Principes de base de la sélection génomique - C. ROBERT-GRANIÉ; A. LEGARRA; V. DUCROCQ (INRAE Productions Animales, 2011)
Avec l’arrivée de données de génotypage à haut débit, il est maintenant possible d’estimer la valeur génétique d’animaux candidatsà la sélection dès leur naissance, sans attendre la collecte de phénotypes. La sélection génomique bouleverse complètement les perspectivesen amélioration génétique. Elle nécessite la constitution d’une population de référence formée d’animaux génotypés (jusqu’àrécemment, il s’agissait principalement de mâles) et ayant des performances précises, par exemple la performance moyenne de leursfilles. Les évaluations génomiques consistent à prédire les phénotypes dans cette population de référence comme la somme des effetsdes marqueurs moléculaires. Le problème méthodologique principal est que le nombre d’effets à estimer est typiquement beaucoupplus élevé que le nombre de phénotypes disponibles. Nous décrivons les idées générales de diverses familles de méthodes proposées :BLUP génomique basé sur une parenté entre individus calculée à partir des marqueurs, méthodes Bayésiennes plus flexibles maisaussi plus coûteuses, méthodes de sélection de variables, méthode en une seule étape qui combine évaluation génétique nationale etévaluation génomique. La précision des évaluations génomiques est faite par validation croisée chez les animaux les plus jeunes de lapopulation de référence. La taille de la population de référence, la manière de prendre en compte les QTL à effet fort et le degré d’apparentemententre candidats à la sélection et animaux de la population de référence ont un impact non négligeable sur l’efficacité desméthodes de sélection génomique.