Біоінформатичне передбачення генів індукованих холодом транскрипційних факторів CBF/DREB1 та DREB4 у Deschampsia antarctica Desv.
Метою роботи було дослідження механізмів стійкості до стресів у рослин на прикладі антарктичного злаку D. antarctica, зокрема аналіз генів транскрипційних факторів із груп CBF/DREB1 та DREB4, відповідальних за регуляцію реакції на холодовий та інші абіотичні стреси. Шляхом аналізу даних розшифровув...
| Main Authors: | , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
State Institution National Antarctic Scientific Center
2017-01-01
|
| Series: | Український антарктичний журнал |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://uaj.uac.gov.ua/index.php/uaj/article/view/94 |
| _version_ | 1828256675391340544 |
|---|---|
| author | О. M. Bublyk I.O. Andreev V. A. Kunakh |
| author_facet | О. M. Bublyk I.O. Andreev V. A. Kunakh |
| author_sort | О. M. Bublyk |
| collection | DOAJ |
| description | Метою роботи було дослідження механізмів стійкості до стресів у рослин на прикладі антарктичного злаку D. antarctica, зокрема аналіз генів транскрипційних факторів із груп CBF/DREB1 та DREB4, відповідальних за регуляцію реакції на холодовий та інші абіотичні стреси. Шляхом аналізу даних розшифровування геномної ДНК та мРНК D. antarctica із використанням як референсних послідовностей ідентифікованих генів споріднених видів злаків та деяких типових мотивів передбачено in silico існування 17 генів-кандидатів з досліджуваних груп. Передбачені гени DaCBF охарактеризовано та класифіковано шляхом порівняння із послідовностями описаних раніше ортологів інших видів, а також присвоєно їм назви за прийнятою для інших злаків номенклатурою. Проаналізовано склад кластерів цих генів та їх можливу роль у формуванні холодостійкості виду. Встановлено, що послідовності білкових продуктів передбачених генів містять характерні для цих груп ДНК-зв’язувальний домен AP2/ERF та консервативні мотиви, а також показано їхню високу гомологію до білків-ортологів споріднених видів рослин. Філогенетичний аналіз показав, що структура групи передбачених транскрипційних факторів D. antarctica у цілому подібна до описаної для інших злаків: до нечисленних підгруп CBFI та CBFII увійшло по одному ТФ, до більш численних груп CBFIII та CBFIV - відповідно чотири та вісім. До кластеру DREB4 увійшли три ТФ. Аналіз транскриптомних послідовностей показав конститутивну експресію ТФ з груп CBFIIIc, CBF IV та DREB4. Не вдалося виявити суттєвих особливостей чисельності та складу груп DREB1/CBF та DREB4 передбачених ТФ, які б пояснювали підвищену холодостійкість D. antarctica. |
| first_indexed | 2024-04-13T02:31:39Z |
| format | Article |
| id | doaj.art-e6cd2e4e01874ad585dd0dbc1fea3d48 |
| institution | Directory Open Access Journal |
| issn | 1727-7485 2415-3087 |
| language | English |
| last_indexed | 2024-04-13T02:31:39Z |
| publishDate | 2017-01-01 |
| publisher | State Institution National Antarctic Scientific Center |
| record_format | Article |
| series | Український антарктичний журнал |
| spelling | doaj.art-e6cd2e4e01874ad585dd0dbc1fea3d482022-12-22T03:06:33ZengState Institution National Antarctic Scientific CenterУкраїнський антарктичний журнал1727-74852415-30872017-01-0115819510.33275/1727-7485.15.2016.9494Біоінформатичне передбачення генів індукованих холодом транскрипційних факторів CBF/DREB1 та DREB4 у Deschampsia antarctica Desv.