | Eminur Elçi Mona Gazel Kadriye Çağlayan Asma ve Narlardan İzole Edilen Grapevine leafroll-associated virus-1 İzolatlarının Kısmi Sekanslarının Karşılaştırmalı Genomik Analizleri Turkish Journal of Agriculture: Food Science and Technology Punica granatum L. Vitis vinifera L. dsRNA cDNA DOP-PCR, RT-PCR filogenetik analiz |
| title | Asma ve Narlardan İzole Edilen Grapevine leafroll-associated virus-1 İzolatlarının Kısmi Sekanslarının Karşılaştırmalı Genomik Analizleri |
| title_full | Asma ve Narlardan İzole Edilen Grapevine leafroll-associated virus-1 İzolatlarının Kısmi Sekanslarının Karşılaştırmalı Genomik Analizleri |
| title_fullStr | Asma ve Narlardan İzole Edilen Grapevine leafroll-associated virus-1 İzolatlarının Kısmi Sekanslarının Karşılaştırmalı Genomik Analizleri |
| title_full_unstemmed | Asma ve Narlardan İzole Edilen Grapevine leafroll-associated virus-1 İzolatlarının Kısmi Sekanslarının Karşılaştırmalı Genomik Analizleri |
| title_short | Asma ve Narlardan İzole Edilen Grapevine leafroll-associated virus-1 İzolatlarının Kısmi Sekanslarının Karşılaştırmalı Genomik Analizleri |
| title_sort | asma ve narlardan izole edilen grapevine leafroll associated virus 1 izolatlarinin kismi sekanslarinin karsilastirmali genomik analizleri |
| topic | Punica granatum L. Vitis vinifera L. dsRNA cDNA DOP-PCR, RT-PCR filogenetik analiz |
| url | http://www.agrifoodscience.com/index.php/TURJAF/article/view/1202 |
| work_keys_str_mv | AT eminurelci asmavenarlardanizoleedilengrapevineleafrollassociatedvirus1izolatlarınınkısmisekanslarınınkarsılastırmalıgenomikanalizleri AT monagazel asmavenarlardanizoleedilengrapevineleafrollassociatedvirus1izolatlarınınkısmisekanslarınınkarsılastırmalıgenomikanalizleri AT kadriyecaglayan asmavenarlardanizoleedilengrapevineleafrollassociatedvirus1izolatlarınınkısmisekanslarınınkarsılastırmalıgenomikanalizleri |