Oculus: faster sequence alignment by streaming read compression

Oculus: faster sequence alignment by streaming read compression

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Despite significant advancement in alignment algorithms, the exponential growth of nucleotide sequencing throughput threatens to outpace bioinformatic analysis. Computation may become the bottleneck of genome analysis if growing alig...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Veeneman Brendan A, Iyer Matthew K, Chinnaiyan Arul M
Định dạng:	Bài viết
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	BMC 2012-11-01
Loạt:	BMC Bioinformatics
Những chủ đề:	DNA nucleotide sequence alignment streaming identity redundancy compression software algorithm
Truy cập trực tuyến:	http://www.biomedcentral.com/1471-2105/13/297

Những quyển sách tương tự

CNCA aligns small annotated genomes
Bằng: Jean-Noël Lorenzi, et al.
Được phát hành: (2024-02-01)

Streaming feature selection algorithms for big data: A survey
Bằng: Noura AlNuaimi, et al.
Được phát hành: (2022-03-01)

Deep Compressed Super-Resolution Imaging with DMD Alignment Error Correction
Bằng: Miao Xu, et al.
Được phát hành: (2023-05-01)

Is the National Medical Commission aligning with discontinuity and transitory in times of uncertainty by making the science and art of family medicine redundant?
Bằng: Sunil Kumar Raina
Được phát hành: (2024-06-01)

An Image Compression Encryption Algorithm Based on Chaos and ZUC Stream Cipher
Bằng: Xiaomeng Song, et al.
Được phát hành: (2022-05-01)

Stream-Based Visually Lossless Data Compression Applying Variable Bit-Length ADPCM Encoding
Bằng: Shinichi Yamagiwa, et al.
Được phát hành: (2021-07-01)

Halting operations for algorithmic alignment
Bằng: Hanns Holger Rutz
Được phát hành: (2017-09-01)

The Influence of Optical Alignment Error on Compression Coding Superresolution Imaging
Bằng: Chao Wang, et al.
Được phát hành: (2022-04-01)

Information Compression, Multiple Alignment, and the Representation and Processing of Knowledge in the Brain
Bằng: James Gerard Wolff
Được phát hành: (2016-11-01)

Visual Saliency Guided Foveated Video Compression
Bằng: Shupei Zhang, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

Stream-Based Lossless Data Compression Applying Adaptive Entropy Coding for Hardware-Based Implementation
Bằng: Shinichi Yamagiwa, et al.
Được phát hành: (2020-06-01)

Introducing difference recurrence relations for faster semi-global alignment of long sequences
Bằng: Hajime Suzuki, et al.
Được phát hành: (2018-02-01)

INFORMATION STREAMS OF LOGISTICAL SYSTEMS
Bằng: E. N. Zhivitskaya
Được phát hành: (2015-05-01)

Graph Stream Compression Scheme Based on Pattern Dictionary Using Provenance
Bằng: Hyeonbyeong Lee, et al.
Được phát hành: (2024-05-01)

Object tracking in video stream using compressed domain /
Bằng: Ng, Zhen Sam, 1991- author 632068, et al.
Được phát hành: (2015)

Target alignment method of inertial confinement fusion facility based on position estimation
Bằng: Weiheng Lin, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

An Efficient Method to Predict Compressibility Factor of Natural Gas Streams
Bằng: Vassilis Gaganis, et al.
Được phát hành: (2019-07-01)

Improving the Software Upgrade Value Stream
Bằng: Ippolito, Mr. Brian, et al.
Được phát hành: (2014)

Video streaming application for windows phone /
Bằng: Pacu Putra, author,, et al.
Được phát hành: (2011)

A decomposition scheme for continuous Level of Detail, streaming and lossy compression of unordered point clouds
Bằng: Jan Martens, et al.
Được phát hành: (2023-12-01)

Single Image Super-Resolution Using Compressive Sensing With a Redundant Dictionary
Bằng: Yicheng Sun, et al.
Được phát hành: (2015-01-01)

Recurrent miscalling of missense variation from short-read genome sequence data
Bằng: Matthew A. Field, et al.
Được phát hành: (2019-07-01)

The Utility of Data Transformation for Alignment, De Novo Assembly and Classification of Short Read Virus Sequences
Bằng: Avraam Tapinos, et al.
Được phát hành: (2019-04-01)

Video streaming application for windows phone [electronic resource] /
Bằng: Pacu Putra, author,
Được phát hành: (2011)

Resource Allocation Based on Interference Alignment With Clustering for Data Stream Maximization in Dense Small Cell Networks
Bằng: Hao Zhang, et al.
Được phát hành: (2019-01-01)

Object tracking in video stream using compressed domain [electronic resource] /
Bằng: Ng, Zhen Sam, 1991- author 632068, et al.
Được phát hành: (2015)

Investigation of the mechanism for processing predicted frames in the technology of compression of transformed images in computer systems and special purpose networks
Bằng: О.І. Тимочко, et al.
Được phát hành: (2020-10-01)

A hybrid approach to secure and compress data streams in cloud computing environment
Bằng: A.Abdo, et al.
Được phát hành: (2024-03-01)

Fully automated sequence alignment methods are comparable to, and much faster than, traditional methods in large data sets: an example with hepatitis B virus
Bằng: Therese A. Catanach, et al.
Được phát hành: (2019-01-01)

Network Traffic Compression With Side Information
Bằng: Ahmad Beirami, et al.
Được phát hành: (2020-01-01)

Improving the Software Upgrade Value Stream
Bằng: Ippolito, Brian
Được phát hành: (2002)

Fast read alignment with incorporation of known genomic variants
Bằng: Hongzhe Guo, et al.
Được phát hành: (2019-12-01)

Statistical Analysis of Bifurcating Region 2 Field-Aligned Currents Using AMPERE
Bằng: H. K. Sangha , et al.
Được phát hành: (2022-05-01)

Fast and SNP-aware short read alignment with SALT
Bằng: Wei Quan, et al.
Được phát hành: (2021-08-01)

Compressed-Domain ECG-Based Biometric User Identification Using Compressive Analysis
Bằng: Ching-Yao Chou, et al.
Được phát hành: (2020-06-01)

Proverbs and Identity: A Study of Hadoti Proverbs
Bằng: Amitabh Vikram Dwivedi
Được phát hành: (2015-08-01)

A stream processing abstraction framework
Bằng: Ilaria Bartolini, et al.
Được phát hành: (2023-10-01)

StreamIt: A Language and Compiler for Communication-Exposed Architectures
Bằng: Thies, William, et al.
Được phát hành: (2003)

Using Probabilistic Models for Data Compression
Bằng: Iuliana Iatan, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

Physical Modelling of Tidal Stream Turbine Wake Structures under Yaw Conditions
Bằng: Can Zhang, et al.
Được phát hành: (2023-02-01)