Probing the Structure and Dynamics of Proteins by Combining Molecular Dynamics Simulations and Experimental NMR Data

Probing the Structure and Dynamics of Proteins by Combining Molecular Dynamics Simulations and Experimental NMR Data

NMR experiments provide detailed structural information about biological macromolecules in solution. However, the amount of information obtained is usually much less than the number of degrees of freedom of the macromolecule. Moreover, the relationships between experimental observables and structura...

Ամբողջական նկարագրություն

Մատենագիտական մանրամասներ
Հիմնական հեղինակներ:	Allison, JR, Hertig, S, Missimer, J, Smith, L, Steinmetz, M, Dolenc, J
Ձևաչափ:	Journal article
Լեզու:	English
Հրապարակվել է:	2012

Նմանատիպ նյութեր

Probing Conformational Dynamics by Protein Contact Networks: Comparison with NMR Relaxation Studies and Molecular Dynamics Simulations
‌: Christos T. Chasapis, և այլն
Հրապարակվել է: (2021-04-01)

Probing the dynamic landscape of peptides in molecular assemblies by synergized NMR experiments and MD simulations
‌: Ricky Nencini, և այլն
Հրապարակվել է: (2024-02-01)

NMR and protein dynamics
‌: Smith, L, և այլն
Հրապարակվել է: (1996)

The dynamics of lysozyme from bacteriophage lambda in solution probed by NMR and MD simulations.
‌: Smith, L, և այլն
Հրապարակվել է: (2013)

Probing dynamic conformations of the high-molecular-weight αB-crystallin heat shock protein ensemble by NMR spectroscopy.
‌: Baldwin, A, և այլն
Հրապարակվել է: (2012)

Molecular dynamics simulations of barley and maize lipid transfer proteins show different ligand binding preferences in agreement with experimental data.
‌: Smith, L, և այլն
Հրապարակվել է: (2013)

Insights into protein dynamics by NMR techniques
‌: Smith, L, և այլն
Հրապարակվել է: (1996)

Full length Vpu from HIV-1: combining molecular dynamics simulations with NMR spectroscopy.
‌: Lemaitre, V, և այլն
Հրապարակվել է: (2006)

Counter-ion binding and mobility in the presence of hydrophobic polyions – combining molecular dynamics simulations and NMR
‌: Maksym Druchok, և այլն
Հրապարակվել է: (2016-06-01)

Comparative Assessment of NMR Probes for the Experimental Description of Protein Folding Pathways with High-Pressure NMR
‌: Vincent Van Deuren, և այլն
Հրապարակվել է: (2021-07-01)

Weighing-up protein dynamics: the combination of native mass spectrometry and molecular dynamics simulations
‌: Marklund, E, և այլն
Հրապարակվել է: (2019)

Structure and dynamics of a nanodisc by integrating NMR, SAXS and SANS experiments with molecular dynamics simulations
‌: Tone Bengtsen, և այլն
Հրապարակվել է: (2020-07-01)

CryoEM structure refinement by integrating NMR chemical shifts with molecular dynamics simulations
‌: Perilla, J, և այլն
Հրապարակվել է: (2017)

Dynamics of acyl carrier protein in de novo fatty acid synthesis by Enterococcus faecalis based on NMR spectroscopy and molecular dynamics simulation
‌: Sujung Oh, և այլն
Հրապարակվել է: (2024-05-01)

The Dynamics of the Neuropeptide Y Receptor Type 1 Investigated by Solid-State NMR and Molecular Dynamics Simulation
‌: Alexander Vogel, և այլն
Հրապարակվել է: (2020-11-01)

The use of chlorobenzene as a probe molecule in molecular dynamics simulations
‌: Tan, Yaw Sing, և այլն
Հրապարակվել է: (2015)

Probing the structure and dynamics of acetylcholinesterase inhibitors is the binding site using solid state NMR
‌: Goodall, S, և այլն
Հրապարակվել է: (2000)

Dynamic NMR spectroscopy/
‌: 219603 Sandstrom, J.
Հրապարակվել է: (1982)

