Rancangan Probe untuk Deteksi Virus Jembrana Berdasarkan Region Probe JC2 Gen gag-ca Jembrana Disease Virus - Kusumawati, Asmarani; Fatimah, Fatimah; Kaitu, Renny A.M.; Hartati, Sri (Sekolah Pasca Sarjana Universitas Gadjah Mada, 2015)
Penyakit Jembrana merupakan suatu penyakit viral akut yang menyerang ternak sapi di Bali. Penyakit ini disebabkan oleh virus Jembrana yang merupakan kelompok lentivirus. Virus Jembrana memiliki struktur genom yang hampir sama dengan anggota lentivirus lainnya, seperti: BIV(Bovine Immunodeficiency Virus) dan BLV (Bovine Leukimia Virus). Gen gag-ca merupakan salah satu pengkode protein imunogenik, yang dimiliki oleh semua anggota lentivirus. Isolasi dan transformasi gen gag-ca pada vektor eukariotik (pcDNA3.1) telah berhasil dikerjakan. Berdasarkan, sequensing dari gen gag-ca hasil kloning, diketahui bahwa terdapat 3 perubahan basa pada 3 titik, namun hal itu tidak mempengaruhi protein yang disintesis. Dalam usaha pengembangan probe untuk hibridisasi gen gag-ca menggunakan metode dot-blot, maka dilakukan aligmen menggunakan program multalin dan BLAST dari sequens gen gag-ca hasil kloning pada vector pcDNA3.1 yang dibandingkan dengan sequens gen gag-ca dari beberapa strain lain, untuk mengetahui tingkat konservasi antara gen hasil kloning yang telah terjadi mutasi dengan gen dari beberapa strain lain. Tingkat konservasi yang tinggi menunjukkan bahwa, mutasi pada gen tersebut tidak berpengaruh besar terhadap protein yang disintesis, serta memungkinkan dilakukan desain probe dari gen gag-ca tersebut. Kata Kunci: Jembrana disease virus, gen gag-ca, probe JC2