exTREEmaTIME: a method for incorporating uncertainty into divergence time estimates

exTREEmaTIME: a method for incorporating uncertainty into divergence time estimates

We present a method of divergence time estimation (exTREEmaTIME) that aims to effectively account for uncertainty in divergence time estimates. The method requires a minimal set of assumptions, and, based on these assumptions, estimates the oldest possible divergence times and youngest possible dive...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Carruthers, T, Scotland, RW
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Company of Biologists 2022

Những quyển sách tương tự

Uncertainty in divergence time estimation
Bằng: Carruthers, T, et al.
Được phát hành: (2020)

The implications of interrelated assumptions on estimates of divergence times and rates of diversification
Bằng: Carruthers, T, et al.
Được phát hành: (2021)

The implications of lineage-specific rates for divergence time estimation
Bằng: Carruthers, T, et al.
Được phát hành: (2019)

Insights from empirical analyses and simulations on using multiple fossil calibrations with relaxed clocks to estimate divergence times
Bằng: Carruthers, T, et al.
Được phát hành: (2020)

Deconstructing age estimates for angiosperms
Bằng: Carruthers, T, et al.
Được phát hành: (2023)

Ignoring Fossil Age Uncertainty Leads to Inaccurate Topology and Divergence Time Estimates in Time Calibrated Tree Inference
Bằng: Joëlle Barido-Sottani, et al.
Được phát hành: (2020-06-01)

Heuristics, species, and the analysis of systematic data
Bằng: Wells, T, et al.
Được phát hành: (2022)

The limitations of DNA-based approaches to species delimitation cannot be overcome by expanded sampling
Bằng: Wells, T, et al.
Được phát hành: (2022)

A new computational method to estimate adaptation time in Avicennia by using divergence time
Bằng: Masoud Sheidai, et al.
Được phát hành: (2024-10-01)

Evolutionary biology: a new phylogenetic framework for an iconic plant radiation
Bằng: Carruthers, T, et al.
Được phát hành: (2020)

Estimating Divergence Times and Substitution Rates in Rhizobia
Bằng: Rim Chriki-Adeeb, et al.
Được phát hành: (2016-01-01)

How to Summarize Estimates of Ancestral Divergence Times
Bằng: David A. Morrison
Được phát hành: (2008-01-01)

Estimating Divergence Times and Substitution Rates in Rhizobia
Bằng: Rim Chriki-Adeeb, et al.
Được phát hành: (2016-05-01)

How to Summarize Estimates of Ancestral Divergence Times
Bằng: David A. Morrison
Được phát hành: (2008-01-01)

Incorporating cycle time uncertainty to improve railcar fleet sizing
Bằng: Jagatheesan, Jay, et al.
Được phát hành: (2012)

Molecular and morphological clocks for estimating evolutionary divergence times
Bằng: Jose Barba-Montoya, et al.
Được phát hành: (2021-05-01)

Molecular survey of basidiomycetes and divergence time estimation: An Indian perspective.
Bằng: Meghna Bhatt, et al.
Được phát hành: (2018-01-01)

The temporal dynamics of evolutionary diversification in Ipomoea
Bằng: Carruthers, T, et al.
Được phát hành: (2020)

Mitogenome of a cryptic species within Uropsilus and divergence time estimation
Bằng: Yu Xu, et al.
Được phát hành: (2017-12-01)

Phylogeny, Divergence Time Estimation and Biogeography of the Genus Onnia (Basidiomycota, Hymenochaetaceae)
Bằng: Heng Zhao, et al.
Được phát hành: (2022-07-01)

Population divergence time estimation using individual lineage label switching
Bằng: Peter Beerli, et al.
Được phát hành: (2022-02-01)

Rate variation and estimation of divergence times using strict and relaxed clocks
Bằng: Yang Ziheng, et al.
Được phát hành: (2011-09-01)

Estimation of divergences on time scales via the Green function and Fink’s identity
Bằng: Iqrar Ansari, et al.
Được phát hành: (2021-08-01)

Estimation of divergence measures via weighted Jensen inequality on time scales
Bằng: Iqrar Ansari, et al.
Được phát hành: (2021-05-01)

Molecular phylogeny and divergence time estimates in pennatulaceans (Cnidaria: Octocorallia: Pennatulacea)
Bằng: Francisco J. García-Cárdenas, et al.
Được phát hành: (2020-12-01)

Interval estimates of functionals in time-delay systems with uncertainty
Bằng: Yury V. Zaika
Được phát hành: (2003-01-01)

So many genes, so little time: A practical approach to divergence-time estimation in the genomic era.
Bằng: Stephen A Smith, et al.
Được phát hành: (2018-01-01)

Phylogeny and divergence time estimation of the subfamily Amphipsyllinae based on the Frontopsylla diqingensis mitogenome
Bằng: Ju Pu, et al.
Được phát hành: (2024-12-01)

Biogeography and divergence time estimates of woody bamboos: insights in the evolution of Neotropical bamboos
Bằng: Eduardo Ruiz-Sanchez
Được phát hành: (2011-06-01)

Divergence Time Estimation of Aloes and Allies (Xanthorrhoeaceae) Based on Three Marker Genes
Bằng: Zeinab Khodaei, et al.
Được phát hành: (2018-07-01)

Estimated Divergence Times of Lecanicillium in the Family Cordycipitaceae Provide Insights Into the Attribution of Lecanicillium
Bằng: Ye-Ming Zhou, et al.
Được phát hành: (2022-05-01)

Mitochondrial and nuclear phylogenetic trees and divergence time estimations of Sulawesi endemic Adrianichthyidae
Bằng: Daniel F. Mokodongan, et al.
Được phát hành: (2015-12-01)

Fossils matter: improved estimates of divergence times in Pinus reveal older diversification
Bằng: Bianca Saladin, et al.
Được phát hành: (2017-04-01)

Phylogeny and divergence time estimation of Io moths and relatives (Lepidoptera: Saturniidae: Automeris)
Bằng: Chelsea Skojec, et al.
Được phát hành: (2024-05-01)

H ∞ state estimation of continuous-time neural networks with uncertainties
Bằng: Aiting Li, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

Dead time effect on the Brewer measurements: correction and estimated uncertainties
Bằng: I. Fountoulakis, et al.
Được phát hành: (2016-04-01)

Approximate Likelihood Estimation of Divergence Time Range Using a Coalescent-based Model
Bằng: Arindam RoyChoudhury
Được phát hành: (2013-12-01)

Approximate Likelihood Estimation of Divergence Time Range Using a Coalescent-based Model
Bằng: Arindam RoyChoudhury
Được phát hành: (2013-01-01)

The research behind a taxonomic monograph: a case study from Ipomoea (Convolvulaceae)
Bằng: Muñoz-Rodríguez, P, et al.
Được phát hành: (2024)

Species as a heuristic: Reconciling theory and practice
Bằng: Wells, T, et al.
Được phát hành: (2021)