Quercus L. Cinsine Ait Türlerde Kloroplast DNA’ya Ait psbA-trnH IGS Bölgesinin Kullanılarak Filogenetik İlişkilerin Değerlendirilmesi - Aykut Yılmaz (Düzce Üniversitesi Bilim ve Teknoloji Dergisi, 2020)
Kloroplast genoma ait psbA-trnH IGS bölgesi, en fazla nükleotid dizi farklılığı içeren bölgelerden biri olmasından dolayı barkodlama amacı ile bitkilerde sıklıkla kullanılan bölgelerden biridir. Bu amaçla meşelerde var olan taksonomik problemlerin çözümüne katkı sağlamak ve türler arasındaki filogenetik ilişkileri değerlendirmek adına bu bölge bu çalışmada tercih edilmiştir. İlk olarak psbA-trnH IGS bölgesine ait sekans bilgisi analizler için NCBI’den sağlanılmıştır. Daha sonra bu sekanslar hizalandırılmış ve varyasyon gösteren bölgeler için bir bazın diğerine değişim oranları, transisyon/transversiyon oranları, baz frekansları gibi analizler MEGA X programı kullanılarak yapılmıştır. Son olarak, türlerin birbirleri ile olan filogenetik ilişkilerini değerlendirmek adına Neighbor-joining dendrogram hazırlanmış ve analiz edilmiştir. Bu bölgenin meşe türlerinin seksiyonel ayrımı için yeterli varyasyona sahip olmasına karşın, tür ayrımında ve tanımlamasında sekans varyasyonlarının yetersiz kaldığı görülmüştür. Çalışmanın sonucu olarak psbA-trnH IGS sekansının meşelerde barkodlama amacı ile tek başına yetersiz olduğu, bununla birlikte farklı barkodlama bölgeleri ile kullanımının fayda sağlayacağı önerilmektedir.