High precision Neisseria gonorrhoeae variant and antimicrobial resistance calling from metagenomic Nanopore sequencing

High precision Neisseria gonorrhoeae variant and antimicrobial resistance calling from metagenomic Nanopore sequencing

The rise of antimicrobial-resistant Neisseria gonorrhoeae is a significant public health concern. Against this background, rapid culture-independent diagnostics may allow targeted treatment and prevent onward transmission. We have previously shown metagenomic sequencing of urine samples from men wit...

সম্পূর্ণ বিবরণ

গ্রন্থ-পঞ্জীর বিবরন
প্রধান লেখক:	Sanderson, ND, Swann, J, Barker, L, Kavanagh, J, Hoosdally, S, Crook, D, GonFast Investigators Group, Street, TL, Eyre, DW
বিন্যাস:	Journal article
ভাষা:	English
প্রকাশিত:	Cold Spring Harbor Laboratory Press 2020

অনুরূপ উপাদানগুলি

Optimizing DNA extraction methods for Nanopore sequencing of Neisseria gonorrhoeae direct from urine samples
অনুযায়ী: Street, TL, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Real-time analysis of nanopore-based metagenomic sequencing from infected orthopaedic devices
অনুযায়ী: Sanderson, N, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2018)

Metagenomic sequencing as a pathogen-agnostic clinical diagnostic tool for infectious diseases: a systematic review and meta-analysis of diagnostic test accuracy studies
অনুযায়ী: Govender, KN, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

WGS to predict antibiotic MICs for Neisseria gonorrhoeae
অনুযায়ী: Eyre, D, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017)

WGS to predict antibiotic MICs for Neisseria gonorrhoeae
অনুযায়ী: Eyre, D, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017)

Gonorrhoea treatment failure caused by a Neisseria gonorrhoeae strain with combined ceftriaxone and high-level azithromycin resistance, England, February 2018
অনুযায়ী: Eyre, D, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2018)

RNA polymerase mutations cause cephalosporin resistance in clinical Neisseria gonorrhoeae isolates
অনুযায়ী: Palace, SG, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Utility of whole genome sequencing in assessing and enhancing partner notification of Neisseria gonorrhoeae infection
অনুযায়ী: Kong, LY, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Ethnically diverse urban transmission networks of Neisseria gonorrhoeae without evidence of HIV serosorting
অনুযায়ী: Dave, J, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Antimicrobial resistance prediction and phylogenetic analysis of Neisseria gonorrhoeae isolates using the Oxford Nanopore MinION sequencer
অনুযায়ী: Golparian, D, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2018)

Whole-genome sequencing to determine Neisseria gonorrhoeae transmission: an observational study
অনুযায়ী: De Silva, D, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2016)

Whole-genome sequencing to determine transmission of Neisseria gonorrhoeae: an observational study
অনুযায়ী: De Silva, D, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2016)

Understanding mechanisms of pathogenesis and resistance in Neisseria gonorrhoeae
অনুযায়ী: Yee, WX
প্রকাশিত: (2022)

Metagenomic Nanopore sequencing of influenza virus direct from clinical respiratory samples
অনুযায়ী: Lewandowski, K, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Structural and biochemical investigations into the Neisseria gonorrhoeae ribonucleotide reductase
অনুযায়ী: Levitz, Talya S.
প্রকাশিত: (2023)

Mobile genetic elements in Neisseria gonorrhoeae: movement for change
অনুযায়ী: Cehovin, A, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017)

Antibiotic susceptibility of Neisseria gonorrhoeae in Vientiane, Lao PDR
অনুযায়ী: Phouangsouvanh, S, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017)

Tackling immunosuppression by Neisseria gonorrhoeae to facilitate vaccine design
অনুযায়ী: Jones, RA, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024)

Detection in the United Kingdom of the Neisseria gonorrhoeae FC428 clone, with ceftriaxone resistance and intermediate resistance to azithromycin, October to December 2018
অনুযায়ী: Eyre, D, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Optimised use of Oxford nanopore flowcells for hybrid assemblies
অনুযায়ী: Lipworth, S, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Equations to predict antimicrobial minimum inhibitory concentrations in Neisseria gonorrhoeae using molecular antimicrobial resistance determinants
অনুযায়ী: Demczuk, W, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

High prevalence of quinolone resistance in Neisseria gonorrhoeae in coastal Kenya.
অনুযায়ী: Duncan, S, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2011)

Using genomics to understand antimicrobial resistance and transmission in Neisseria gonorrhoeae
অনুযায়ী: Sanchez-Buso, L, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes and mutations in Neisseria gonorrhoeae
অনুযায়ী: Yahara, K, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Neisseria gonorrhoeae FC428 Subclone, Vietnam, 2019-2020
অনুযায়ী: Trinh, TM, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022)

High prevalence of quinolone resistance in Neisseria gonorrhoeae in coastal Kenya
অনুযায়ী: Duncan, S, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2011)

Prevalence of Neisseria gonorrhoeae infection in young women in South London.
অনুযায়ী: Aghaizu, A, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2008)

Recent advances in understanding and combatting Neisseria gonorrhoeae: a genomic perspective
অনুযায়ী: Harrison, OB, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Whole genome sequencing of Neisseria gonorrhoeae reveals transmission clusters involving patients of mixed HIV-serostatus
অনুযায়ী: Peters, J, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2017)

Nanopore metagenomic sequencing of influenza virus directly from respiratory samples: diagnosis, drug resistance and nosocomial transmission, United Kingdom, 2018/19 influenza season
অনুযায়ী: Xu, Y, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Strain-specific differences in Neisseria gonorrhoeae associated with the phase variable gene repertoire
অনুযায়ী: Jordan, P, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2005)

Identification of novel Neisseria gonorrhoeae lineages harbouring resistance plasmids in coastal Kenya
অনুযায়ী: Cehovin, A, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2018)

Genetic variation regulates the activation and specificity of restriction-modification systems in Neisseria gonorrhoeae
অনুযায়ী: Sánchez-Busó, L, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Plasmids in Neisseria gonorrhoeae are associated with distinct lineages and economic status of their country of origin
অনুযায়ী: Cehovin, A, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Strain-specific differences in Neisseria gonorrhoeae associated with the phase variable gene repertoire.
অনুযায়ী: Jordan, P, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2005)

Association of Neisseria gonorrhoeae plasmids with distinct lineages and the economic status of their country of origin
অনুযায়ী: Cehovin, A, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Lactate acquisition promotes successful colonization of the murine genital tract by Neisseria gonorrhoeae.
অনুযায়ী: Exley, R, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2007)

Comparison of the RpoH-dependent regulon and general stress response in Neisseria gonorrhoeae.
অনুযায়ী: Gunesekere, I, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2006)

Exploring population structure, antibiotic resistance and horizontal gene transfer in Neisseria gonorrhoeae
অনুযায়ী: Unitt, A
প্রকাশিত: (2024)

The Neisseria gonorrhoeae accessory genome and its association with the core genome and antimicrobial resistance
অনুযায়ী: de Korne-Elenbaas, J, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022)