LipIDens: simulation assisted interpretation of lipid densities in cryo-EM structures of membrane proteins

LipIDens: simulation assisted interpretation of lipid densities in cryo-EM structures of membrane proteins

Abstract Cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables the determination of membrane protein structures in native-like environments. Characterising how membrane proteins interact with the surrounding membrane lipid environment is assisted by resolution of lipid-like densities visible in cryo-EM maps. N...

Podrobná bibliografie
Hlavní autoři:	T. Bertie Ansell, Wanling Song, Claire E. Coupland, Loic Carrique, Robin A. Corey, Anna L. Duncan, C. Keith Cassidy, Maxwell M. G. Geurts, Tim Rasmussen, Andrew B. Ward, Christian Siebold, Phillip J. Stansfeld, Mark S. P. Sansom
Médium:	Článek
Jazyk:	English
Vydáno:	Nature Portfolio 2023-11-01
Edice:	Nature Communications
On-line přístup:	https://doi.org/10.1038/s41467-023-43392-y

Podobné jednotky

LipIDens: simulation assisted interpretation of lipid densities in cryo-EM structures of membrane proteins
Autor: Ansell, TB, a další
Vydáno: (2023)

PyLipID: a Python package for analysis of protein-lipid interactions from MD simulations
Autor: Song, W, a další
Vydáno: (2022)

A IDEN T IDADE Imagenacionalidade
Autor: Antonio Basílio Rodrigues
Vydáno: (1996-12-01)

N′-(2-Hydroxy-5-nitrobenzylidene)benzenesulfonohydrazide
Autor: Yusnita, Juahir, a další
Vydáno: (2008)

Relative affinities of protein-cholesterol interactions from equilibrium molecular dynamics simulations
Autor: Ansell, TB, a další
Vydáno: (2021)

Bortom akademisk kapitalism - Idén om ett Nytt Universitet
Autor: Carsten Ljunggren, a další
Vydáno: (2002-01-01)

IDEN Consensus on Management of Antithrombotic Agents in Patients Undergoing Gastrointestinal Endoscopy
Autor: Seung Joo Kang, a další
Vydáno: (2024-06-01)

N′-(5-Bromo-2-hydroxybenzylidene)-3,4,5-trihydroxybenzohydrazide dihydrate
Autor: Alhadi, Abeer A., a další
Vydáno: (2008)

3,4-O-Isopropyl-idene-2-C-methyl-d-galactonolactone.
Autor: Dai, N, a další
Vydáno: (2010)

(2,4-Dimethoxy-benzyl-idene)-2-hydroxy-benzohydrazide ethanol solvate.
Autor: Yehye, W.A., a další
Vydáno: (2008)

Wer o war/Wast at Cleopatra an den Iden des Márz 44?
Autor: Richard Gregor Böhm
Vydáno: (1985-01-01)

Wer o war/Wast at Cleopatra an den Iden des Márz 44?
Autor: Richard Gregor Böhm
Vydáno: (1985-01-01)

N'-(2-Hydroxy-5-nitrobenzylidene)-2-(1H-indol-3-yl)acetohydrazide
Autor: Puvaneswary, Subramaniam, a další
Vydáno: (2008)

The energetics of protein-lipid interactions as viewed by molecular simulations
Autor: Corey, RA, a další
Vydáno: (2019)

Benzyl N-[1-(thiophen-2-yl)ethylidene)]-hydrazinecarbodithioate
Autor: Chan, Eddy Mun Hoe, a další
Vydáno: (2003)

Meeting Report and Special Issue Preface: International Digestive Endoscopy Network (IDEN) 2016
Autor: Sang Kil Lee, a další
Vydáno: (2016-09-01)

Structure, mechanism, and inhibition of Hedgehog acyltransferase
Autor: Coupland, CE, a další
Vydáno: (2021)

Structure and dynamics of the E. coli chemotaxis core signaling complex by cryo-electron tomography and molecular simulations
Autor: Cassidy, C, a další
Vydáno: (2020)

