| Summary: | Sapi PO merupakan salah salah satu sapipotong lokal yang memiliki keragaman genetik yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman genetik sapi PO di peternakan rakyat yang didasarkan pada penanda morfologi dan penanda molekuler. Penelitian ini dilakukan di sentra peternakan rakyat meliputi sentra pembibitan di Jawa Timur dan Jawa Tengah (Kabupaten Tuban, Lamongan dan Blora) mulai dari Juni sampai Desember 2008. Materi yang digunakan adalah sapi PO jantan umur 18 sampai 24 bulan dan betina umur 24 sampai 36 bulan atauyang sudah pernah melahirkan satu kali, sebanyak 30 ekor per lokasi. Variabel yang diamati adalahkarakteristik kuantitatif meliputi bobot hidup, panjang badan, tinggi gumba, tinggi pinggul, lebar dada, lingkar dada, dalam dada, lingkar canon bone, panjang kepala dan lebar kepala. Analisis data menggunakan statistik deskriptif, uji rataan antar populasi, analisis diskriminan dan analisis korelasi kanonik dan jarak mahalanobis dalam
bentuk phenogram menggunakan paket programSAS DISCRIM procedure. Koleksi sampel darah juga dilakukan untuk
memperoleh data polimorfisme DNA mikrosatelit dengan menggunakan teknologi PCR dan elektroforesis menggunakan 6
macam primer mikrosatelit. Variabel yang diamati meliputi jumlah dan ukuran alel, frekuensi alel, rataan heterozigositas, jarak genetik dan indeks fiksasi (F-Stat). Analisis data menggunakan program Mikrosat Toolkit, GENEPOPV4, MSA (Microsatellite Analyser) dan Mega 4. Hasil penelitian menunjukkan bahwa subpopulasi Blora dan Tuban memiliki keragaman yang relatif rendah bila dibandingkan dengan Lamongan. Jarak genetik terdekat ditampilkan oleh subpopulasi Tuban dengan Blora dan terjauh ditampilkan subpopulasi Lamongandengan Tuban. Hasil analisis kanonik menunjukkan korelasi relatif tinggi pada variabel lebar
dada, lebar kepala, panjang badan, tinggi gumba dan tinggi pinggul sehingga kelima variabel ini bisa digunakan sebagai peubah pembeda antar subpopulasi. Hasil analisis molekuler menunjukkan bahwa keragaman genetik tertinggi ditampilkan oleh subpopulasi Lamongan sedangkan frekuensi alel sangat bervariasi dan tertinggi dihasilkan oleh lokus HEL9 pada subpopulasi Tuban sehingga lokus ini bersifat polimorfik yang tinggi. Jarak genetik terdekatditampilkan oleh subpopulasi Tuban dengan Blora dan terjauh ditampilkan oleh subpopulasi Lamongan dengan Tuban. Diferensiasigenetik antar subpopulasi ditunjukkan oleh perbedaan nilai FST antar ke enam lokus yang merupakan indikasi meningkatnya inbreedingpada ketiga subpopulasi.
Kata kunci: Keragaman Morfologi, Diferensiasi Genetik, Sapi PO
|
|---|