Learning to quantify uncertainty in off-target activity for CRISPR guide RNAs

Learning to quantify uncertainty in off-target activity for CRISPR guide RNAs

CRISPR-based genome editing technologies have revolutionised the field of molecular biology, offering unprecedented opportunities for precise genetic manipulation. However, off-target effects remain a significant challenge, potentially leading to unintended consequences and limiting the applicabilit...

Podrobná bibliografie
Hlavní autoři:	Ozden, F, Minary, P
Médium:	Journal article
Jazyk:	English
Vydáno:	Oxford University Press 2024

Podobné jednotky

CRISPR-DBA: a deep learning framework for uncertainty quantification of CRISPR off-target activities
Autor: Cao, X, a další
Vydáno: (2024)

crisprSQL: a novel database platform for CRISPR/Cas off-target cleavage assays
Autor: Störtz, F, a další
Vydáno: (2020)

piCRISPR: physically informed deep learning models for CRISPR/Cas9 off-target cleavage prediction
Autor: Störtz, F, a další
Vydáno: (2023)

Comprehensive computational analysis of epigenetic descriptors affecting CRISPR-Cas9 off-target activity
Autor: Mak, JK, a další
Vydáno: (2022)

piCRISPR: Physically informed deep learning models for CRISPR/Cas9 off-target cleavage prediction
Autor: Florian Störtz, a další
Vydáno: (2023-12-01)

Comprehensive computational analysis of epigenetic descriptors affecting CRISPR-Cas9 off-target activity
Autor: Jeffrey K. Mak, a další
Vydáno: (2022-12-01)

CRISPR‐Net: A Recurrent Convolutional Network Quantifies CRISPR Off‐Target Activities with Mismatches and Indels
Autor: Jiecong Lin, a další
Vydáno: (2020-07-01)

CRISPR GUARD protects off-target sites from Cas9 nuclease activity using short guide RNAs
Autor: Matthew A. Coelho, a další
Vydáno: (2020-08-01)

Computational detection of off-target effects of CRISPR/Cas9-associated gRNAs
Autor: W. Dampier, a další
Vydáno: (2015-12-01)

Quantifying uncertainty and trade-offs in resilience assessments
Autor: Craig R. Allen, a další
Vydáno: (2018-03-01)

Polyvalent guide RNAs for CRISPR antivirals
Autor: Rammyani Bagchi, a další
Vydáno: (2022-11-01)

CRISPR nuclease off-target activity and mitigation strategies
Autor: Beeke Wienert, a další
Vydáno: (2022-11-01)

Noodles, the all-in-one system for on-target efficiency analysis of CRISPR guide RNAs
Autor: Dongfa Lin, a další
Vydáno: (2024-06-01)

DL-CRISPR : a deep learning method for off-target activity prediction in CRISPR/Cas9 with data augmentation
Autor: Zhang, Yu, a další
Vydáno: (2021)

DL-CRISPR: A Deep Learning Method for Off-Target Activity Prediction in CRISPR/Cas9 With Data Augmentation
Autor: Yu Zhang, a další
Vydáno: (2020-01-01)

Corrigendum: CRISPR nuclease off-target activity and mitigation strategies
Autor: Beeke Wienert, a další
Vydáno: (2023-01-01)

Ares-GT: Design of guide RNAs targeting multiple genes for CRISPR-Cas experiments.
Autor: Eugenio Gómez Minguet
Vydáno: (2020-01-01)

Tissue-specific modulation of CRISPR activity by miRNA-sensing guide RNAs
Autor: Garcia-Guerra, A, a další
Vydáno: (2025)

Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes.
Autor: Brouns, S, a další
Vydáno: (2008)

Chemically modified guide RNAs to expand CRISPR functionality
Autor: Taemaitree, L
Vydáno: (2018)

Massively targeted evaluation of therapeutic CRISPR off-targets in cells
Autor: Xiaoguang Pan, a další
Vydáno: (2022-07-01)

Achieving Plant CRISPR Targeting that Limits Off-Target Effects
Autor: Jeffrey D. Wolt, a další
Vydáno: (2016-11-01)

Impact of predictive selection of LbCas12a CRISPR RNAs upon on‐ and off‐target editing rates in soybean
Autor: Linda Rymarquis, a další
Vydáno: (2024-08-01)

Efficient deletion of microRNAs using CRISPR/Cas9 with dual guide RNAs
Autor: Smitha Ijee, a další
Vydáno: (2024-04-01)

Guide RNAs with embedded barcodes boost CRISPR-pooled screens
Autor: Shiyou Zhu, a další
Vydáno: (2019-01-01)

Scalable Design of Paired CRISPR Guide RNAs for Genomic Deletion.
Autor: Carlos Pulido-Quetglas, a další
Vydáno: (2017-03-01)

A systematic screening assay identifies efficient small guide RNAs for CRISPR activation
Autor: Elin Arvidsson, a další
Vydáno: (2025-01-01)

Selection of extended CRISPR RNAs with enhanced targeting and specificity
Autor: Ashley Herring-Nicholas, a další
Vydáno: (2024-01-01)

CRISPR-TE: a web-based tool to generate single guide RNAs targeting transposable elements
Autor: Yixin Guo, a další
Vydáno: (2024-02-01)

Modeling CRISPR-Cas13d on-target and off-target effects using machine learning approaches
Autor: Xiaolong Cheng, a další
Vydáno: (2023-02-01)

OffScan: a universal and fast CRISPR off-target sites detection tool
Autor: Yingbo Cui, a další
Vydáno: (2020-03-01)

Off-target effects in CRISPR/Cas9 gene editing
Autor: Congting Guo, a další
Vydáno: (2023-03-01)

Hybridization Kinetics Explains CRISPR-Cas Off-Targeting Rules
Autor: Misha Klein, a další
Vydáno: (2018-02-01)

Improved HTGTS for CRISPR/Cas9 Off-target Detection
Autor: Jianhang Yin, a další
Vydáno: (2019-05-01)

Machine Learning-Driven Prediction of CRISPR-Cas9 Off-Target Effects and Mechanistic Insights
Autor: Bhardwaj Anuradha, a další
Vydáno: (2024-10-01)

Improved Machine Learning-Based Model for the Classification of Off-Targets in the CRISPR/Cpf1 System
Autor: Pragya Kesarwani, a další
Vydáno: (2023-11-01)

CRISPR/Cas9-based gene targeting using synthetic guide RNAs enables robust cell biological analyses
Autor: Su, Kuan-Chung, a další
Vydáno: (2020)

CRISPRseek: A Bioconductor Package to Identify Target-Specific Guide RNAs for CRISPR-Cas9 Genome-Editing Systems
Autor: Zhu, Lihua J., a další
Vydáno: (2014)

CRISPR‐TAPE: protein‐centric CRISPR guide design for targeted proteome engineering
Autor: Daniel Paolo Anderson, a další
Vydáno: (2020-06-01)

Quantified uncertainties in fission yields from machine learning
Autor: Lovell A.E., a další
Vydáno: (2020-01-01)