Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach.

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach.

BACKGROUND: Two problems complicate the study of selection in viral genomes: Firstly, the presence of genes in overlapping reading frames implies that selection in one reading frame can bias our estimates of neutral mutation rates in another reading frame. Secondly, the high mutation rates we are li...

Detaylı Bibliyografya
Asıl Yazarlar:	de Groot, S, Mailund, T, Lunter, G, Hein, J
Materyal Türü:	Journal article
Dil:	English
Baskı/Yayın Bilgisi:	BioMed Central 2008

Benzer Materyaller

An efficient algorithm for statistical multiple alignment on arbitrary phylogenetic trees.
Yazar:: Lunter, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Annotation of selection strengths in viral genomes.
Yazar:: McCauley, S, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

Genome-wide functional element detection using pairwise statistical alignment outperforms multiple genome footprinting techniques.
Yazar:: Satija, R, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Comparative annotation of viral genomes with non-conserved gene structure.
Yazar:: de Groot, S, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

A simulation-based approach to statistical alignment
Yazar:: Levy Karin, E, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018)

Recursions for statistical multiple alignment.
Yazar:: Hein, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Gibbs sampler for statistical multiple alignment
Yazar:: Jensen, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment
Yazar:: Lunter, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

An algorithm for statistical alignment of sequences related by a binary tree.
Yazar:: Hein, J
Baskı/Yayın Bilgisi: (2001)

Uncertainty in homology inferences: assessing and improving genomic sequence alignment.
Yazar:: Lunter, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Combining statistical alignment and phylogenetic footprinting to detect regulatory elements.
Yazar:: Satija, R, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Statistical alignment: computational properties, homology testing and goodness-of-fit.
Yazar:: Hein, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2000)

StatAlign 2.0: combining statistical alignment with RNA secondary structure prediction.
Yazar:: Arunapuram, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

Bayesian phylogenetic inference under a statistical insertion-deletion model
Yazar:: Lunter, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Estimating divergence time and ancestral effective population size of Bornean and Sumatran orangutan subspecies using a coalescent hidden Markov model.
Yazar:: Mailund, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Probabilistic whole-genome alignments reveal high indel rates in the human and mouse genomes.
Yazar:: Lunter, G
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

A "long indel" model for evolutionary sequence alignment
Yazar:: Miklos, I, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

A "Long Indel" model for evolutionary sequence alignment.
Yazar:: Miklós, I, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

The Alignment Template Approach to Statistical Machine Translation
Yazar:: Franz Josef Och, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021-03-01)

Phylogenetic automata, pruning, and multiple alignment
Yazar:: Westesson, O, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Improving alignment in Tract-based spatial statistics: evaluation and optimization of image registration.
Yazar:: de Groot, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

A nucleotide substitution model with nearest-neighbour interactions.
Yazar:: Lunter, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

Approximate statistics of gapped alignments.
Yazar:: Mott, R, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1999)

Statistical problems in transport and alignment
Yazar:: Weed, Jonathan Daniel.
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

Reticular alignment: a progressive corner-cutting method for multiple sequence alignment.
Yazar:: Szabó, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Dynamics based alignment of proteins: an alternative approach to quantify dynamic similarity.
Yazar:: Münz, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Stampy: a statistical algorithm for sensitive and fast mapping of Illumina sequence reads.
Yazar:: Lunter, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Genome-wide identification of human functional DNA using a neutral indel model
Yazar:: Lunter, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2006)

Gaussian alignments in statistical translation models
Yazar:: Mohammad, Ali (Ali H.)
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

StatAlign: an extendable software package for joint Bayesian estimation of alignments and evolutionary trees.
Yazar:: Novák, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Statistical analysis of natural selection in RNA virus populations
Yazar:: Bhatt, S
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

On recombination-induced multiple and simultaneous coalescent events.
Yazar:: Davies, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

Alignment-free sequence comparison (I): statistics and power.
Yazar:: Reinert, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

Using biological networks to search for interacting loci in genome-wide association studies.
Yazar:: Emily, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

Aligning humanitarian surveys with international statistical standards
Yazar:: Schmieding, F
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021)

Statistics for Bioinformatics : Methods for Multiple Sequence Alignment /
Yazar:: Julie, Thompson
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

A Systematic Comparison of Various Statistical Alignment Models
Yazar:: Franz Josef Och, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021-03-01)

Detecting outliers in segmented genomes of flu virus using an alignment-free approach
Yazar:: Mosaab Daoud
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-03-01)

GeneRecon--a coalescent based tool for fine-scale association mapping.
Yazar:: Mailund, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2006)

Accurate reconstruction of insertion-deletion histories by statistical phylogenetics.
Yazar:: Westesson, O, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)