О. M. Bublyk0I.O. Andreev1V. A. Kunakh2Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Україна, 03680, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 150Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Україна, 03680, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 150Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Україна, 03680, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 150Метою роботи було дослідження механізмів стійкості до стресів у рослин на прикладі антарктичного злаку D. antarctica, зокрема аналіз генів транскрипційних факторів із груп CBF/DREB1 та DREB4, відповідальних за регуляцію реакції на холодовий та інші абіотичні стреси. Шляхом аналізу даних розшифровування геномної ДНК та мРНК D. antarctica із використанням як референсних послідовностей ідентифікованих генів споріднених видів злаків та деяких типових мотивів передбачено in silico існування 17 генів-кандидатів з досліджуваних груп. Передбачені гени DaCBF охарактеризовано та класифіковано шляхом порівняння із послідовностями описаних раніше ортологів інших видів, а також присвоєно їм назви за прийнятою для інших злаків номенклатурою. Проаналізовано склад кластерів цих генів та їх можливу роль у формуванні холодостійкості виду. Встановлено, що послідовності білкових продуктів передбачених генів містять характерні для цих груп ДНК-зв’язувальний домен AP2/ERF та консервативні мотиви, а також показано їхню високу гомологію до білків-ортологів споріднених видів рослин. Філогенетичний аналіз показав, що структура групи передбачених транскрипційних факторів D. antarctica у цілому подібна до описаної для інших злаків: до нечисленних підгруп CBFI та CBFII увійшло по одному ТФ, до більш численних груп CBFIII та CBFIV - відповідно чотири та вісім. До кластеру DREB4 увійшли три ТФ. Аналіз транскриптомних послідовностей показав конститутивну експресію ТФ з груп CBFIIIc, CBF IV та DREB4. Не вдалося виявити суттєвих особливостей чисельності та складу груп DREB1/CBF та DREB4 передбачених ТФ, які б пояснювали підвищену холодостійкість D. antarctica.http://uaj.uac.gov.ua/index.php/uaj/article/view/94абіотичний стресантарктичні рослинипередбачення in silicoстійкістьтранскрипційні фактори |
| spellingShingle | О. M. Bublyk I.O. Andreev V. A. Kunakh Біоінформатичне передбачення генів індукованих холодом транскрипційних факторів CBF/DREB1 та DREB4 у Deschampsia antarctica Desv. Український антарктичний журнал абіотичний стрес антарктичні рослини передбачення in silico стійкість транскрипційні фактори |
| title | Біоінформатичне передбачення генів індукованих холодом транскрипційних факторів CBF/DREB1 та DREB4 у Deschampsia antarctica Desv. |
| title_full | Біоінформатичне передбачення генів індукованих холодом транскрипційних факторів CBF/DREB1 та DREB4 у Deschampsia antarctica Desv. |
| title_fullStr | Біоінформатичне передбачення генів індукованих холодом транскрипційних факторів CBF/DREB1 та DREB4 у Deschampsia antarctica Desv. |
| title_full_unstemmed | Біоінформатичне передбачення генів індукованих холодом транскрипційних факторів CBF/DREB1 та DREB4 у Deschampsia antarctica Desv. |
| title_short | Біоінформатичне передбачення генів індукованих холодом транскрипційних факторів CBF/DREB1 та DREB4 у Deschampsia antarctica Desv. |
| title_sort | біоінформатичне передбачення генів індукованих холодом транскрипційних факторів cbf dreb1 та dreb4 у deschampsia antarctica desv |
| topic | абіотичний стрес антарктичні рослини передбачення in silico стійкість транскрипційні фактори |
| url | http://uaj.uac.gov.ua/index.php/uaj/article/view/94 |
| work_keys_str_mv | AT ombublyk bíoínformatičneperedbačennâgenívíndukovanihholodomtranskripcíjnihfaktorívcbfdreb1tadreb4udeschampsiaantarcticadesv AT ioandreev bíoínformatičneperedbačennâgenívíndukovanihholodomtranskripcíjnihfaktorívcbfdreb1tadreb4udeschampsiaantarcticadesv AT vakunakh bíoínformatičneperedbačennâgenívíndukovanihholodomtranskripcíjnihfaktorívcbfdreb1tadreb4udeschampsiaantarcticadesv |