HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA

<p>Bioinformatika merupakan salah satu cabang ilmu pengetahuan yang menerapkan teknologi informasi untuk mengolah dan menganalisis data-data biologi berupa sekuen nukleotida, protein maupun database lainnya. Pada penelitian ini, bioinformatika digunakan dalam menganalisis sekuen nukleotida coa...

Full description

Bibliographic Details
Main Author:	, Budi Setiadi Daryono, Utari Saraswati
Format:	Article
Published:	[Yogyakarta] : UIN Maulana Malik Ibrahim 2009

_version_	1797031692116951040
author	, Budi Setiadi Daryono, Utari Saraswati
author_facet	, Budi Setiadi Daryono, Utari Saraswati
author_sort	, Budi Setiadi Daryono, Utari Saraswati
collection	UGM
description	<p>Bioinformatika merupakan salah satu cabang ilmu pengetahuan yang menerapkan teknologi informasi untuk mengolah dan menganalisis data-data biologi berupa sekuen nukleotida, protein maupun database lainnya. Pada penelitian ini, bioinformatika digunakan dalam menganalisis sekuen nukleotida coat protein (cp) gene pada berbagai isolat Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV). CGMMV adalah salah satu virus anggota genus Tobamovirus yang dapat menginfeksi tanaman anggota famili Cucurbitaceae. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan cp gene antara berbagai isolat CGMMV tersebut menggunakan bioinformatika.<br /> Penelitian ini menggunakan metode browsing pada GenBank dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI) dan analisis data menggunakan software BLAST dalam situs DNA Data Bank of Japan (DDBJ), serta Align dan ClustalW dalam situs European Bioinformatics Institute (EBI) secara online. Data biologi yang dianalisis adalah sekuen nukleotida cp gene dari 13 isolat CGMMV dan satu isolat Kyuri green mottle mosaic virus (KGMMV) sebagai outgroup.<br /> Hasil analisis data menunjukkan bahwa dua pasang isolat CGMMV, yaitu CGMMV- Zucchini dan CGMMV-China serta CGMMV-LHP dan CGMMV-NS, memiliki indeks similaritas tertinggi (100%). Sedangkan indeks similaritas terendah (90.9%) dimiliki oleh pasangan isolat CGMMV-Rajasthan dan CGMMV-GR5. Berdasarkan indeks similaritas tersebut, diperoleh hubungan kekerabatan antara 13 isolat CGMMV yang dapat dikelompokkan menjadi tiga grup, yaitu grup Asia Timur, Asia Selatan dan Eropa.</p>
first_indexed	2024-03-13T22:25:54Z
format	Article
id	oai:generic.eprints.org:95475
institution	Universiti Gadjah Mada
last_indexed	2024-03-13T22:25:54Z
publishDate	2009
publisher	[Yogyakarta] : UIN Maulana Malik Ibrahim
record_format	dspace
spelling	oai:generic.eprints.org:954752014-11-28T07:35:19Z https://repository.ugm.ac.id/95475/ HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA , Budi Setiadi Daryono, Utari Saraswati <p>Bioinformatika merupakan salah satu cabang ilmu pengetahuan yang menerapkan teknologi informasi untuk mengolah dan menganalisis data-data biologi berupa sekuen nukleotida, protein maupun database lainnya. Pada penelitian ini, bioinformatika digunakan dalam menganalisis sekuen nukleotida coat protein (cp) gene pada berbagai isolat Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV). CGMMV adalah salah satu virus anggota genus Tobamovirus yang dapat menginfeksi tanaman anggota famili Cucurbitaceae. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan cp gene antara berbagai isolat CGMMV tersebut menggunakan bioinformatika.<br /> Penelitian ini menggunakan metode browsing pada GenBank dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI) dan analisis data menggunakan software BLAST dalam situs DNA Data Bank of Japan (DDBJ), serta Align dan ClustalW dalam situs European Bioinformatics Institute (EBI) secara online. Data biologi yang dianalisis adalah sekuen nukleotida cp gene dari 13 isolat CGMMV dan satu isolat Kyuri green mottle mosaic virus (KGMMV) sebagai outgroup.<br /> Hasil analisis data menunjukkan bahwa dua pasang isolat CGMMV, yaitu CGMMV- Zucchini dan CGMMV-China serta CGMMV-LHP dan CGMMV-NS, memiliki indeks similaritas tertinggi (100%). Sedangkan indeks similaritas terendah (90.9%) dimiliki oleh pasangan isolat CGMMV-Rajasthan dan CGMMV-GR5. Berdasarkan indeks similaritas tersebut, diperoleh hubungan kekerabatan antara 13 isolat CGMMV yang dapat dikelompokkan menjadi tiga grup, yaitu grup Asia Timur, Asia Selatan dan Eropa.</p> [Yogyakarta] : UIN Maulana Malik Ibrahim 2009 Article NonPeerReviewed , Budi Setiadi Daryono, Utari Saraswati (2009) HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA. text. http://repository.ugm.ac.id/digitasi/index.php?module=cari_hasil_full&idbuku=3293
spellingShingle	, Budi Setiadi Daryono, Utari Saraswati HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA
title	HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA
title_full	HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA
title_fullStr	HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA
title_full_unstemmed	HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA
title_short	HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA
title_sort	hubungan kekerabatan cucumber green mottle mosaic virus cgmmv berdasarkan kesamaan sekuen coat protein gene menggunakan bioinformatika
work_keys_str_mv	AT budisetiadidaryonoutarisaraswati hubungankekerabatancucumbergreenmottlemosaicviruscgmmvberdasarkankesamaansekuencoatproteingenemenggunakanbioinformatika

HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA

Similar Items