SBMLKinetics: a tool for annotation-independent classification of reaction kinetics for SBML models

SBMLKinetics: a tool for annotation-independent classification of reaction kinetics for SBML models

Abstract Background Reaction networks are widely used as mechanistic models in systems biology to reveal principles of biological systems. Reactions are governed by kinetic laws that describe reaction rates. Selecting the appropriate kinetic laws is difficult for many modelers. There exist tools tha...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Tác giả chính:	Jin Xu
Định dạng:	Bài viết
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	BMC 2023-06-01
Loạt:	BMC Bioinformatics
Những chủ đề:	Systems biology Kinetics Data analysis Software Computational modeling
Truy cập trực tuyến:	https://doi.org/10.1186/s12859-023-05380-3

Những quyển sách tương tự

MakeSBML: a tool for converting between Antimony and SBML
Bằng: Jardine Bartholomew E., et al.
Được phát hành: (2024-06-01)

SBMLPkgSpec: a LaTeX style file for SBML package specification documents
Bằng: Michael Hucka
Được phát hành: (2017-09-01)

The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 2 Core
Bằng: Hucka Michael, et al.
Được phát hành: (2018-03-01)

sbml-diff: A tool for visually comparing SBML models in synthetic biology.
Bằng: Scott-Brown, J, et al.
Được phát hành: (2016)

SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models
Bằng: Sarah M Keating, et al.
Được phát hành: (2020-08-01)

Annotation of SBML models through rule-based semantic integration
Bằng: Lister Allyson L, et al.
Được phát hành: (2010-06-01)

From quantitative SBML models to Boolean networks
Bằng: Athénaïs Vaginay, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

SBML-SAT: a systems biology markup language (SBML) based sensitivity analysis tool
Bằng: Rundell Ann E, et al.
Được phát hành: (2008-08-01)

Comparison of software tools for kinetic evaluation of chemical degradation data
Bằng: Johannes Ranke, et al.
Được phát hành: (2018-05-01)

RITAN: rapid integration of term annotation and network resources
Bằng: Michael T. Zimmermann, et al.
Được phát hành: (2019-07-01)

A Focus on the Death Kinetics in Predictive Microbiology: Benefits and Limits of the Most Important Models and Some Tools Dealing with Their Application in Foods
Bằng: Antonio Bevilacqua, et al.
Được phát hành: (2015-10-01)

Reaction kinetics/
Bằng: 421906 Laidler, Keith J.
Được phát hành: (1963)

Reaction kinetics /
Bằng: 234907 Pilling, M. J.
Được phát hành: (1975)

Reaction kinetics/
Được phát hành: (1975)

Critical Appraisal of Kinetic Calculation Methods Applied to Overlapping Multistep Reactions
Bằng: Nikita V. Muravyev, et al.
Được phát hành: (2019-06-01)

Elementary reaction kinetics /
Bằng: Latham, J. L. (Joseph Lionel)
Được phát hành: (1969)

Elementary reaction kinetics /
Bằng: Latham, J. L. (Joseph Lionel), et al.
Được phát hành: (1977)

Elementary reaction kinetics /
Bằng: Latham, J. L. (Joseph Lionel)
Được phát hành: (1962)

Kinetics of inorganic reactions
Bằng: Sykes, A. G.
Được phát hành: (1966)

Kinetics of multistep reactions /
Bằng: Helfferich, Friedrich G., 1922-
Được phát hành: (2004)

Computational modeling of the kinetics of lipase catalyzed reaction
Bằng: Jurgita Dabulyt-Bagdonavičienė, et al.
Được phát hành: (2009-12-01)

Kinetics and dynamics of elementary gas reactions/
Bằng: 453027 Smith, Ian W. M.
Được phát hành: (1980)

Principles of reaction kinetics/
Bằng: 223200 Ashmore, Philip George
Được phát hành: (1967)

Principles of reaction kinetics/
Bằng: 223200 Ashmore, Philip George
Được phát hành: (1973)

Computational Analysis of the Kinetic Requirements for Coupled Reaction Systems
Bằng: Sara Incarbone, et al.
Được phát hành: (2025-02-01)

Introduction to reaction kinetics [kasetvideo]
Được phát hành: (1959)

Chemical kinetics : Homogeneous reactions /
Bằng: Emanuel, N. M. (Nikolai Markovich), 1915-, et al.
Được phát hành: (1973)

Reaction kinetics for chemical engineers /
Bằng: 243120 Walas, Stanley M.

Progress in reaction kinetics
Được phát hành: (1961)

SBMLToolkit.jl: a Julia package for importing SBML into the SciML ecosystem
Bằng: Lang Paul F., et al.
Được phát hành: (2024-05-01)

Genome-aware annotation of CRISPR guides validates targets in variant cell lines and enhances discovery in screens
Bằng: Simon Lam, et al.
Được phát hành: (2024-11-01)

Chemical and biochemical kinetics : mechanism of reactions /
Bằng: Zaikov, Gennadii Efremovich
Được phát hành: (2004)

Gas-phase reactions : kinetics and mechanism/
Bằng: 402574 Kondratiev, V. N., et al.
Được phát hành: (1981)

Reaction kinetics in heterogenous chemical systems/
Bằng: 2282 Societe de Chimie Physique, et al.
Được phát hành: (1975)

Introduction to the kinetics of chemical chain reactions /
Bằng: 235236 Gimblett, F. G. R.
Được phát hành: (1970)

Synthesis, Kinetics, Reaction Mechanism and Biological Activity Studies of Novel 1, 3-Oxazine Compound
Bằng: Kosrat N. Kaka
Được phát hành: (2023-10-01)

Automated web pages classification with independent component analysis
Bằng: Sam, Lee Zhi, et al.
Được phát hành: (2006)

Reaction kinetics in micelles : proceedings /
Bằng: American Chemical Society Symposium on Reaction Kinetics in Micelles (1972 : New York)
Được phát hành: (1973)

SBML Level 3 package: Multistate, Multicomponent and Multicompartment Species, Version 1, Release 1
Bằng: Zhang Fengkai, et al.
Được phát hành: (2018-04-01)

Chemical kinetics : the study of reaction rates in solution /
Bằng: 290484 Connors, Kenneth A. (Kenneth Antonio), 1932-
Được phát hành: (1990)