Analisis Filogenetik pada Sapi Peranakan Angus - Priyadi, Dwi Ahmad; Adinata, Yudi; Hartatik, Tety (2016)
Studi terkait kemurnian ternak sapi di Indonesia perlu dilakukan guna mengetahui nilai kekerabatan dan memprediksi nenek moyang, agar usaha pemuliaan ternak dapat dilakukan secara tepat. Hal tersebut dapat dilakukan dengan menggunakan studi kekerabatan berdasar gen Cytochrome b yang hanya diwariskan secara maternal. Penelitian ini menggunakan sampel sebanyak 15 ekor sapi Peranakan Angus, berasal dari Sragen, Jawa Tengah, yang telah dibudidayakan sejak tahun 1980-an oleh peternak rakyat. Materi pembanding berupa 54 data sekuen referensi gen Cytochrome b dari berbagai sapi dan negara (GenBank). Pembuatan pohon filogenetik menggunakan program Mega 6 dengan metode maximum likelihood (1000 nilai Bootstrap, parameter Tamura-Nei) dengan pembanding 8 sekuen gen Cytochrome b individu out-group (GenBank). Hasil yang didapatkan ialah sapi Peranakan Angus yang disampel terbagi dalam 2 cabang moyang, yaitu cabang yang memuat Banteng (Bos javanicus) dan cabang Sapi Domestik (Bos indicus dan Bos taurus), dengan mayoritas sampel (n= 13) berada pada cabang Banteng. Hal ini menunjukkan bahwa sebagian besar sapi Indonesia masa kini, baik persilangan maupun lokal memiliki moyang maternal yang berasal dari Banteng dan sebagian kecil memiliki kedekatan moyang dengan Bos indicus atau Bos taurus. Kuat praduga bahwa moyang sapi asli Indonesia dan sekitarnya ialah dari spesies Bos javanicus, Bos sauveli, Bos grunniens, dan Bos frontalis.