Algorithm implementation for CNV discovery using Affymetrix and Illumina SNP array data.

Algorithm implementation for CNV discovery using Affymetrix and Illumina SNP array data.

SNP array data can be analysed for the purpose of calling SNP alleles but also for determining the absolute copy number of a certain genomic segment. Here, the method for detecting copy number (CN) change using intensity data from SNP arrays is focused on. Methods incorporating data from the two mai...

Detaylı Bibliyografya
Asıl Yazarlar:	Winchester, L, Ragoussis, J
Materyal Türü:	Journal article
Dil:	English
Baskı/Yayın Bilgisi:	2012

Benzer Materyaller

Comparing CNV detection methods for SNP arrays.
Yazar:: Winchester, L, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

CNV discovery using SNP genotyping arrays.
Yazar:: Yau, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Detection, breakpoint identification and detailed characterisation of a CNV at the FRA16D site using SNP assays.
Yazar:: Winchester, L, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Hybridization and amplification rate correction for affymetrix SNP arrays
Yazar:: Wang Quan, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012-06-01)

Whole genome sequencing of simmental cattle for SNP and CNV discovery
Yazar:: Ting Sun, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-04-01)

Effect of Combining Multiple CNV Defining Algorithms on the Reliability of CNV Calls from SNP Genotyping Data
Yazar:: Soon-Young Kim, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012-09-01)

Hidden Markov Model-Based CNV Detection Algorithms for Illumina Genotyping Microarrays
Yazar:: Eric L. Seiser, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015-01-01)

Hidden Markov Model-Based CNV Detection Algorithms for Illumina Genotyping Microarrays
Yazar:: Eric L. Seiser, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014-01-01)

Discovery and mapping of single feature polymorphisms in wheat using Affymetrix arrays
Yazar:: Hu Shengwa, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009-05-01)

MethylToSNP: identifying SNPs in Illumina DNA methylation array data
Yazar:: Brenna A. LaBarre, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-12-01)

OPTIMIZATION OF PLASMA CELL ENRICHMENT FOR CNV DETECTION BY SNP ARRAY AND MLPA
Yazar:: MIHAIELA LOREDANA DRAGOS, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022-06-01)

OpenADAM: an open source genome-wide association data management system for Affymetrix SNP arrays
Yazar:: Sham P C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008-12-01)

Spatial normalization improves the quality of genotype calling for Affymetrix SNP 6.0 arrays
Yazar:: Bailey Kent R, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010-06-01)

Evaluating the performance of Affymetrix SNP Array 6.0 platform with 400 Japanese individuals
Yazar:: Uehara Yasuka, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008-09-01)

Affymetrix Genome-wide Human SNP Assay
Yazar:: Alexis Bosman
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016-05-01)

Whole genome resequencing of black Angus and Holstein cattle for SNP and CNV discovery
Yazar:: Stothard Paul, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011-11-01)

Software comparison for evaluating genomic copy number variation for Affymetrix 6.0 SNP array platform
Yazar:: Kardia Sharon LR, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011-05-01)

A Hidden Markov Model to estimate population mixture and allelic copy-numbers in cancers using Affymetrix SNP arrays
Yazar:: Torring Niels, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007-11-01)

nuID: a universal naming scheme of oligonucleotides for Illumina, Affymetrix, and other microarrays
Yazar:: Kibbe Warren A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007-05-01)

Direct integration of intensity-level data from Affymetrix and Illumina microarrays improves statistical power for robust reanalysis
Yazar:: Turnbull Arran K, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012-08-01)

Relative impact of key sources of systematic noise in Affymetrix and Illumina gene-expression microarray experiments
Yazar:: Kitchen Robert R, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011-12-01)

On the necessity of different statistical treatment for Illumina BeadChip and Affymetrix GeneChip data and its significance for biological interpretation
Yazar:: Eisenhaber Frank, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008-06-01)

A Single-Array-Based Method for Detecting Copy Number Variants Using Affymetrix High Density SNP Arrays and its Application to Breast Cancer
Yazar:: Ming Li, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014-01-01)

Performance of the Illumina GGP Bovine 100K SNP array for buffalo populations genotyping in Colombia
Yazar:: William Burgos-Paz, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-11-01)

Affymetrix GeneChip system: moving from research to the clinic.
Yazar:: Ragoussis, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2006)

Comprehensive analysis of affymetrix exon arrays using BioConductor.
Yazar:: Michał J Okoniewski, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008-02-01)

A comparison of Affymetrix gene expression arrays
Yazar:: Robinson Mark D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007-11-01)

SNiPer: Improved SNP genotype calling for Affymetrix 10K GeneChip microarray data
Yazar:: Pearson John V, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005-10-01)

Cross-Species Application of Illumina iScan Microarrays for Cost-Effective, High-Throughput SNP Discovery
Yazar:: Emily D. Fountain, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021-05-01)

Comparing genotyping algorithms for Illumina's Infinium whole-genome SNP BeadChips
Yazar:: Carvalho Benilton S, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011-03-01)

Exon array data analysis using affymetrix power tools and R statistical software
Yazar:: Lockstone, H
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Improvements to previous algorithms to predict gene structure and isoform concentrations using Affymetrix Exon arrays
Yazar:: Aramburu Ander, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010-11-01)

GStream: improving SNP and CNV coverage on genome-wide association studies.
Yazar:: Arnald Alonso, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013-01-01)

Gene expression and isoform variation analysis using Affymetrix exon arrays
Yazar:: Kwan Tony, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009-03-01)

Gene Expression and Isoform Variation Analysis using Affymetrix Exon Arrays
Yazar:: Kwan Tony, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008-11-01)

Starr: Simple Tiling ARRay analysis of Affymetrix ChIP-chip data
Yazar:: Tresch Achim, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010-04-01)

Coverage and characteristics of the Affymetrix GeneChip Human Mapping 100K SNP set.
Baskı/Yayın Bilgisi: (2006-05-01)

High correspondence between Affymetrix exon and standard expression arrays
Yazar:: Michał J. Okoniewski, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007-02-01)

Steps to ensure accuracy in genotype and SNP calling from Illumina sequencing data
Yazar:: Liu Qi, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012-12-01)

Genome-wide CNV analysis replicates the association between <it>GSTM1</it> deletion and bladder cancer: a support for using continuous measurement from SNP-array data
Yazar:: Marenne Gaëlle, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012-07-01)