Molecular dynamics simulations of FhuA: Investigation of the protein and water dynamics and possible transport mechanisms
‌: Faraldo-Gomez, J, և այլն
Հրապարակվել է: (2002)

Three-dimensional structure of Megabalanus rosa cement protein 20 revealed by multi-dimensional NMR and molecular dynamics simulations
‌: Mohanram, Harini, և այլն
Հրապարակվել է: (2021)

Probing the mechanism of interaction between capsaicin and myofibrillar proteins through multispectral, molecular docking, and molecular dynamics simulation methods
‌: Zhicheng Wu, և այլն
Հրապարակվել է: (2023-06-01)

The Mechanism of Action of SAAP-148 Antimicrobial Peptide as Studied with NMR and Molecular Dynamics Simulations
‌: Morgane Adélaïde, և այլն
Հրապարակվել է: (2023-02-01)

Modulation mechanism of aquaporins by mercury revealed by solid-state NMR and molecular dynamics simulations
‌: Shenlin Wang
Հրապարակվել է: (2023-02-01)

Probing the Binding Mechanism of Mnk Inhibitors by Docking and Molecular Dynamics Simulations
‌: Kannan, Srinivasaraghavan, և այլն
Հրապարակվել է: (2016)

The Secret Lives of Fluorescent Membrane Probes as Revealed by Molecular Dynamics Simulations
‌: Hugo A. L. Filipe, և այլն
Հրապարակվել է: (2020-07-01)

Probing inhibition mechanisms of adenosine deaminase by using molecular dynamics simulations.
‌: Xiaopian Tian, և այլն
Հրապարակվել է: (2018-01-01)

Lateral access mechanism of LPA receptor probed by molecular dynamics simulation.
‌: Rieko Suenaga, և այլն
Հրապարակվել է: (2022-01-01)

Cryogenic sample exchange NMR probe for magic angle spinning dynamic nuclear polarization
‌: Barnes, Alexander, և այլն
Հրապարակվել է: (2013)

Molecular dynamics simulations of membrane proteins.
‌: Biggin, P, և այլն
Հրապարակվել է: (2008)

Membrane proteins: molecular dynamics simulations.
‌: Lindahl, E, և այլն
Հրապարակվել է: (2008)

Protocol for Molecular Dynamics Simulations of Proteins
‌: MNV Prasad Gajula, և այլն
Հրապարակվել է: (2016-12-01)

Molecular Dynamics Simulation of Protein Biosurfactants
‌: David L. Cheung, և այլն
Հրապարակվել է: (2018-09-01)

Development of novel molecular probes to study cellular behaviour using NMR: i) Development of a novel 19F NMR probe to monitor the dynamic self-assembly of high molecular weight proteins in cells ii) Mechanistic analysis of lipoamide as a potential ALS drug by stable isotope labelling and quantitative NMR
‌: Kishigami, S
Հրապարակվել է: (2023)

Interpreting NMR dynamic parameters via the separation of reorientational motion in MD simulation
‌: Albert A. Smith
Հրապարակվել է: (2022-06-01)

Membrane Interactions of α-Synuclein revealed by multiscale molecular dynamics simulations, Markov state models, and NMR
‌: Amos, S-BTA, և այլն
Հրապարակվել է: (2021)

Structural and functional analysis of vaccinia viral fusion complex component protein A28 through NMR and molecular dynamic simulations.
‌: Chi-Fei Kao, և այլն
Հրապարակվել է: (2023-11-01)

Microwave field distribution in a magic angle spinning dynamic nuclear polarization NMR probe
‌: Nanni, Emilio Alessandro, և այլն
Հրապարակվել է: (2015)

Dynamics of growing carbon nanotube interfaces probed by machine learning-enabled molecular simulations
‌: Daniel Hedman, և այլն
Հրապարակվել է: (2024-05-01)

Modulation of Gold Nanoparticle Ligand Structure–Dynamic Relationships Probed Using Solution NMR
‌: Rui Huang, և այլն
Հրապարակվել է: (2023-11-01)

NMR relaxation and diffusion studies to probe the motional dynamics of risperidone within PLGA microsphere
‌: Deepak Kumar, և այլն
Հրապարակվել է: (2023-05-01)