(1S)-1,2-O-Benzyl-idene-α-d-glucurono-6,3-lactone.
Autor: Jenkinson, S, a další
Vydáno: (2009)

tert-Butyl 2-de-oxy-4,5-O-isopropyl-idene-d-gluconate.
Autor: Jenkinson, S, a další
Vydáno: (2008)

Benzyl N-[(Z)-(1-methyl-2-sulfanylpropylidene)amino]carbamodithioate.
Autor: Break, Mohammed Khaled, a další
Vydáno: (2013)

AlphaFold2 and CryoEM: Revisiting CryoEM modeling in near-atomic resolution density maps
Autor: Corey F. Hryc, a další
Vydáno: (2022-07-01)

Insights into membrane protein-lipid interactions from free energy calculations
Autor: Corey, R, a další
Vydáno: (2019)

2,3-O-(S)-Benzyl-idene-2-C-methyl-d-ribono-1,4-lactone.
Autor: Booth, K, a další
Vydáno: (2009)

2-O-Benzhydryl-3,4-(S)-O-benzyl-idene-d-lyxono-1,4-lactone.
Autor: Jenkinson, S, a další
Vydáno: (2008)

2-O-Benzhydryl-3,4-(S)-O-benzyl-idene-d-lyxono-1,4-lactone
Autor: Jenkinson, S, a další
Vydáno: (2008)

2-O-Benzhydryl-3,4-(S)-O-benzyl-idene-d-xylono-1,4-lactone.
Autor: Jenkinson, S, a další
Vydáno: (2008)

N'-[1-(2-Hydroxy-5-methylphenyl)ethylidene]benzenesulfonohydrazide
Autor: Laila, M., a další
Vydáno: (2008)

Malay traditional spatial design functions related to its portrayal of cultural idenity at tourist destinations in Malaysia
Autor: Md Nor, Idham Hadi
Vydáno: (2016)

A lipid gating mechanism for the channel-forming O antigen ABC transporter
Autor: Christopher A. Caffalette, a další
Vydáno: (2019-02-01)

2-C-Hydroxymethyl-2,3-O-isopropyl-idene-3-C-methyl-beta-L-erythrose
Autor: Booth, K, a další
Vydáno: (2007)

2-Hydr-oxy-(2-methyl-1H-indol-3-ylmethyl-idene)benzohydrazide ethanol solvate.
Autor: Yehye, W.A., a další
Vydáno: (2008)

1,5-Bis(2-oxoindolin-3-ylidene)thiocarbonohydrazide tetrahydrofuran monosolvate
Autor: Pezeshkpour, Shaghayegh, a další
Vydáno: (2012)

Estudio de Indicadores de Desempeño Energético (IDEn) de un Hospital Básico en el Ecuador
Autor: Fernando Arias, a další
Vydáno: (2023-07-01)

Consolidating ICESat-2 Ocean Wave Characteristics with CryoSat-2 during the CRYO2ICE Campaign
Autor: Bjarke Nilsson, a další
Vydáno: (2022-03-01)

Cryo-EM structure of the mechanically activated ion channel OSCA1.2
Autor: Sebastian Jojoa-Cruz, a další
Vydáno: (2018-11-01)

(E,E)-1,2-Bis[4-(prop-2-yn-1-yloxy)benzylidene]hydrazine
Autor: Al-Mehana, Wisam Naji Atiyah, a další
Vydáno: (2011)

N'-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxy-benzyl-idene)-2-hydroxy-benzohydrazide methanol solvate
Autor: Yehye, W.A., a další
Vydáno: (2008)

Hepatocyte cholesterol content modulates glucagon receptor signalling
Autor: Emma Rose McGlone, a další
Vydáno: (2022-09-01)

CryoEM-based hybrid modeling approaches for structure determination.
Autor: Cassidy, C, a další
Vydáno: (2017)