O SOM DO RNA SILENCIOSO: O PAPEL DOS LNCRNAS NA INTERAÇÃO TUBERCULOSE-DIABETES
Introdução: A tuberculose (TB) é uma das principais causas de morte no mundo, e o Diabetes Mellitus (DM) é uma das principais comorbidades associadas à doença. O DM afeta a resposta inflamatória crônica associada à TB, aumentando o risco de TB ativa e afetando a resposta ao tratamento. Aqui, avaliam...
| Main Authors: | , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Elsevier
2023-10-01
|
| Series: | Brazilian Journal of Infectious Diseases |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1413867023009029 |
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| author | Caian L. Vinhaes Eduardo R. Fukutani Mariana Araujo-Pereira Artur T.L. Queiroz Bruno B. Andrade |
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| description | Introdução: A tuberculose (TB) é uma das principais causas de morte no mundo, e o Diabetes Mellitus (DM) é uma das principais comorbidades associadas à doença. O DM afeta a resposta inflamatória crônica associada à TB, aumentando o risco de TB ativa e afetando a resposta ao tratamento. Aqui, avaliamos a dinâmica da expressão de RNA longo não codificante (lncRNA) e sua associação com TB e DM. Métodos: Dados de expressão gênica de TB, DM, TB/DM e controles saudáveis (HC) de 4 países foram obtidos. A expressão de RNAs não codificadores (ncRNA) foi recuperada e a análise de expressão diferencial foi realizada em dados brasileiros, comparando tanto TB quanto TB/DM com HC. Os ncRNAs (lncRNAs e miRNAs) expressos diferencialmente foram usados como entrada para um algoritmo de redução de dimensionalidade, para selecionar os ncRNAs mais informativos. A precisão dos lncRNA foi validada em amostras da Índia, Romênia e África do Sul. Para identificar as possíveis vias reguladas por esses lncRNAs, foi realizada uma análise de correlação entre os lncRNAs mais informativos e todos os genes. Os genes mais correlacionados foram usados na análise de enriquecimento. Resultados: Após redução da dimensão, identificamos 103 ncRNAs expressos diferencialmente na comparação TB e TB/DM. Destes, 5 lncRNAs: ADM-DT, LINC02009, LINC02471, SOX2-OT e GK-AS1. A análise de validação mostrou que os lncRNAs apresentaram acurácia moderada para classificar o DM de HC, com uma AUC de 0,652 (C.I. 0,44∼0,86). No entanto, eles tiveram precisão substancial ao discriminar TB de HC com AUC de 0,91 (C.I. 0,82∼0,99) e AUC de 0,98 (C.I. 0,95∼1,00) para TB/DM de HC. A análise de correlação para identificar os genes potencialmente associados identificou caminhos semelhantes no Brasil e na Índia para ambas as condições de TB e TB/DM. As vias identificadas estavam relacionadas à sinalização de interleucina e interferon, cascatas de receptores Toll-like, cascatas de receptores Toll-like, degranulação de neutrófilos e via de infecção. Conclusão: Apesar da escassez de informações sobre suas funções biológicas na literatura, os 5 lncRNAs mais informativos foram fortemente correlacionados com genes associados a vias relacionadas à regulação da resposta imune contra TB. Os genes fortemente correlacionados eram de vias relacionadas ao controle da TB, sugerindo papel importante dos lncRNA na regulação da resposta inflamatória na TB. |
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| spelling | doaj.art-c6873fcbf86442138cd2494712bdc9762023-11-16T06:09:23ZengElsevierBrazilian Journal of Infectious Diseases1413-86702023-10-0127103642O SOM DO RNA SILENCIOSO: O PAPEL DOS LNCRNAS NA INTERAÇÃO TUBERCULOSE-DIABETESCaian L. Vinhaes0Eduardo R. Fukutani1Mariana Araujo-Pereira2Artur T.L. Queiroz3Bruno B. Andrade4Corresponding author.; Multinational Organization Network Sponsoring Translational and Epidemiological Research Initiative, Salvador, BA, BrasilMultinational Organization Network Sponsoring Translational and Epidemiological Research Initiative, Salvador, BA, BrasilMultinational Organization Network Sponsoring Translational and Epidemiological Research Initiative, Salvador, BA, BrasilMultinational Organization Network Sponsoring Translational and Epidemiological Research Initiative, Salvador, BA, BrasilMultinational Organization Network Sponsoring Translational and Epidemiological Research Initiative, Salvador, BA, BrasilIntrodução: A tuberculose (TB) é uma das principais causas de morte no mundo, e o Diabetes Mellitus (DM) é uma das principais comorbidades associadas à doença. O DM afeta a resposta inflamatória crônica associada à TB, aumentando o risco de TB ativa e afetando a resposta ao tratamento. Aqui, avaliamos a dinâmica da expressão de RNA longo não codificante (lncRNA) e sua associação com TB e DM. Métodos: Dados de expressão gênica de TB, DM, TB/DM e controles saudáveis (HC) de 4 países foram obtidos. A expressão de RNAs não codificadores (ncRNA) foi recuperada e a análise de expressão diferencial foi realizada em dados brasileiros, comparando tanto TB quanto TB/DM com HC. Os ncRNAs (lncRNAs e miRNAs) expressos diferencialmente foram usados como entrada para um algoritmo de redução de dimensionalidade, para selecionar os ncRNAs mais informativos. A precisão dos lncRNA foi validada em amostras da Índia, Romênia e África do Sul. Para identificar as possíveis vias reguladas por esses lncRNAs, foi realizada uma análise de correlação entre os lncRNAs mais informativos e todos os genes. Os genes mais correlacionados foram usados na análise de enriquecimento. Resultados: Após redução da dimensão, identificamos 103 ncRNAs expressos diferencialmente na comparação TB e TB/DM. Destes, 5 lncRNAs: ADM-DT, LINC02009, LINC02471, SOX2-OT e GK-AS1. A análise de validação mostrou que os lncRNAs apresentaram acurácia moderada para classificar o DM de HC, com uma AUC de 0,652 (C.I. 0,44∼0,86). No entanto, eles tiveram precisão substancial ao discriminar TB de HC com AUC de 0,91 (C.I. 0,82∼0,99) e AUC de 0,98 (C.I. 0,95∼1,00) para TB/DM de HC. A análise de correlação para identificar os genes potencialmente associados identificou caminhos semelhantes no Brasil e na Índia para ambas as condições de TB e TB/DM. As vias identificadas estavam relacionadas à sinalização de interleucina e interferon, cascatas de receptores Toll-like, cascatas de receptores Toll-like, degranulação de neutrófilos e via de infecção. Conclusão: Apesar da escassez de informações sobre suas funções biológicas na literatura, os 5 lncRNAs mais informativos foram fortemente correlacionados com genes associados a vias relacionadas à regulação da resposta imune contra TB. Os genes fortemente correlacionados eram de vias relacionadas ao controle da TB, sugerindo papel importante dos lncRNA na regulação da resposta inflamatória na TB.http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1413867023009029Tuberculosi Diabetes lncRNA Inflamação |
| spellingShingle | Caian L. Vinhaes Eduardo R. Fukutani Mariana Araujo-Pereira Artur T.L. Queiroz Bruno B. Andrade O SOM DO RNA SILENCIOSO: O PAPEL DOS LNCRNAS NA INTERAÇÃO TUBERCULOSE-DIABETES Brazilian Journal of Infectious Diseases Tuberculosi Diabetes lncRNA Inflamação |
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