Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach.

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach.

BACKGROUND: Two problems complicate the study of selection in viral genomes: Firstly, the presence of genes in overlapping reading frames implies that selection in one reading frame can bias our estimates of neutral mutation rates in another reading frame. Secondly, the high mutation rates we are li...

Bibliografiset tiedot
Päätekijät:	de Groot, S, Mailund, T, Lunter, G, Hein, J
Aineistotyyppi:	Journal article
Kieli:	English
Julkaistu:	BioMed Central 2008

Samankaltaisia teoksia

An efficient algorithm for statistical multiple alignment on arbitrary phylogenetic trees.
Tekijä: Lunter, G, et al.
Julkaistu: (2003)

Annotation of selection strengths in viral genomes.
Tekijä: McCauley, S, et al.
Julkaistu: (2007)

Genome-wide functional element detection using pairwise statistical alignment outperforms multiple genome footprinting techniques.
Tekijä: Satija, R, et al.
Julkaistu: (2010)

Comparative annotation of viral genomes with non-conserved gene structure.
Tekijä: de Groot, S, et al.
Julkaistu: (2007)

A simulation-based approach to statistical alignment
Tekijä: Levy Karin, E, et al.
Julkaistu: (2018)

Recursions for statistical multiple alignment.
Tekijä: Hein, J, et al.
Julkaistu: (2003)

Gibbs sampler for statistical multiple alignment
Tekijä: Jensen, J, et al.
Julkaistu: (2005)

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment
Tekijä: Lunter, G, et al.
Julkaistu: (2005)

An algorithm for statistical alignment of sequences related by a binary tree.
Tekijä: Hein, J
Julkaistu: (2001)

Uncertainty in homology inferences: assessing and improving genomic sequence alignment.
Tekijä: Lunter, G, et al.
Julkaistu: (2008)

Combining statistical alignment and phylogenetic footprinting to detect regulatory elements.
Tekijä: Satija, R, et al.
Julkaistu: (2008)

Statistical alignment: computational properties, homology testing and goodness-of-fit.
Tekijä: Hein, J, et al.
Julkaistu: (2000)

StatAlign 2.0: combining statistical alignment with RNA secondary structure prediction.
Tekijä: Arunapuram, P, et al.
Julkaistu: (2013)

Bayesian phylogenetic inference under a statistical insertion-deletion model
Tekijä: Lunter, G, et al.
Julkaistu: (2003)

Estimating divergence time and ancestral effective population size of Bornean and Sumatran orangutan subspecies using a coalescent hidden Markov model.
Tekijä: Mailund, T, et al.
Julkaistu: (2011)

Probabilistic whole-genome alignments reveal high indel rates in the human and mouse genomes.
Tekijä: Lunter, G
Julkaistu: (2007)

A "long indel" model for evolutionary sequence alignment
Tekijä: Miklos, I, et al.
Julkaistu: (2004)

A "Long Indel" model for evolutionary sequence alignment.
Tekijä: Miklós, I, et al.
Julkaistu: (2004)

The Alignment Template Approach to Statistical Machine Translation
Tekijä: Franz Josef Och, et al.
Julkaistu: (2021-03-01)

Phylogenetic automata, pruning, and multiple alignment
Tekijä: Westesson, O, et al.
Julkaistu: (2011)

Improving alignment in Tract-based spatial statistics: evaluation and optimization of image registration.
Tekijä: de Groot, M, et al.
Julkaistu: (2013)

A nucleotide substitution model with nearest-neighbour interactions.
Tekijä: Lunter, G, et al.
Julkaistu: (2004)

Approximate statistics of gapped alignments.
Tekijä: Mott, R, et al.
Julkaistu: (1999)

Statistical problems in transport and alignment
Tekijä: Weed, Jonathan Daniel.
Julkaistu: (2019)

Reticular alignment: a progressive corner-cutting method for multiple sequence alignment.
Tekijä: Szabó, A, et al.
Julkaistu: (2010)

Dynamics based alignment of proteins: an alternative approach to quantify dynamic similarity.
Tekijä: Münz, M, et al.
Julkaistu: (2010)

Stampy: a statistical algorithm for sensitive and fast mapping of Illumina sequence reads.
Tekijä: Lunter, G, et al.
Julkaistu: (2011)

Genome-wide identification of human functional DNA using a neutral indel model
Tekijä: Lunter, G, et al.
Julkaistu: (2006)

Gaussian alignments in statistical translation models
Tekijä: Mohammad, Ali (Ali H.)
Julkaistu: (2007)

StatAlign: an extendable software package for joint Bayesian estimation of alignments and evolutionary trees.
Tekijä: Novák, A, et al.
Julkaistu: (2008)

Statistical analysis of natural selection in RNA virus populations
Tekijä: Bhatt, S
Julkaistu: (2010)

On recombination-induced multiple and simultaneous coalescent events.
Tekijä: Davies, J, et al.
Julkaistu: (2007)

Alignment-free sequence comparison (I): statistics and power.
Tekijä: Reinert, G, et al.
Julkaistu: (2009)

Using biological networks to search for interacting loci in genome-wide association studies.
Tekijä: Emily, M, et al.
Julkaistu: (2009)

Aligning humanitarian surveys with international statistical standards
Tekijä: Schmieding, F
Julkaistu: (2021)

Statistics for Bioinformatics : Methods for Multiple Sequence Alignment /
Tekijä: Julie, Thompson
Julkaistu: (2016)

A Systematic Comparison of Various Statistical Alignment Models
Tekijä: Franz Josef Och, et al.
Julkaistu: (2021-03-01)

Detecting outliers in segmented genomes of flu virus using an alignment-free approach
Tekijä: Mosaab Daoud
Julkaistu: (2020-03-01)

GeneRecon--a coalescent based tool for fine-scale association mapping.
Tekijä: Mailund, T, et al.
Julkaistu: (2006)

Accurate reconstruction of insertion-deletion histories by statistical phylogenetics.
Tekijä: Westesson, O, et al.
Julkaistu: (2012)