Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach.

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach.

BACKGROUND: Two problems complicate the study of selection in viral genomes: Firstly, the presence of genes in overlapping reading frames implies that selection in one reading frame can bias our estimates of neutral mutation rates in another reading frame. Secondly, the high mutation rates we are li...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	de Groot, S, Mailund, T, Lunter, G, Hein, J
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	BioMed Central 2008

Những quyển sách tương tự

An efficient algorithm for statistical multiple alignment on arbitrary phylogenetic trees.
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2003)

Annotation of selection strengths in viral genomes.
Bằng: McCauley, S, et al.
Được phát hành: (2007)

Genome-wide functional element detection using pairwise statistical alignment outperforms multiple genome footprinting techniques.
Bằng: Satija, R, et al.
Được phát hành: (2010)

Comparative annotation of viral genomes with non-conserved gene structure.
Bằng: de Groot, S, et al.
Được phát hành: (2007)

A simulation-based approach to statistical alignment
Bằng: Levy Karin, E, et al.
Được phát hành: (2018)

Recursions for statistical multiple alignment.
Bằng: Hein, J, et al.
Được phát hành: (2003)

Gibbs sampler for statistical multiple alignment
Bằng: Jensen, J, et al.
Được phát hành: (2005)

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2005)

An algorithm for statistical alignment of sequences related by a binary tree.
Bằng: Hein, J
Được phát hành: (2001)

Uncertainty in homology inferences: assessing and improving genomic sequence alignment.
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2008)

Combining statistical alignment and phylogenetic footprinting to detect regulatory elements.
Bằng: Satija, R, et al.
Được phát hành: (2008)

Statistical alignment: computational properties, homology testing and goodness-of-fit.
Bằng: Hein, J, et al.
Được phát hành: (2000)

StatAlign 2.0: combining statistical alignment with RNA secondary structure prediction.
Bằng: Arunapuram, P, et al.
Được phát hành: (2013)

Bayesian phylogenetic inference under a statistical insertion-deletion model
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2003)

Estimating divergence time and ancestral effective population size of Bornean and Sumatran orangutan subspecies using a coalescent hidden Markov model.
Bằng: Mailund, T, et al.
Được phát hành: (2011)

Probabilistic whole-genome alignments reveal high indel rates in the human and mouse genomes.
Bằng: Lunter, G
Được phát hành: (2007)

A "long indel" model for evolutionary sequence alignment
Bằng: Miklos, I, et al.
Được phát hành: (2004)

A "Long Indel" model for evolutionary sequence alignment.
Bằng: Miklós, I, et al.
Được phát hành: (2004)

The Alignment Template Approach to Statistical Machine Translation
Bằng: Franz Josef Och, et al.
Được phát hành: (2021-03-01)

Phylogenetic automata, pruning, and multiple alignment
Bằng: Westesson, O, et al.
Được phát hành: (2011)

Improving alignment in Tract-based spatial statistics: evaluation and optimization of image registration.
Bằng: de Groot, M, et al.
Được phát hành: (2013)

A nucleotide substitution model with nearest-neighbour interactions.
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2004)

Approximate statistics of gapped alignments.
Bằng: Mott, R, et al.
Được phát hành: (1999)

Statistical problems in transport and alignment
Bằng: Weed, Jonathan Daniel.
Được phát hành: (2019)

Reticular alignment: a progressive corner-cutting method for multiple sequence alignment.
Bằng: Szabó, A, et al.
Được phát hành: (2010)

Dynamics based alignment of proteins: an alternative approach to quantify dynamic similarity.
Bằng: Münz, M, et al.
Được phát hành: (2010)

Stampy: a statistical algorithm for sensitive and fast mapping of Illumina sequence reads.
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2011)

Genome-wide identification of human functional DNA using a neutral indel model
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2006)

Gaussian alignments in statistical translation models
Bằng: Mohammad, Ali (Ali H.)
Được phát hành: (2007)

StatAlign: an extendable software package for joint Bayesian estimation of alignments and evolutionary trees.
Bằng: Novák, A, et al.
Được phát hành: (2008)

Statistical analysis of natural selection in RNA virus populations
Bằng: Bhatt, S
Được phát hành: (2010)

On recombination-induced multiple and simultaneous coalescent events.
Bằng: Davies, J, et al.
Được phát hành: (2007)

Alignment-free sequence comparison (I): statistics and power.
Bằng: Reinert, G, et al.
Được phát hành: (2009)

Using biological networks to search for interacting loci in genome-wide association studies.
Bằng: Emily, M, et al.
Được phát hành: (2009)

Aligning humanitarian surveys with international statistical standards
Bằng: Schmieding, F
Được phát hành: (2021)

Statistics for Bioinformatics : Methods for Multiple Sequence Alignment /
Bằng: Julie, Thompson
Được phát hành: (2016)

A Systematic Comparison of Various Statistical Alignment Models
Bằng: Franz Josef Och, et al.
Được phát hành: (2021-03-01)

Detecting outliers in segmented genomes of flu virus using an alignment-free approach
Bằng: Mosaab Daoud
Được phát hành: (2020-03-01)

GeneRecon--a coalescent based tool for fine-scale association mapping.
Bằng: Mailund, T, et al.
Được phát hành: (2006)

Accurate reconstruction of insertion-deletion histories by statistical phylogenetics.
Bằng: Westesson, O, et al.
Được phát hành: (2012)