Genome-wide identification of human functional DNA using a neutral indel model.

Genome-wide identification of human functional DNA using a neutral indel model.

It has become clear that a large proportion of functional DNA in the human genome does not code for protein. Identification of this non-coding functional sequence using comparative approaches is proving difficult and has previously been thought to require deep sequencing of multiple vertebrates. Her...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Gerton Lunter, Chris P Ponting, Jotun Hein
Định dạng:	Bài viết
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Public Library of Science (PLoS) 2006-01-01
Loạt:	PLoS Computational Biology
Truy cập trực tuyến:	https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020005

Những quyển sách tương tự

Genome-wide identification of human functional DNA using a neutral indel model
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2006)

Genome-Wide Identification of Human Functional DNA Using a Neutral Indel Model.
Được phát hành: (2006-01-01)

Genome assembly quality: assessment and improvement using the neutral indel model.
Bằng: Meader, S, et al.
Được phát hành: (2010)

Probabilistic whole-genome alignments reveal high indel rates in the human and mouse genomes.
Bằng: Lunter, G
Được phát hành: (2007)

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach
Bằng: Lunter Gerton, et al.
Được phát hành: (2008-07-01)

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment
Bằng: Jensen Jens, et al.
Được phát hành: (2005-04-01)

Application of the Neutral Indel Model to genome sequences for diverse metazoans
Bằng: Meader, S
Được phát hành: (2010)

Massive turnover of functional sequence in human and other mammalian genomes.
Bằng: Meader, S, et al.
Được phát hành: (2010)

A "long indel" model for evolutionary sequence alignment
Bằng: Miklos, I, et al.
Được phát hành: (2004)

A "Long Indel" model for evolutionary sequence alignment.
Bằng: Miklós, I, et al.
Được phát hành: (2004)

Dog as an outgroup to human and mouse.
Bằng: Gerton Lunter
Được phát hành: (2007-04-01)

Functional genomic effects of indels using Bayesian genome-phenome wide association studies in sorghum
Bằng: J. Lucas Boatwright, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

Restricted DCJ-indel model: sorting linear genomes with DCJ and indels
Bằng: da Silva Poly H, et al.
Được phát hành: (2012-12-01)

Genome-wide functional element detection using pairwise statistical alignment outperforms multiple genome footprinting techniques.
Bằng: Satija, R, et al.
Được phát hành: (2010)

Evolutionary biology: human brain gene wins genome race.
Bằng: Ponting, C, et al.
Được phát hành: (2006)

8.2% of the Human genome is constrained: variation in rates of turnover across functional element classes in the human lineage
Bằng: Rands, C, et al.
Được phát hành: (2014)

Indel detection from DNA and RNA sequencing data with transIndel
Bằng: Rendong Yang, et al.
Được phát hành: (2018-04-01)

Identification of SNPs and INDELS associated with duck egg quality traits through a genome-wide association analysis
Bằng: Min Zhang, et al.
Được phát hành: (2024-12-01)

Identification of genomic indels and structural variations using split reads
Bằng: Urban Alexander E, et al.
Được phát hành: (2011-07-01)

Genome-Wide SNPs and InDels Characteristics of Three Chinese Cattle Breeds
Bằng: Fengwei Zhang, et al.
Được phát hành: (2019-08-01)

On the weight of indels in genomic distances
Bằng: Ribeiro Leonardo C, et al.
Được phát hành: (2011-10-01)

The evolutionary dynamics that retain long neutral genomic sequences in face of indel deletion bias: a model and its application to human introns
Bằng: Gil Loewenthal, et al.
Được phát hành: (2022-12-01)

Genome-wide identification and characterization of InDels and SNPs in Glycine max and Glycine soja for contrasting seed permeability traits
Bằng: G. Ramakrishna, et al.
Được phát hành: (2018-07-01)

Assessing Autosomal InDel Loci With Multiple Insertions or Deletions of Random DNA Sequences in Human Genome
Bằng: Yining Yao, et al.
Được phát hành: (2022-02-01)

The Universal Set of 99 InDel Markers for Human Identification
Bằng: Alexander V. Chudinov, et al.
Được phát hành: (2024-11-01)

Genome-wide discovery of InDels and validation of PCR-Based InDel markers for earliness in a RIL population and genotypes of lentil (Lens culinaris Medik.).
Bằng: K M Shivaprasad, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

Dindel: accurate indel calls from short-read data.
Bằng: Albers, C, et al.
Được phát hành: (2011)

Immunogenetic basis of chicken’s heterophil to lymphocyte ratio revealed by genome-wide indel variants analysis
Bằng: Jin ZHANG, et al.
Được phát hành: (2023-09-01)

Indelible /
Bằng: Slaughter, Karin, 1971-
Được phát hành: (2004)

Genome-wide SNP and InDel analysis of three Philippine mango species inferred from whole-genome sequencing
Bằng: Cris Q. Cortaga, et al.
Được phát hành: (2022-03-01)

Signatures of adaptive evolution within human non-coding sequence.
Bằng: Ponting, C, et al.
Được phát hành: (2006)

Signatures of adaptive evolution within human non-coding sequence
Bằng: Ponting, C, et al.
Được phát hành: (2006)

Linearization of Median Genomes Under the Double-Cut-and-Join-Indel Model
Bằng: Pavel Avdeyev, et al.
Được phát hành: (2019-06-01)

Genome-Wide Identification and Characterization of SNPs and InDels of <i>Capsicum annuum</i> var. <i>glabriusculum</i> from Mexico Based on Whole Genome Sequencing
Bằng: Valeria Itzel Moreno-Contreras, et al.
Được phát hành: (2024-11-01)

DNA indels in coding regions reveal selective constraints on protein evolution in the human lineage
Bằng: Messer Philipp W, et al.
Được phát hành: (2007-10-01)

Development and validation of genome-wide InDel markers with high levels of polymorphism in bitter gourd (Momordica charantia)
Bằng: Junjie Cui, et al.
Được phát hành: (2021-03-01)

An INDEL genomic approach to explore population diversity of phytoplankton
Bằng: Martine Devic, et al.
Được phát hành: (2024-11-01)

Characterization and potential functional significance of human-chimpanzee large INDEL variation
Bằng: Polavarapu Nalini, et al.
Được phát hành: (2011-10-01)

Structural and functional analysis of somatic coding and UTR indels in breast and lung cancer genomes
Bằng: Jing Chen, et al.
Được phát hành: (2021-10-01)

Genome-Wide Discovery of InDel Markers in Sesame (<i>Sesamum indicum</i> L.) Using ddRADSeq
Bằng: Sibel Kizil, et al.
Được phát hành: (2020-09-01)